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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21497 | |||||||||
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タイトル | HBV D78S mutant capsid | |||||||||
マップデータ | HBV D78S mutant capsid | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao Z / Wang J / Zlotnick A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2020 タイトル: The Integrity of the Intradimer Interface of the Hepatitis B Virus Capsid Protein Dimer Regulates Capsid Self-Assembly. 著者: Zhongchao Zhao / Joseph Che-Yen Wang / Carolina Pérez Segura / Jodi A Hadden-Perilla / Adam Zlotnick / 要旨: During the hepatitis B virus lifecycle, 120 copies of homodimeric capsid protein assemble around a copy of reverse transcriptase and viral RNA and go on to produce an infectious virion. Assembly ...During the hepatitis B virus lifecycle, 120 copies of homodimeric capsid protein assemble around a copy of reverse transcriptase and viral RNA and go on to produce an infectious virion. Assembly needs to be tightly regulated by protein conformational change to ensure symmetry, fidelity, and reproducibility. Here, we show that structures at the intradimer interface regulate conformational changes at the distal interdimer interface and so regulate assembly. A pair of interacting charged residues, D78 from each monomer, conspicuously located at the top of a four-helix bundle that forms the intradimer interface, were mutated to serine to disrupt communication between the two monomers. The mutation slowed assembly and destabilized the dimer to thermal and chemical denaturation. Mutant dimers showed evidence of transient partial unfolding based on the appearance of new proteolytically sensitive sites. Though the mutant dimer was less stable, the resulting capsids were as stable as the wildtype, based on assembly and thermal denaturation studies. Cryo-EM image reconstructions of capsid indicated that the subunits adopted an "open" state more usually associated with a free dimer and that the spike tips were either disordered or highly flexible. Molecular dynamics simulations provide mechanistic explanations for these results, suggesting that D78 stabilizes helix 4a, which forms part of the intradimer interface, by capping its N-terminus and hydrogen-bonding to nearby residues, whereas the D78S mutation disrupts these interactions, leading to partial unwinding of helix 4a. This in turn weakens the connection from helix 4 and the intradimer interface to helix 5, which forms the interdimer interface. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21497.map.gz | 105.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21497-v30.xml emd-21497.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21497.png | 186.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21497 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21497_validation.pdf.gz | 439.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21497_full_validation.pdf.gz | 439.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21497_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21497_validation.cif.gz | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21497 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HBV D78S mutant capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.843 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HBV D78S mutant capsid
全体 | 名称: HBV D78S mutant capsid |
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要素 |
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-超分子 #1: HBV D78S mutant capsid
超分子 | 名称: HBV D78S mutant capsid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス) 株: isolate United Kingdom/adyw/1979 |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス) 株: isolate United Kingdom/adyw/1979 |
分子量 | 理論値: 16.756148 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTAAALYRD ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGDLMTLAT WVGTNLESPA SRDLVVSYV NTNVGLKFRQ LLWFHISCLT FGRETVLEYL VSFGVWIRTP PAYRPPNAPI LSTLPETTVV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73871 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6w0k: |