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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21348 | |||||||||
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タイトル | Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 1 (from focused refinement) | |||||||||
![]() | Mammalian rat brain V-ATPase with SidK bound, focused refinement of the membrane embedded VO region conformational state 1 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Abbas YM / Rubinstein JL | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of V-ATPase from the mammalian brain. 著者: Yazan M Abbas / Di Wu / Stephanie A Bueler / Carol V Robinson / John L Rubinstein / ![]() ![]() 要旨: In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes ...In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes possess numerous subunit isoforms, which complicates their analysis. We isolated homogeneous rat brain V-ATPase through its interaction with SidK, a effector protein. Cryo-electron microscopy allowed the construction of an atomic model, defining the enzyme's ATP:proton ratio as 3:10 and revealing a homolog of yeast subunit f in the membrane region, which we tentatively identify as RNAseK. The c ring encloses the transmembrane anchors for cleaved ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR, the latter of which is the (pro)renin receptor that, in other contexts, is involved in both Wnt signaling and the renin-angiotensin system that regulates blood pressure. This structure shows how ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR enable assembly of the enzyme's catalytic and membrane regions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 141.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 41.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6vqcMC ![]() 6vq6C ![]() 6vq7C ![]() 6vq8C ![]() 6vq9C ![]() 6vqaC ![]() 6vqbC ![]() 6vqgC ![]() 6vqhC ![]() 6vqiC ![]() 6vqjC ![]() 6vqkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Mammalian rat brain V-ATPase with SidK bound, focused refinement of the membrane embedded VO region conformational state 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Membrane embedded region of rat brain V-ATPase composed of subuni...
+超分子 #1: Membrane embedded region of rat brain V-ATPase composed of subuni...
+分子 #1: ATPase H+-transporting V1 subunit D
+分子 #2: V-type proton ATPase subunit F
+分子 #3: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
+分子 #4: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
+分子 #5: V-type proton ATPase subunit S1
+分子 #6: V-type proton ATPase subunit
+分子 #7: V-type proton ATPase subunit e 2
+分子 #8: Ribonuclease K
+分子 #9: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
+分子 #10: Renin receptor
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 90648 |