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- EMDB-21148: Cryo-EM structure of the Dvl2 DIX filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21148
タイトルCryo-EM structure of the Dvl2 DIX filament
マップデータDvl2 DIX filament
試料
  • 複合体: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
    • タンパク質・ペプチド: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
キーワードDishevelled / DIX domain / Wnt signaling / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT mediated activation of DVL / convergent extension involved in organogenesis / PCP/CE pathway / Signaling by Hippo / convergent extension involved in neural plate elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / segmentation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / Asymmetric localization of PCP proteins / cochlea morphogenesis ...WNT mediated activation of DVL / convergent extension involved in organogenesis / PCP/CE pathway / Signaling by Hippo / convergent extension involved in neural plate elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / segmentation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / Asymmetric localization of PCP proteins / cochlea morphogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Degradation of DVL / segment specification / positive regulation of neuron projection arborization / RHO GTPases Activate Formins / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / frizzled binding / aggresome / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / clathrin-coated vesicle / heart looping / outflow tract morphogenesis / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / heart morphogenesis / positive regulation of JUN kinase activity / : / positive regulation of GTPase activity / neural tube closure / positive regulation of JNK cascade / Wnt signaling pathway / small GTPase binding / protein localization / apical part of cell / protein-macromolecule adaptor activity / heart development / regulation of cell population proliferation / cell cortex / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / nuclear body / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain ...Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Enos M / Kan W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM131747 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Limited dishevelled/Axin oligomerization determines efficiency of Wnt/β-catenin signal transduction.
著者: Wei Kan / Michael D Enos / Elgin Korkmazhan / Stefan Muennich / Dong-Hua Chen / Melissa V Gammons / Mansi Vasishtha / Mariann Bienz / Alexander R Dunn / Georgios Skiniotis / William I Weis /
要旨: In Wnt/β-catenin signaling, the transcriptional coactivator β-catenin is regulated by its phosphorylation in a complex that includes the scaffold protein Axin and associated kinases. Wnt binding to ...In Wnt/β-catenin signaling, the transcriptional coactivator β-catenin is regulated by its phosphorylation in a complex that includes the scaffold protein Axin and associated kinases. Wnt binding to its coreceptors activates the cytosolic effector Dishevelled (Dvl), leading to the recruitment of Axin and the inhibition of β-catenin phosphorylation. This process requires interaction of homologous DIX domains present in Dvl and Axin, but is mechanistically undefined. We show that Dvl DIX forms antiparallel, double-stranded oligomers in vitro, and that Dvl in cells forms oligomers typically <10 molecules at endogenous expression levels. Axin DIX (DAX) forms small single-stranded oligomers, but its self-association is stronger than that of DIX. DAX caps the ends of DIX oligomers, such that a DIX oligomer has at most four DAX binding sites. The relative affinities and stoichiometry of the DIX-DAX interaction provide a mechanism for efficient inhibition of β-catenin phosphorylation upon Axin recruitment to the Wnt receptor complex.
履歴
登録2019年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vcc
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21148.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Dvl2 DIX filament
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0296 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.16656485 - 0.23581737
平均 (標準偏差)-0.00003109892 (±0.010861889)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 150.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z150.000150.000150.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ350350350
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.1670.236-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21148_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_21148_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_21148_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

全体名称: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
要素
  • 複合体: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
    • タンパク質・ペプチド: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

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超分子 #1: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

超分子名称: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Protein spontaneously formed a double-stranded, antiparallel helical filament upon removal of the MBP tag with TEV protease.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

分子名称: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.333547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GSGETKVIYH LDEEETPYLV KIPVPAERIT LGDFKSVLQR PAGAKYFFKS MDQDFGVVKE EISDDNARLP CFNGRVVSWL VSS

UniProtKB: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
4.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol
1.0 mMC10H16N2O8EDTA

詳細: Dithiothreitol was added fresh the day of use.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: The grid was blotted for 2.0 s using Whatman #1 filter paper (GE Healthcare)..
詳細Sample was taken from a single fraction of a gel filtration run performed immediately before grid preparation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-50 / 実像数: 540 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 98.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 29000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 2
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 13.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 48.0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 110105
Segment selection選択した数: 437872
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: A starting model was generated using the stochastic gradient descent option from the "Initial model" jobtype in RELION 3.0.8.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6iw3


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 12-92 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The two mutations in the source (Y27W and C80S) were reverted to Trp and Ser, respectively, before fitting. Model refinement was carried out through alternating rounds of real-space refinement in PHENIX and manual building in Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6vcc:
Cryo-EM structure of the Dvl2 DIX filament

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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