+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21120 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB) | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 futile creatine cycle / creatine kinase / Creatine metabolism / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / RND3 GTPase cycle ...futile creatine cycle / creatine kinase / Creatine metabolism / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / RND3 GTPase cycle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / substantia nigra development / transcription corepressor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Komives EA / Lumpkin RJ / Baker RW / Leschziner AE | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure and dynamics of the ASB9 CUL-RING E3 Ligase. 著者: Ryan J Lumpkin / Richard W Baker / Andres E Leschziner / Elizabeth A Komives / 要旨: The Cullin 5 (CUL5) Ring E3 ligase uses adaptors Elongins B and C (ELOB/C) to bind different SOCS-box-containing substrate receptors, determining the substrate specificity of the ligase. The 18- ...The Cullin 5 (CUL5) Ring E3 ligase uses adaptors Elongins B and C (ELOB/C) to bind different SOCS-box-containing substrate receptors, determining the substrate specificity of the ligase. The 18-member ankyrin and SOCS box (ASB) family is the largest substrate receptor family. Here we report cryo-EM data for the substrate, creatine kinase (CKB) bound to ASB9-ELOB/C, and for full-length CUL5 bound to the RING protein, RBX2, which binds various E2s. To date, no full structures are available either for a substrate-bound ASB nor for CUL5. Hydrogen-deuterium exchange (HDX-MS) mapped onto a full structural model of the ligase revealed long-range allostery extending from the substrate through CUL5. We propose a revised allosteric mechanism for how CUL-E3 ligases function. ASB9 and CUL5 behave as rigid rods, connected through a hinge provided by ELOB/C transmitting long-range allosteric crosstalk from the substrate through CUL5 to the RBX2 flexible linker. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21120.map.gz | 97 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-21120-v30.xml emd-21120.xml | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21120.png | 131.5 KB | ||
その他 | emd_21120_additional.map.gz emd_21120_half_map_1.map.gz emd_21120_half_map_2.map.gz | 51.3 MB 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21120 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21120 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: unfiltered map
ファイル | emd_21120_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unfiltered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_21120_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_21120_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), an...
全体 | 名称: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), an...
超分子 | 名称: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: Creatine kinase B-type
分子 | 名称: Creatine kinase B-type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: creatine kinase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.699207 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPFSNSHNAL KLRFPAEDEF PDLSAHNNHM AKVLTPELYA ELRAKSTPSG FTLDDVIQTG VDNPGHPYIM TVGCVAGDEE SYEVFKDLF DPIIEDRHGG YKPSDEHKTD LNPDNLQGGD DLDPNYVLSS RVRTGRSIRG FCLPPHCSRG ERRAIEKLAV E ALSSLDGD ...文字列: MPFSNSHNAL KLRFPAEDEF PDLSAHNNHM AKVLTPELYA ELRAKSTPSG FTLDDVIQTG VDNPGHPYIM TVGCVAGDEE SYEVFKDLF DPIIEDRHGG YKPSDEHKTD LNPDNLQGGD DLDPNYVLSS RVRTGRSIRG FCLPPHCSRG ERRAIEKLAV E ALSSLDGD LAGRYYALKS MTEAEQQQLI DDHFLFDKPV SPLLLASGMA RDWPDARGIW HNDNKTFLVW VNEEDHLRVI SM QKGGNMK EVFTRFCTGL TQIETLFKSK DYEFMWNPHL GYILTCPSNL GTGLRAGVHI KLPNLGKHEK FSEVLKRLRL QKR GTGGVD TAAVGGVFDV SNADRLGFSE VELVQMVVDG VKLLIEMEQR LEQGQAIDDL MPAQK |
-分子 #2: Ankyrin repeat and SOCS box protein 9
分子 | 名称: Ankyrin repeat and SOCS box protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 34.186141 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKHHHHHHHH GGLVPRGSHG MDGKQGGMDG SKPAGPRDFP GIRLLSNPLM GDAVSDWSPM HEAAIHGHQL SLRNLISQGW AVNIITADH VSPLHEACLG GHLSCVKILL KHGAQVNGVT ADWHTPLFNA CVSGSWDCVN LLLQHGASVQ PESDLASPIH E AARRGHVE ...文字列: MKHHHHHHHH GGLVPRGSHG MDGKQGGMDG SKPAGPRDFP GIRLLSNPLM GDAVSDWSPM HEAAIHGHQL SLRNLISQGW AVNIITADH VSPLHEACLG GHLSCVKILL KHGAQVNGVT ADWHTPLFNA CVSGSWDCVN LLLQHGASVQ PESDLASPIH E AARRGHVE CVNSLIAYGG NIDHKISHLG TPLYLACENQ QRACVKKLLE SGADVNQGKG QDSPLHAVAR TASEELACLL MD FGADTQA KNAEGKRPVE LVPPESPLAQ LFLEREGPPS LMQLCRLRIR KCFGIQQHHK ITKLVLPEDL KQFLLHL |
-分子 #3: Elongin-C
分子 | 名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.974616 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMYVKLISSD GHEFIVKREH ALTSGTIKAM LSGPGQFAEN ETNEVNFREI PSHVLSKVCM YFTYKVRYTN SSTEIPEFPI APEIALELL MAANFLDC |
-分子 #4: Elongin-B
分子 | 名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.147781 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMKPQDSG SSANEQAVQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 second blot, blot force 20. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |