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万見
- EMDB-20950: Cryo-EM structure of nucleotide-free MsbA reconstituted into pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20950
タイトルCryo-EM structure of nucleotide-free MsbA reconstituted into peptidiscs, conformation 1
マップデータnucleotide-free MsbA reconstituted into peptidiscs, conformation 1
試料
  • 複合体: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
    • タンパク質・ペプチド: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
キーワードmembrane protein / ABC transporter / membrane mimetic / peptidisc / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ABC-type transporter activity ...MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding transport protein MsbA / ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Angiulli G / Walz T
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: New approach for membrane protein reconstitution into peptidiscs and basis for their adaptability to different proteins.
著者: Gabriella Angiulli / Harveer Singh Dhupar / Hiroshi Suzuki / Irvinder Singh Wason / Franck Duong Van Hoa / Thomas Walz /
要旨: Previously we introduced peptidiscs as an alternative to detergents to stabilize membrane proteins in solution (Carlson et al., 2018). Here, we present 'on-gradient' reconstitution, a new gentle ...Previously we introduced peptidiscs as an alternative to detergents to stabilize membrane proteins in solution (Carlson et al., 2018). Here, we present 'on-gradient' reconstitution, a new gentle approach for the reconstitution of labile membrane-protein complexes, and used it to reconstitute reaction center complexes, demonstrating that peptidiscs can adapt to transmembrane domains of very different sizes and shapes. Using the conventional 'on-bead' approach, we reconstituted proteins MsbA and MscS and find that peptidiscs stabilize them in their native conformation and allow for high-resolution structure determination by cryo-electron microscopy. The structures reveal that peptidisc peptides can arrange around transmembrane proteins differently, thus revealing the structural basis for why peptidiscs can stabilize such a large variety of membrane proteins. Together, our results establish the gentle and easy-to-use peptidiscs as a potentially universal alternative to detergents as a means to stabilize membrane proteins in solution for structural and functional studies.
履歴
登録2019年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月11日-
マップ公開2020年3月4日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6uz2
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20950.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈nucleotide-free MsbA reconstituted into peptidiscs, conformation 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.040067267 - 0.079005614
平均 (標準偏差)-0.0000016387099 (±0.0028096696)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.000256.000256.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0400.079-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

全体名称: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
要素
  • 複合体: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
    • タンパク質・ペプチド: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

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超分子 #1: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

超分子名称: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: Cell inner membrane

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分子 #1: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

分子名称: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 66.833109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMHNDKDLST WQTFRRLWPT IAPFKAGLIV AGVALILNAA SDTFMLSLLK PLLDDGFGKT DRSVLVWMP LVVIGLMILR GITSYVSSYC ISWVSGKVVM TMRRRLFGHM MGMPVSFFDK QSTGTLLSRI TYDSEQVASS S SGALITVV ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMHNDKDLST WQTFRRLWPT IAPFKAGLIV AGVALILNAA SDTFMLSLLK PLLDDGFGKT DRSVLVWMP LVVIGLMILR GITSYVSSYC ISWVSGKVVM TMRRRLFGHM MGMPVSFFDK QSTGTLLSRI TYDSEQVASS S SGALITVV REGASIIGLF IMMFYYSWQL SIILIVLAPI VSIAIRVVSK RFRNISKNMQ NTMGQVTTSA EQMLKGHKEV LI FGGQEVE TKRFDKVSNR MRLQGMKMVS ASSISDPIIQ LIASLALAFV LYAASFPSVM DSLTAGTITV VFSSMIALMR PLK SLTNVN AQFQRGMAAC QTLFTILDSE QEKDEGKRVI ERATGDVEFR NVTFTYPGRD VPALRNINLK IPAGKTVALV GRSG SGKST IASLITRFYD IDEGEILMDG HDLREYTLAS LRNQVALVSQ NVHLFNDTVA NNIAYARTEQ YSREQIEEAA RMAYA MDFI NKMDNGLDTV IGENGVLLSG GQRQRIAIAR ALLRDSPILI LDEATSALDT ESERAIQAAL DELQKNRTSL VIAHRL STI EKADEIVVVE DGVIVERGTH NDLLEHRGVY AQLHKMQFGQ

UniProtKB: ATP-binding transport protein MsbA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris-base
200.0 mMsodium chlorideNaCl
糖包埋材質: vitreous ice
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 133205
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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