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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2090 | |||||||||
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タイトル | Structure of the immature retroviral capsid at 8A resolution by cryo-electron microscopy | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the M-PMV CANC Gag dimer | |||||||||
試料 |
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キーワード | retrovirus / capsid / gag | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component => GO:0044423 / viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / nucleic acid binding / structural constituent of virion / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bharat TAM / Davey NE / Ulbrich P / Riches JD / de Marco A / Rumlova M / Sachse C / Ruml T / Briggs JAG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: Structure of the immature retroviral capsid at 8 Å resolution by cryo-electron microscopy. 著者: Tanmay A M Bharat / Norman E Davey / Pavel Ulbrich / James D Riches / Alex de Marco / Michaela Rumlova / Carsten Sachse / Tomas Ruml / John A G Briggs / 要旨: The assembly of retroviruses such as HIV-1 is driven by oligomerization of their major structural protein, Gag. Gag is a multidomain polyprotein including three conserved folded domains: MA (matrix), ...The assembly of retroviruses such as HIV-1 is driven by oligomerization of their major structural protein, Gag. Gag is a multidomain polyprotein including three conserved folded domains: MA (matrix), CA (capsid) and NC (nucleocapsid). Assembly of an infectious virion proceeds in two stages. In the first stage, Gag oligomerization into a hexameric protein lattice leads to the formation of an incomplete, roughly spherical protein shell that buds through the plasma membrane of the infected cell to release an enveloped immature virus particle. In the second stage, cleavage of Gag by the viral protease leads to rearrangement of the particle interior, converting the non-infectious immature virus particle into a mature infectious virion. The immature Gag shell acts as the pivotal intermediate in assembly and is a potential target for anti-retroviral drugs both in inhibiting virus assembly and in disrupting virus maturation. However, detailed structural information on the immature Gag shell has not previously been available. For this reason it is unclear what protein conformations and interfaces mediate the interactions between domains and therefore the assembly of retrovirus particles, and what structural transitions are associated with retrovirus maturation. Here we solve the structure of the immature retroviral Gag shell from Mason-Pfizer monkey virus by combining cryo-electron microscopy and tomography. The 8-Å resolution structure permits the derivation of a pseudo-atomic model of CA in the immature retrovirus, which defines the protein interfaces mediating retrovirus assembly. We show that transition of an immature retrovirus into its mature infectious form involves marked rotations and translations of CA domains, that the roles of the amino-terminal and carboxy-terminal domains of CA in assembling the immature and mature hexameric lattices are exchanged, and that the CA interactions that stabilize the immature and mature viruses are almost completely distinct. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2090.map.gz | 773.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2090-v30.xml emd-2090.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2090.jpg | 180.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2090 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2090 | HTTPS FTP |
-検証レポート
XML形式データ | emd_2090_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
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アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2090 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2090 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the M-PMV CANC Gag dimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.53 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : M-PMV CANC Gag dimer
全体 | 名称: M-PMV CANC Gag dimer |
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要素 |
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-超分子 #1000: M-PMV CANC Gag dimer
超分子 | 名称: M-PMV CANC Gag dimer / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: M-PMV dPro CANC protein
分子 | 名称: M-PMV dPro CANC protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: Helical / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.7 / 詳細: 50mM Tris, 100mM NaCl, 1uM Zn |
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グリッド | 詳細: 300 mesh copper, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2012年4月23日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 46 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Reconstruction carried out using real-space helical reconstruction followed by 3D averaging of the asymmetric unit from assemblies with different helical symmetry parameters. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, AV3 |
CTF補正 | 詳細: Division by 3D CTF^2 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: UCSF Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid body. Two copies of the M-PMV CA-NTD domain were fitted separately. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-4ard: PDB-4arg: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: UCSF Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid body. Two copies of the CA-NTD domain were fitted separately. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-4ard: PDB-4arg: |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: L |
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ソフトウェア | 名称: UCSF Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid body. Two copies of the CA-CTD domains were fitted separately. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-4ard: PDB-4arg: |