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- EMDB-20861: Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20861 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex | |||||||||
![]() | human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex | |||||||||
![]() |
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![]() | pre-mRNA 3'-end processing / RNA binding / AAUAAA polyadenylation signal / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / mPSF | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA cleavage stimulating factor complex / co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing ...mRNA cleavage stimulating factor complex / co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA processing / fibrillar center / sequence-specific double-stranded DNA binding / spermatogenesis / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Sun Y / Zhang Y / Walz T / Tong L | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Human Pre-mRNA 3'-End Processing Machinery. 著者: Yixiao Zhang / Yadong Sun / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong / ![]() 要旨: The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall ...The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall architecture of this machinery remains unclear. CPSF contains two functionally distinct modules: a cleavage factor (mCF) and a polyadenylation specificity factor (mPSF). Here, we have produced recombinant human CPSF and CstF and examined these factors by electron microscopy (EM). We find that mPSF is the organizational core of the machinery, while the conformations of mCF and CstF and the position of mCF relative to mPSF are highly variable. We have identified by cryo-EM a segment in CPSF100 that tethers mCF to mPSF, and we have named it the PSF interaction motif (PIM). Mutations in the PIM can abolish CPSF formation, indicating that it is a crucial contact in CPSF. We have also obtained reconstructions of mCF and CstF77 by cryo-EM, assembled around the mPSF core. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 78.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 140.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 573.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 572.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : The complex of human mPSF-PAS RNA-CstF
全体 | 名称: The complex of human mPSF-PAS RNA-CstF |
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要素 |
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-超分子 #1: The complex of human mPSF-PAS RNA-CstF
超分子 | 名称: The complex of human mPSF-PAS RNA-CstF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
分子 | 名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 161.074234 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES ...文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES LAEEHEGLVG EGQRSSFLPS YIIDVRALDE KLLNIIDLQF LHGYYEPTLL ILFEPNQTWP GRVAVRQDTC SI VAISLNI TQKVHPVIWS LTSLPFDCTQ ALAVPKPIGG VVVFAVNSLL YLNQSVPPYG VALNSLTTGT TAFPLRTQEG VRI TLDCAQ ATFISYDKMV ISLKGGEIYV LTLITDGMRS VRAFHFDKAA ASVLTTSMVT MEPGYLFLGS RLGNSLLLKY TEKL QEPPA SAVREAADKE EPPSKKKRVD ATAGWSAAGK SVPQDEVDEI EVYGSEAQSG TQLATYSFEV CDSILNIGPC ANAAV GEPA FLSEEFQNSP EPDLEIVVCS GHGKNGALSV LQKSIRPQVV TTFELPGCYD MWTVIAPVRK EEEDNPKGEG TEQEPS TTP EADDDGRRHG FLILSREDST MILQTGQEIM ELDTSGFATQ GPTVFAGNIG DNRYIVQVSP LGIRLLEGVN QLHFIPV DL GAPIVQCAVA DPYVVIMSAE GHVTMFLLKS DSYGGRHHRL ALHKPPLHHQ SKVITLCLYR DLSGMFTTES RLGGARDE L GGRSGPEAEG LGSETSPTVD DEEEMLYGDS GSLFSPSKEE ARRSSQPPAD RDPAPFRAEP THWCLLVREN GTMEIYQLP DWRLVFLVKN FPVGQRVLVD SSFGQPTTQG EARREEATRQ GELPLVKEVL LVALGSRQSR PYLLVHVDQE LLIYEAFPHD SQLGQGNLK VRFKKVPHNI NFREKKPKPS KKKAEGGGAE EGAGARGRVA RFRYFEDIYG YSGVFICGPS PHWLLVTGRG A LRLHPMAI DGPVDSFAPF HNVNCPRGFL YFNRQGELRI SVLPAYLSYD APWPVRKIPL RCTAHYVAYH VESKVYAVAT ST NTPCARI PRMTGEEKEF ETIERDERYI HPQQEAFSIQ LISPVSWEAI PNARIELQEW EHVTCMKTVS LRSEETVSGL KGY VAAGTC LMQGEEVTCR GRILIMDVIE VVPEPGQPLT KNKFKVLYEK EQKGPVTALC HCNGHLVSAI GQKIFLWSLR ASEL TGMAF IDTQLYIHQM ISVKNFILAA DVMKSISLLR YQEESKTLSL VSRDAKPLEV YSVDFMVDNA QLGFLVSDRD RNLMV YMYL PEAKESFGGM RLLRRADFHV GAHVNTFWRT PCRGATEGLS KKSVVWENKH ITWFATLDGG IGLLLPMQEK TYRRLL MLQ NALTTMLPHH AGLNPRAFRM LHVDRRTLQN AVRNVLDGEL LNRYLYLSTM ERSELAKKIG TTPDIILDDL LETDRVT AH F UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 |
-分子 #2: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
分子 | 名称: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 67.546812 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVMATEI GSPPRFFHMP RFQHQAPRQL FYKRPDFAQQ QAMQQLTFDG KRMRKAVNRK TIDYNPSVIK YLENRIWQR DQRDMRAIQP DAGYYNDLVP PIGMLNNPMN AVTTKFVRTS TNKVKCPVFV VRWTPEGRRL VTGASSGEFT L WNGLTFNF ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVMATEI GSPPRFFHMP RFQHQAPRQL FYKRPDFAQQ QAMQQLTFDG KRMRKAVNRK TIDYNPSVIK YLENRIWQR DQRDMRAIQP DAGYYNDLVP PIGMLNNPMN AVTTKFVRTS TNKVKCPVFV VRWTPEGRRL VTGASSGEFT L WNGLTFNF ETILQAHDSP VRAMTWSHND MWMLTADHGG YVKYWQSNMN NVKMFQAHKE AIREASFSPT DNKFATCSDD GT VRIWDFL RCHEERILRG HGADVKCVDW HPTKGLVVSG SKDSQQPIKF WDPKTGQSLA TLHAHKNTVM EVKLNLNGNW LLT ASRDHL CKLFDIRNLK EELQVFRGHK KEATAVAWHP VHEGLFASGG SDGSLLFWHV GVEKEVGGME MAHEGMIWSL AWHP LGHIL CSGSNDHTSK FWTRNRPGDK MRDRYNLNLL PGMSEDGVEY DDLEPNSLAV IPGMGIPEQL KLAMEQEQMG KDESN EIEM TIPGLDWGME EVMQKDQKKV PQKKVPYAKP IPAQFQQAWM QNKVPIPAPN EVLNDRKEDI KLEEKKKTQA EIEQEM ATL QYTNPQLLEQ LKIERLAQKQ VEQI UniProtKB: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 |
-分子 #3: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
分子 | 名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.417883 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MQEIIASVDH IKFDLEIAVE QQLGAQPLPF PGMDKSGAAV CEFFLKAACG KGGMCPFRHI SGEKTVVCKH WLRGLCKKGD QCEFLHEYD MTKMPECYFY SKFGECSNKE CPFLHIDPES KIKDCPWYDR GFCKHGPLCR HRHTRRVICV NYLVGFCPEG P SCKFMHPR ...文字列: MQEIIASVDH IKFDLEIAVE QQLGAQPLPF PGMDKSGAAV CEFFLKAACG KGGMCPFRHI SGEKTVVCKH WLRGLCKKGD QCEFLHEYD MTKMPECYFY SKFGECSNKE CPFLHIDPES KIKDCPWYDR GFCKHGPLCR HRHTRRVICV NYLVGFCPEG P SCKFMHPR FELPMGTTEQ PPLPQQTQPP AKQRTPQVIG VMQSQNSSAG NRGPRPLEQV TCYKCGEKGH YANRCTKGHL AF LSGQHHH HHH UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 |
-分子 #5: Cleavage stimulation factor subunit 3
分子 | 名称: Cleavage stimulation factor subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 83.039625 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSGDGATEQA AEYVPEKVKK AEKKLEENPY DLDAWSILIR EAQNQPIDKA RKTYERLVAQ FPSSGRFWKL YIEAEIKAKN YDKVEKLFQ RCLMKVLHID LWKCYLSYVR ETKGKLPSYK EKMAQAYDFA LDKIGMEIMS YQIWVDYINF LKGVEAVGSY A ENQRITAV ...文字列: MSGDGATEQA AEYVPEKVKK AEKKLEENPY DLDAWSILIR EAQNQPIDKA RKTYERLVAQ FPSSGRFWKL YIEAEIKAKN YDKVEKLFQ RCLMKVLHID LWKCYLSYVR ETKGKLPSYK EKMAQAYDFA LDKIGMEIMS YQIWVDYINF LKGVEAVGSY A ENQRITAV RRVYQRGCVN PMINIEQLWR DYNKYEEGIN IHLAKKMIED RSRDYMNARR VAKEYETVMK GLDRNAPSVP PQ NTPQEAQ QVDMWKKYIQ WEKSNPLRTE DQTLITKRVM FAYEQCLLVL GHHPDIWYEA AQYLEQSSKL LAEKGDMNNA KLF SDEAAN IYERAISTLL KKNMLLYFAY ADYEESRMKY EKVHSIYNRL LAIEDIDPTL VYIQYMKFAR RAEGIKSGRM IFKK AREDT RTRHHVYVTA ALMEYYCSKD KSVAFKIFEL GLKKYGDIPE YVLAYIDYLS HLNEDNNTRV LFERVLTSGS LPPEK SGEI WARFLAFESN IGDLASILKV EKRRFTAFKE EYEGKETALL VDRYKFMDLY PCSASELKAL GYKDVSRAKL AAIIPD PVV APSIVPVLKD EVDRKPEYPK PDTQQMIPFQ PRHLAPPGLH PVPGGVFPVP PAAVVLMKLL PPPICFQGPF VQVDELM EI FRRCKIPNTV EEAVRIITGG APELAVEGNG PVESNAVLTK AVKRPNEDSD EDEEKGAVVP PVHDIYRARQ QKRIR UniProtKB: Cleavage stimulation factor subunit 3 |
-分子 #4: PAS RNA
分子 | 名称: PAS RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 14.823655 KDa |
配列 | 文字列: UUCACAAAUA AACAUUUUUU UCACUGCAUU CUAGUUGUGG UUUGUCC |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.9 µm / 倍率(補正後): 46729 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 225000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 50092 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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得られたモデル | ![]() PDB-6uro: |
-原子モデル構築 2
初期モデル |
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詳細 | The model went through phenix.refine from the crystal structure(2OOE), but was not manually rebuilt due to lack of sufficient side chain density. | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-6uro: |