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- EMDB-1854: An insertion domain within mammalian mitochondrial translation in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1854
タイトルAn insertion domain within mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 serves the role of eubacterial initiation factor 1
マップデータE.coli 70S and mammalian mitochondrial IF2
試料
  • 試料: E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 and initiator transfer RNA
  • 複合体: E. coli (MRE600) 70S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Bos taurus mitochondrial translation initiation factor 2
  • RNA: initiator fMet-transfer RNA
キーワードE.coli 70S / mammalian mitochondrial IF2 translation initiation factor 2
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL14
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Yassin AS / Haque E / Datta PP / Elmore K / Banavali NK / Spremulli LL / Agrawal RK
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Insertion domain within mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 serves the role of eubacterial initiation factor 1.
著者: Aymen S Yassin / Md Emdadul Haque / Partha P Datta / Kevin Elmore / Nilesh K Banavali / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal /
要旨: Mitochondria have their own translational machineries for the synthesis of thirteen polypeptide chains that are components of the complexes that participate in the process of oxidative ...Mitochondria have their own translational machineries for the synthesis of thirteen polypeptide chains that are components of the complexes that participate in the process of oxidative phosphorylation (or ATP generation). Translation initiation in mammalian mitochondria requires two initiation factors, IF2(mt) and IF3(mt), instead of the three that are present in eubacteria. The mammalian IF2(mt) possesses a unique 37 amino acid insertion domain, which is known to be important for the formation of the translation initiation complex. We have obtained a three-dimensional cryoelectron microscopic map of the mammalian IF2(mt) in complex with initiator fMet-tRNA(iMet) and the eubacterial ribosome. We find that the 37 amino acid insertion domain interacts with the same binding site on the ribosome that would be occupied by the eubacterial initiation factor IF1, which is absent in mitochondria. Our finding suggests that the insertion domain of IF2(mt) mimics the function of eubacterial IF1, by blocking the ribosomal aminoacyl-tRNA binding site (A site) at the initiation step.
履歴
登録2011年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年2月18日-
マップ公開2011年3月11日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3izz
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3izz
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1854.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E.coli 70S and mammalian mitochondrial IF2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å		2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å		2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 60.0 / ムービー #1: 60
最小 - 最大-90.403499999999994 - 262.88900000000001
平均 (標準偏差)6.19491 (±29.836500000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-65-65
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 358.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.762.762.76
M x/y/z130130130
origin x/y/z-0.000-0.000-0.000
length x/y/z358.800358.800358.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-24-70
NX/NY/NZ6149141
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-65-65
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-90.403262.8896.195

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial tr...

全体名称: E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 and initiator transfer RNA
要素
  • 試料: E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 and initiator transfer RNA
  • 複合体: E. coli (MRE600) 70S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Bos taurus mitochondrial translation initiation factor 2
  • RNA: initiator fMet-transfer RNA

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超分子 #1000: E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial tr...

超分子名称: E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 and initiator transfer RNA
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: E. coli (MRE600) 70S ribosome

超分子名称: E. coli (MRE600) 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Bacterial ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600

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分子 #1: Bos taurus mitochondrial translation initiation factor 2

分子名称: Bos taurus mitochondrial translation initiation factor 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: mitochondrial translation IF2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine

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分子 #2: initiator fMet-transfer RNA

分子名称: initiator fMet-transfer RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: fMet-tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 0.5 mM GDPNP, 50mM Tris-HCl pH 7.6, 5mM MgCl2, 80mM KCl, 1mM dithiothreitol
グリッド詳細: 300 mesh copper
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 4.5 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 392
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50760 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Cryo / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each Micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 121742
最終 2次元分類クラス数: 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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