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万見
- PDB-3izz: Models for ribosome components that are nearest neighbors to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3izz
タイトルModels for ribosome components that are nearest neighbors to the bovine mitochondrial initiation factor2 bound to the E. Coli ribosome
要素
  • Helix 18 (Small Subunit)
  • Helix 44 (Small Subunit)
  • Helix 5, 14, 15 (Small Subunit)
  • Helix 69, 71, 89, 92, 95 (Large Subunit)
  • Protein L14 (Large Subunit)
  • Protein S12 (Small Subunit)
キーワードRNA / RIBOSOMAL PROTEIN / 70S
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Large ribosomal subunit protein uL14
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Yassin, A.S. / Haque, E. / Datta, P.P. / Elmore, K. / Banavali, N.K. / Spremulli, L.L. / Agrawal, R.K.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Insertion domain within mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 serves the role of eubacterial initiation factor 1.
著者: Aymen S Yassin / Md Emdadul Haque / Partha P Datta / Kevin Elmore / Nilesh K Banavali / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal /
要旨: Mitochondria have their own translational machineries for the synthesis of thirteen polypeptide chains that are components of the complexes that participate in the process of oxidative ...Mitochondria have their own translational machineries for the synthesis of thirteen polypeptide chains that are components of the complexes that participate in the process of oxidative phosphorylation (or ATP generation). Translation initiation in mammalian mitochondria requires two initiation factors, IF2(mt) and IF3(mt), instead of the three that are present in eubacteria. The mammalian IF2(mt) possesses a unique 37 amino acid insertion domain, which is known to be important for the formation of the translation initiation complex. We have obtained a three-dimensional cryoelectron microscopic map of the mammalian IF2(mt) in complex with initiator fMet-tRNA(iMet) and the eubacterial ribosome. We find that the 37 amino acid insertion domain interacts with the same binding site on the ribosome that would be occupied by the eubacterial initiation factor IF1, which is absent in mitochondria. Our finding suggests that the insertion domain of IF2(mt) mimics the function of eubacterial IF1, by blocking the ribosomal aminoacyl-tRNA binding site (A site) at the initiation step.
履歴
登録2011年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1854
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1854
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helix 5, 14, 15 (Small Subunit)
D: Helix 18 (Small Subunit)
E: Helix 44 (Small Subunit)
F: Protein S12 (Small Subunit)
B: Helix 69, 71, 89, 92, 95 (Large Subunit)
G: Protein L14 (Large Subunit)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,1256
ポリマ－136,1256
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 ADEB

#1: RNA鎖 Helix 5, 14, 15 (Small Subunit)


分子量: 19027.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 Helix 18 (Small Subunit)


分子量: 19467.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 Helix 44 (Small Subunit)


分子量: 32453.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#5: RNA鎖 Helix 69, 71, 89, 92, 95 (Large Subunit)


分子量: 38051.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 , 2種, 2分子 FG

#4: タンパク質 Protein S12 (Small Subunit)


分子量: 13804.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質 Protein L14 (Large Subunit)


分子量: 13320.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3*PLUS

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詳細

配列の詳細CHAIN A IS MADE UP OF THREE HELICES (5,14, AND 15) OF SMALL SUBUNIT RNA AND CHAIN B IS COMPOSED OF ...CHAIN A IS MADE UP OF THREE HELICES (5,14, AND 15) OF SMALL SUBUNIT RNA AND CHAIN B IS COMPOSED OF HELICES 69, 71, 89, 92, AND 95 OF LARGE SUBUNIT RIBOSOME.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E. coli 70S / タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Vitrobot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 50760 X
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: Every micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Back Projection / 解像度: 10.8 Å / 粒子像の数: 121742 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.76 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 7218 0 0 9118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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