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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the immature HTLV-1 CA lattice from full-length Gag VLPs: CA-CTD refinement | |||||||||||||||
![]() | HTLV-1 Gag-based VLPs, CA-CTD refinement, B-factor sharpened map | |||||||||||||||
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![]() | Retrovirus / HTLV / immature capsid / CA / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral process / viral nucleocapsid / nucleic acid binding / structural molecule activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||||||||
![]() | Obr M / Percipalle M / Chernikova D / Yang H / Thader A / Pinke G / Porley D / Mansky LM / Dick RA / Schur FKM | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Unconventional stabilization of the human T-cell leukemia virus type 1 immature Gag lattice. 著者: Martin Obr / Mathias Percipalle / Darya Chernikova / Huixin Yang / Andreas Thader / Gergely Pinke / Dario Porley / Louis M Mansky / Robert A Dick / Florian Km Schur / ![]() ![]() 要旨: Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here ...Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here we report the results of cryo-electron tomography (cryo-ET) studies of HTLV-1 virus-like particles (VLPs) assembled , as well as derived from cells. This work shows that HTLV-1 employs an unconventional mechanism of Gag-Gag interactions to form the immature viral lattice. Analysis of high-resolution structural information from immature CA tubular arrays reveals that the primary stabilizing component in HTLV-1 is CA-NTD. Mutagenesis and biophysical analysis support this observation. This distinguishes HTLV-1 from other retroviruses, in which the stabilization is provided primarily by the CA-CTD. These results are the first to provide structural details of the quaternary arrangement of Gag for an immature deltaretrovirus, and this helps explain why HTLV-1 particles are morphologically distinct. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 116.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.4 KB 25.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 68.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 108.7 MB 64.1 MB 64.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8puhMC ![]() 8pu6C ![]() 8pu7C ![]() 8pu8C ![]() 8pu9C ![]() 8puaC ![]() 8pubC ![]() 8pucC ![]() 8pudC ![]() 8pueC ![]() 8pufC ![]() 8pugC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 Gag-based VLPs, CA-CTD refinement, B-factor sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.381 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: HTLV-1 Gag-based VLPs, CA-CTD refinement, denoised map
ファイル | emd_17943_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 Gag-based VLPs, CA-CTD refinement, denoised map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HTLV-1 Gag-based VLPs, CA-CTD refinement, halfmap 2
ファイル | emd_17943_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 Gag-based VLPs, CA-CTD refinement, halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HTLV-1 Gag-based VLPs, CA-CTD refinement, halfmap 1
ファイル | emd_17943_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | HTLV-1 Gag-based VLPs, CA-CTD refinement, halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human T-cell leukemia virus type I
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human T-cell leukemia virus type I
超分子 | 名称: Human T-cell leukemia virus type I / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11908 / 生物種: Human T-cell leukemia virus type I / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Gag polyprotein
分子 | 名称: Gag polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 47.553234 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGQIFSRSAS PIPRPPRGLA AHHWLNFLQA AYRLEPGPSS YDFHQLKKFL KIALETPARI CPINYSLLAS LLPKGYPGRV NEILHILIQ TQAQIPSRPA PPPPSSPTHD PPDSDPQIPP PYVEPTAPQV LPVMHPHGAP PNHRPWQMKD LQAIKQEVSQ A APGSPQFM ...文字列: MGQIFSRSAS PIPRPPRGLA AHHWLNFLQA AYRLEPGPSS YDFHQLKKFL KIALETPARI CPINYSLLAS LLPKGYPGRV NEILHILIQ TQAQIPSRPA PPPPSSPTHD PPDSDPQIPP PYVEPTAPQV LPVMHPHGAP PNHRPWQMKD LQAIKQEVSQ A APGSPQFM QTIRLAVQQF DPTAKDLQDL LQYLCSSLVA SLHHQQLDSL ISEAETRGIT GYNPLAGPLR VQANNPQQQG LR REYQQLW LAAFAALPGS AKDPSWASIL QGLEEPYHAF VERLNIALDN GLPEGTPKDP ILRSLAYSNA NKECQKLLQA RGH TNSPLG DMLRACQTWT PKDKTKVLVV QPKKPPPNQP CFRCGKAGHW SRDCTQPRPP PGPCPLCQDP THWKRDCPRL KPTI PEPEP EEDALLLDLP ADIPHPKNSI GGEV UniProtKB: Gag polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Phosphate-buffered saline (PBS) 1X | ||||||||||||
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 0.32 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) ソフトウェア - 詳細: Refinement and reconstruction in M 使用したサブトモグラム数: 29000 |
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抽出 | トモグラム数: 85 / 使用した粒子像数: 132000 ソフトウェア: (名称: subTOM, Warp (ver. 1.0.9), ![]() |
最終 3次元分類 | クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / ソフトウェア - 詳細: Multiparticle refinement in M |
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Residue range: 13-125 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: rigid body fit using AlphaFold derived model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8puh: |