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- EMDB-17184: MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17184
タイトルMYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8
マップデータMap post-processed with LocScale.
試料
  • 複合体: MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8
    • 複合体: Nucleosomal core particle
      • 複合体: Histone octamer
        • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
        • タンパク質・ペプチド: Histone H4
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
      • 複合体: Nucleosomal DNA
        • DNA: DNA (144-MER)
        • DNA: DNA (144-MER)
    • 複合体: cMYC/MAX heterodimer
      • タンパク質・ペプチド: Myc proto-oncogene protein
      • タンパク質・ペプチド: Protein max
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-K
  • リガンド: PENTANEDIAL
キーワードE-box / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Mad-Max complex / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / positive regulation of acinar cell proliferation / acinar cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SCF ubiquitin ligase complex binding / NK T cell proliferation / Myc-Max complex ...Mad-Max complex / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / positive regulation of acinar cell proliferation / acinar cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SCF ubiquitin ligase complex binding / NK T cell proliferation / Myc-Max complex / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Metalloprotease DUBs / Cleavage of the damaged purine / regulation of somatic stem cell population maintenance / HDACs deacetylate histones / regulation of cell cycle process / PRC2 methylates histones and DNA / UCH proteinases / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / cellular response to interferon-alpha / RNA polymerase II transcription repressor complex / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / myotube differentiation / positive regulation of B cell apoptotic process / RUNX3 regulates WNT signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of cell division / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / negative regulation of monocyte differentiation / response to growth factor / Ub-specific processing proteases / B cell apoptotic process / transcription regulator activator activity / protein-DNA complex disassembly / response to alkaloid / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / fibroblast apoptotic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / regulation of telomere maintenance / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / skeletal system morphogenesis / middle ear morphogenesis / Signaling by ALK / branching involved in ureteric bud morphogenesis / pigmentation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / rRNA metabolic process / E-box binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / positive regulation of telomere maintenance / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / MLL1 complex / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / chromosome organization / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Cyclin E associated events during G1/S transition / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / CENP-A containing nucleosome / negative regulation of fibroblast proliferation / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / ERK1 and ERK2 cascade / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / positive regulation of epithelial cell proliferation / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs)
類似検索 - 分子機能
Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. ...Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc proto-oncogene protein / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Protein max / Histone H4 / Histone H3.1 / Histone H2A type 1-K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Stoos L / Michael AK / Kempf G / Kater L / Cavadini S / Thoma N
資金援助European Union, フランス, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)884331European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000646/2018-L5 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Cooperation between bHLH transcription factors and histones for DNA access.
著者: Alicia K Michael / Lisa Stoos / Priya Crosby / Nikolas Eggers / Xinyu Y Nie / Kristina Makasheva / Martina Minnich / Kelly L Healy / Joscha Weiss / Georg Kempf / Simone Cavadini / Lukas Kater ...著者: Alicia K Michael / Lisa Stoos / Priya Crosby / Nikolas Eggers / Xinyu Y Nie / Kristina Makasheva / Martina Minnich / Kelly L Healy / Joscha Weiss / Georg Kempf / Simone Cavadini / Lukas Kater / Jan Seebacher / Luca Vecchia / Deyasini Chakraborty / Luke Isbel / Ralph S Grand / Florian Andersch / Jennifer L Fribourgh / Dirk Schübeler / Johannes Zuber / Andrew C Liu / Peter B Becker / Beat Fierz / Carrie L Partch / Jerome S Menet / Nicolas H Thomä /
要旨: The basic helix-loop-helix (bHLH) family of transcription factors recognizes DNA motifs known as E-boxes (CANNTG) and includes 108 members. Here we investigate how chromatinized E-boxes are engaged ...The basic helix-loop-helix (bHLH) family of transcription factors recognizes DNA motifs known as E-boxes (CANNTG) and includes 108 members. Here we investigate how chromatinized E-boxes are engaged by two structurally diverse bHLH proteins: the proto-oncogene MYC-MAX and the circadian transcription factor CLOCK-BMAL1 (refs. ). Both transcription factors bind to E-boxes preferentially near the nucleosomal entry-exit sites. Structural studies with engineered or native nucleosome sequences show that MYC-MAX or CLOCK-BMAL1 triggers the release of DNA from histones to gain access. Atop the H2A-H2B acidic patch, the CLOCK-BMAL1 Per-Arnt-Sim (PAS) dimerization domains engage the histone octamer disc. Binding of tandem E-boxes at endogenous DNA sequences occurs through direct interactions between two CLOCK-BMAL1 protomers and histones and is important for circadian cycling. At internal E-boxes, the MYC-MAX leucine zipper can also interact with histones H2B and H3, and its binding is indirectly enhanced by OCT4 elsewhere on the nucleosome. The nucleosomal E-box position and the type of bHLH dimerization domain jointly determine the histone contact, the affinity and the degree of competition and cooperativity with other nucleosome-bound factors.
履歴
登録2023年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17184.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17184.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map post-processed with LocScale.
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.4 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.4 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.4 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.845 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0581
最小 - 最大-0.21459335 - 0.6874267
平均 (標準偏差)0.0017866855 (±0.018146224)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 270.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Full map.

ファイルemd_17184_additional_1.map
注釈Full map.
投影像・断面図
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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A.

ファイルemd_17184_half_map_1.map
注釈Half-map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B.

ファイルemd_17184_half_map_2.map
注釈Half-map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8

全体名称: MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8
要素
  • 複合体: MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8
    • 複合体: Nucleosomal core particle
      • 複合体: Histone octamer
        • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
        • タンパク質・ペプチド: Histone H4
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
      • 複合体: Nucleosomal DNA
        • DNA: DNA (144-MER)
        • DNA: DNA (144-MER)
    • 複合体: cMYC/MAX heterodimer
      • タンパク質・ペプチド: Myc proto-oncogene protein
      • タンパク質・ペプチド: Protein max
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-K
  • リガンド: PENTANEDIAL

+
超分子 #1: MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8

超分子名称: MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9

+
超分子 #2: Nucleosomal core particle

超分子名称: Nucleosomal core particle / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #6-#7

+
超分子 #3: cMYC/MAX heterodimer

超分子名称: cMYC/MAX heterodimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Histone octamer

超分子名称: Histone octamer / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: Nucleosomal DNA

超分子名称: Nucleosomal DNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.17909 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HRYRPGTVAL REIRRYQKST ELLIRKLPFQ RLVREIAQDF KTDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLA RRIRGE

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.279875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYAL KRQGRTLYGF GG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.896886 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GKARAKAKTR SSRAGLQFPV GRVHRLLRKG NYSERVGAGA PVYLAAVLEY LTAEILELAG NAARDNKKTR IIPRHLQLAI RNDEELNKL LGRVTIAQGG VLPNIQAVLL

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

+
分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.334827 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SRKESYSIYV YKVLKQVHPD TGISSKAMGI MNSFVNDIFE RIAGEASRLA HYNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTK YTSA

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

+
分子 #5: Histone H2A type 1-K

分子名称: Histone H2A type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.807769 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIRN DEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLP

UniProtKB: Histone H2A type 1-K

+
分子 #8: Myc proto-oncogene protein

分子名称: Myc proto-oncogene protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.346392 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
NVKRRTHNVL ERQRRNELKR SFFALRDQIP ELENNEKAPK VVILKKATAY ILS

UniProtKB: Myc proto-oncogene protein

+
分子 #9: Protein max

分子名称: Protein max / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.031737 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DKRAHHNALE RKRRDHIKDS FHSLRDSVPS LQGEKASRAQ ILDKATEYIQ Y

UniProtKB: Protein max

+
分子 #6: DNA (144-MER)

分子名称: DNA (144-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.225145 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG) (DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DC)(DC)(DT) (DG)

+
分子 #7: DNA (144-MER)

分子名称: DNA (144-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.67443 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC) (DC)

+
分子 #10: PENTANEDIAL

分子名称: PENTANEDIAL / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 8 / 式: PTD
分子量理論値: 100.116 Da
Chemical component information

ChemComp-PTD:
PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 152914
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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