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- EMDB-14808: Structure of the human TREX core THO-UAP56 complex (map D) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14808
タイトルStructure of the human TREX core THO-UAP56 complex (map D)
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: THO-UAP56
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 7 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Spliceosome RNA helicase DDX39B
機能・相同性
機能・相同性情報


THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / primitive hemopoiesis / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / stem cell division / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent protein binding ...THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / primitive hemopoiesis / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / stem cell division / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent protein binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / U4 snRNA binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA export from nucleus / U4 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / poly(A)+ mRNA export from nucleus / generation of neurons / spliceosomal complex assembly / monocyte differentiation / blastocyst development / neuron development / RHOBTB2 GTPase cycle / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / regulation of DNA-templated transcription elongation / central nervous system development / spliceosomal complex / cell morphogenesis / mRNA processing / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / negative regulation of neuron projection development / regulation of gene expression / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / nuclear speck / mRNA binding / apoptotic process / signal transduction / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
THO complex, subunit 5 / THO complex subunit 6 / Fms-interacting protein/Thoc5 / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 ...THO complex, subunit 5 / THO complex subunit 6 / Fms-interacting protein/Thoc5 / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 / Transcription- and export-related complex subunit / THO complex subunit 2 N-terminus / THO complex, subunit THOC1 / THO complex subunit 1 transcription elongation factor / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
THO complex subunit 5 homolog / Spliceosome RNA helicase DDX39B / THO complex subunit 7 homolog / THO complex subunit 6 homolog / THO complex subunit 2 / THO complex subunit 1 / THO complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Pacheco-Fiallos FB / Vorlaender MK / Plaschka C
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)949081European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)623-2020European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: mRNA recognition and packaging by the human transcription-export complex.
著者: Belén Pacheco-Fiallos / Matthias K Vorländer / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Francis J O'Reilly / Farja I Ayala / Ulla Schellhaas / Juri Rappsilber / Clemens Plaschka /
要旨: Newly made mRNAs are processed and packaged into mature ribonucleoprotein complexes (mRNPs) and are recognized by the essential transcription-export complex (TREX) for nuclear export. However, the ...Newly made mRNAs are processed and packaged into mature ribonucleoprotein complexes (mRNPs) and are recognized by the essential transcription-export complex (TREX) for nuclear export. However, the mechanisms of mRNP recognition and three-dimensional mRNP organization are poorly understood. Here we report cryo-electron microscopy and tomography structures of reconstituted and endogenous human mRNPs bound to the 2-MDa TREX complex. We show that mRNPs are recognized through multivalent interactions between the TREX subunit ALYREF and mRNP-bound exon junction complexes. Exon junction complexes can multimerize through ALYREF, which suggests a mechanism for mRNP organization. Endogenous mRNPs form compact globules that are coated by multiple TREX complexes. These results reveal how TREX may simultaneously recognize, compact and protect mRNAs to promote their packaging for nuclear export. The organization of mRNP globules provides a framework to understand how mRNP architecture facilitates mRNA biogenesis and export.
履歴
登録2022年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2023年5月24日-
現状2023年5月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14808.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-4.5229445 - 6.604897
平均 (標準偏差)0.0025976128 (±0.04813204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 589.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_14808_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_14808_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_14808_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : THO-UAP56

全体名称: THO-UAP56
要素
  • 複合体: THO-UAP56
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 7 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Spliceosome RNA helicase DDX39B

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超分子 #1: THO-UAP56

超分子名称: THO-UAP56 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.8 MDa

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分子 #1: THO complex subunit 1

分子名称: THO complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.752156 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSPTPPLFSL PEARTRFTKS TREALNNKNI KPLLSTFSQV PGSENEKKCT LDQAFRGILE EEIINHSSCE NVLAIISLAI GGVTEGICT ASTPFVLLGD VLDCLPLDQC DTIFTFVEKN VATWKSNTFY SAGKNYLLRM CNDLLRRLSK SQNTVFCGRI Q LFLARLFP ...文字列:
MSPTPPLFSL PEARTRFTKS TREALNNKNI KPLLSTFSQV PGSENEKKCT LDQAFRGILE EEIINHSSCE NVLAIISLAI GGVTEGICT ASTPFVLLGD VLDCLPLDQC DTIFTFVEKN VATWKSNTFY SAGKNYLLRM CNDLLRRLSK SQNTVFCGRI Q LFLARLFP LSEKSGLNLQ SQFNLENVTV FNTNEQESTL GQKHTEDREE GMDVEEGEMG DEEAPTTCSI PIDYNLYRKF WS LQDYFRN PVQCYEKISW KTFLKYSEEV LAVFKSYKLD DTQASRKKME ELKTGGEHVY FAKFLTSEKL MDLQLSDSNF RRH ILLQYL ILFQYLKGQV KFKSSNYVLT DEQSLWIEDT TKSVYQLLSE NPPDGERFSK MVEHILNTEE NWNSWKNEGC PSFV KERTS DTKPTRIIRK RTAPEDFLGK GPTKKILMGN EELTRLWNLC PDNMEACKSE TREHMPTLEE FFEEAIEQAD PENMV ENEY KAVNNSNYGW RALRLLARRS PHFFQPTNQQ FKSLPEYLEN MVIKLAKELP PPSEEIKTGE DEDEEDNDAL LKENES PDV RRDKPVTGEQ IEVFANKLGE QWKILAPYLE MKDSEIRQIE CDSEDMKMRA KQLLVAWQDQ EGVHATPENL INALNKS GL SDLAESLTND NETNS

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分子 #2: THO complex subunit 2

分子名称: THO complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 183.087734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAAAVVVPA EWIKNWEKSG RGEFLHLCRI LSENKSHDSS TYRDFQQALY ELSYHVIKGN LKHEQASNVL SDISEFREDM PSILADVFC ILDIETNCLE EKSKRDYFTQ LVLACLYLVS DTVLKERLDP ETLESLGLIK QSQQFNQKSV KIKTKLFYKQ Q KFNLLREE ...文字列:
MAAAAVVVPA EWIKNWEKSG RGEFLHLCRI LSENKSHDSS TYRDFQQALY ELSYHVIKGN LKHEQASNVL SDISEFREDM PSILADVFC ILDIETNCLE EKSKRDYFTQ LVLACLYLVS DTVLKERLDP ETLESLGLIK QSQQFNQKSV KIKTKLFYKQ Q KFNLLREE NEGYAKLIAE LGQDLSGSIT SDLILENIKS LIGCFNLDPN RVLDVILEVF ECRPEHDDFF ISLLESYMSM CE PQTLCHI LGFKFKFYQE PNGETPSSLY RVAAVLLQFN LIDLDDLYVH LLPADNCIMD EHKREIAEAK QIVRKLTMVV LSS EKMDER EKEKEKEEEK VEKPPDNQKL GLLEALLKIG DWQHAQNIMD QMPPYYAASH KLIALAICKL IHITIEPLYR RVGV PKGAK GSPVNALQNK RAPKQAESFE DLRRDVFNMF CYLGPHLSHD PILFAKVVRI GKSFMKEFQS DGSKQEDKEK TEVIL SCLL SITDQVLLPS LSLMDCNACM SEELWGMFKT FPYQHRYRLY GQWKNETYNS HPLLVKVKAQ TIDRAKYIMK RLTKEN VKP SGRQIGKLSH SNPTILFDYI LSQIQKYDNL ITPVVDSLKY LTSLNYDVLA YCIIEALANP EKERMKHDDT TISSWLQ SL ASFCGAVFRK YPIDLAGLLQ YVANQLKAGK SFDLLILKEV VQKMAGIEIT EEMTMEQLEA MTGGEQLKAE GGYFGQIR N TKKSSQRLKD ALLDHDLALP LCLLMAQQRN GVIFQEGGEK HLKLVGKLYD QCHDTLVQFG GFLASNLSTE DYIKRVPSI DVLCNEFHTP HDAAFFLSRP MYAHHISSKY DELKKSEKGS KQQHKVHKYI TSCEMVMAPV HEAVVSLHVS KVWDDISPQF YATFWSLTM YDLAVPHTSY EREVNKLKVQ MKAIDDNQEM PPNKKKKEKE RCTALQDKLL EEEKKQMEHV QRVLQRLKLE K DNWLLAKS TKNETITKFL QLCIFPRCIF SAIDAVYCAR FVELVHQQKT PNFSTLLCYD RVFSDIIYTV ASCTENEASR YG RFLCCML ETVTRWHSDR ATYEKECGNY PGFLTILRAT GFDGGNKADQ LDYENFRHVV HKWHYKLTKA SVHCLETGEY THI RNILIV LTKILPWYPK VLNLGQALER RVHKICQEEK EKRPDLYALA MGYSGQLKSR KSYMIPENEF HHKDPPPRNA VASV QNGPG GGPSSSSIGS ASKSDESSTE ETDKSRERSQ CGVKAVNKAS STTPKGNSSN GNSGSNSNKA VKENDKEKGK EKEKE KKEK TPATTPEARV LGKDGKEKPK EERPNKDEKA RETKERTPKS DKEKEKFKKE EKAKDEKFKT TVPNAESKST QERERE KEP SRERDIAKEM KSKENVKGGE KTPVSGSLKS PVPRSDIPEP EREQKRRKID THPSPSHSST VKDSLIELKE SSAKLYI NH TPPPLSKSKE REMDKKDLDK SRERSREREK KDEKDRKERK RDHSNNDREV PPDLTKRRKE ENGTMGVSKH KSESPCES P YPNEKDKEKN KSKSSGKEKG SDSFKSEKMD KISSGGKKES RHDKEKIEKK EKRDSSGGKE EKKHHKSSDK HR

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分子 #3: THO complex subunit 3

分子名称: THO complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.817617 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAVPAAAMGP SALGQSGPGS MAPWCSVSSG PSRYVLGMQE LFRGHSKTRE FLAHSAKVHS VAWSCDGRRL ASGSFDKTAS VFLLEKDRL VKENNYRGHG DSVDQLCWHP SNPDLFVTAS GDKTIRIWDV RTTKCIATVN TKGENINICW SPDGQTIAVG N KDDVVTFI ...文字列:
MAVPAAAMGP SALGQSGPGS MAPWCSVSSG PSRYVLGMQE LFRGHSKTRE FLAHSAKVHS VAWSCDGRRL ASGSFDKTAS VFLLEKDRL VKENNYRGHG DSVDQLCWHP SNPDLFVTAS GDKTIRIWDV RTTKCIATVN TKGENINICW SPDGQTIAVG N KDDVVTFI DAKTHRSKAE EQFKFEVNEI SWNNDNNMFF LTNGNGCINI LSYPELKPVQ SINAHPSNCI CIKFDPMGKY FA TGSADAL VSLWDVDELV CVRCFSRLDW PVRTLSFSHD GKMLASASED HFIDIAEVET GDKLWEVQCE SPTFTVAWHP KRP LLAFAC DDKDGKYDSS REAGTVKLFG LPNDS

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分子 #4: THO complex subunit 5 homolog

分子名称: THO complex subunit 5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.624852 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSESSKKRK PKVIRSDGAP AEGKRNRSDT EQEGKYYSEE AEVDLRDPGR DYELYKYTCQ ELQRLMAEIQ DLKSRGGKDV AIEIEERRI QSCVHFMTLK KLNRLAHIRL KKGRDQTHEA KQKVDAYHLQ LQNLLYEVMH LQKEITKCLE FKSKHEEIDL V SLEEFYKE ...文字列:
MSSESSKKRK PKVIRSDGAP AEGKRNRSDT EQEGKYYSEE AEVDLRDPGR DYELYKYTCQ ELQRLMAEIQ DLKSRGGKDV AIEIEERRI QSCVHFMTLK KLNRLAHIRL KKGRDQTHEA KQKVDAYHLQ LQNLLYEVMH LQKEITKCLE FKSKHEEIDL V SLEEFYKE APPDISKAEV TMGDPHQQTL ARLDWELEQR KRLAEKYREC LSNKEKILKE IEVKKEYLSS LQPRLNSIMQ AS LPVQEYL FMPFDQAHKQ YETARHLPPP LYVLFVQATA YGQACDKTLS VAIEGSVDEA KALFKPPEDS QDDESDSDAE EEQ TTKRRR PTLGVQLDDK RKEMLKRHPL SVMLDLKCKD DSVLHLTFYY LMNLNIMTVK AKVTTAMELI TPISAGDLLS PDSV LSCLY PGDHGKKTPN PANQYQFDKV GILTLSDYVL ELGHPYLWVQ KLGGLHFPKE QPQQTVIADH SLSASHMETT MKLLK TRVQ SRLALHKQFA SLEHGIVPVT SDCQYLFPAK VVSRLVKWVT VAHEDYMELH FTKDIVDAGL AGDTNLYYMA LIERGT AKL QAAVVLNPGY SSIPPVFQLC LNWKGEKTNS NDDNIRAMEG EVNVCYKELC GPWPSHQLLT NQLQRLCVLL DVYLETE SH DDSVEGPKEF PQEKMCLRLF RGPSRMKPFK YNHPQGFFSH R

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分子 #5: THO complex subunit 6 homolog

分子名称: THO complex subunit 6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.577875 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MERAVPLAVP LGQTEVFQAL QRLHMTIFSQ SVSPCGKFLA AGNNYGQIAI FSLSSALSSE AKEESKKPVV TFQAHDGPVY SMVSTDRHL LSAGDGEVKA WLWAEMLKKG CKELWRRQPP YRTSLEVPEI NALLLVPKEN SLILAGGDCQ LHTMDLETGT F TRVLRGHT ...文字列:
MERAVPLAVP LGQTEVFQAL QRLHMTIFSQ SVSPCGKFLA AGNNYGQIAI FSLSSALSSE AKEESKKPVV TFQAHDGPVY SMVSTDRHL LSAGDGEVKA WLWAEMLKKG CKELWRRQPP YRTSLEVPEI NALLLVPKEN SLILAGGDCQ LHTMDLETGT F TRVLRGHT DYIHCLALRE RSPEVLSGGE DGAVRLWDLR TAKEVQTIEV YKHEECSRPH NGRWIGCLAT DSDWMVCGGG PA LTLWHLR SSTPTTIFPI RAPQKHVTFY QDLILSAGQG RCVNQWQLSG ELKAQVPGSS PGLLSLSLNQ QPAAPECKVL TAA GNSCRV DVFTNLGYRA FSLSF

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分子 #6: THO complex subunit 7 homolog

分子名称: THO complex subunit 7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.782014 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGAVTDDEVI RKRLLIDGDG AGDDRRINLL VKSFIKWCNS GSQEEGYSQY QRMLSTLSQC EFSMGKTLLV YDMNLREMEN YEKIYKEIE CSIAGAHEKI AECKKQILQA KRIRKNRQEY DALAKVIQHH PDRHETLKEL EALGKELEHL SHIKESVEDK L ELRRKQFH ...文字列:
MGAVTDDEVI RKRLLIDGDG AGDDRRINLL VKSFIKWCNS GSQEEGYSQY QRMLSTLSQC EFSMGKTLLV YDMNLREMEN YEKIYKEIE CSIAGAHEKI AECKKQILQA KRIRKNRQEY DALAKVIQHH PDRHETLKEL EALGKELEHL SHIKESVEDK L ELRRKQFH VLLSTIHELQ QTLENDEKLS EVEEAQEASM ETDPKP

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分子 #7: Spliceosome RNA helicase DDX39B

分子名称: Spliceosome RNA helicase DDX39B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.05625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAENDVDNEL LDYEDDEVET AAGGDGAEAP AKKDVKGSYV SIHSSGFRDF LLKPELLRAI VDCGFEHPSE VQHECIPQAI LGMDVLCQA KSGMGKTAVF VLATLQQLEP VTGQVSVLVM CHTRELAFQI SKEYERFSKY MPNVKVAVFF GGLSIKKDEE V LKKNCPHI ...文字列:
MAENDVDNEL LDYEDDEVET AAGGDGAEAP AKKDVKGSYV SIHSSGFRDF LLKPELLRAI VDCGFEHPSE VQHECIPQAI LGMDVLCQA KSGMGKTAVF VLATLQQLEP VTGQVSVLVM CHTRELAFQI SKEYERFSKY MPNVKVAVFF GGLSIKKDEE V LKKNCPHI VVGTPGRILA LARNKSLNLK HIKHFILDEC DKMLEQLDMR RDVQEIFRMT PHEKQVMMFS ATLSKEIRPV CR KFMQDPM EIFVDDETKL TLHGLQQYYV KLKDNEKNRK LFDLLDVLEF NQVVIFVKSV QRCIALAQLL VEQNFPAIAI HRG MPQEER LSRYQQFKDF QRRILVATNL FGRGMDIERV NIAFNYDMPE DSDTYLHRVA RAGRFGTKGL AITFVSDEND AKIL NDVQD RFEVNISELP DEIDISSYIE QTR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

11857

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 246457
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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