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- EMDB-13957: Extended H/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (CD630 strain)... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13957
タイトルExtended H/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (CD630 strain) fit into R20291 S-layer negative stain map
マップデータElectron crystallographic reconstruction of R20291 S-layer, extended to cover 12 molecules of SlpA for flexible fitting of X-ray structure to map.
試料
  • 複合体: Electron crystallographic reconstruction of R20291 S-layer, extended to cover 12 molecules of SlpA for flexible fitting of X-ray structure to map
    • タンパク質・ペプチド: Precursor of the S-layer proteins
    • タンパク質・ペプチド: Precursor of the S-layer proteins
機能・相同性Low molecular weight S layer protein, N-terminal / Low molecular weight S layer protein, N-terminal, subdomain / Low molecular weight S layer protein N terminal / Putative cell wall binding repeat 2 / Cell wall binding domain 2 (CWB2) / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / Precursor of the S-layer proteins
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile R20291 (バクテリア) / Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
手法電子線結晶学 / ネガティブ染色法
データ登録者Banerji O / Wilson JS / Bullough PA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust204877/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and assembly of the S-layer in C. difficile.
著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F ...著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F Fairweather / Gillian R Douce / Per A Bullough / Robert P Fagan / Paula S Salgado /
要旨: Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, ...Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, the main S-layer protein of the bacterial pathogen Clostridioides difficile, and use electron microscopy to study S-layer organisation and assembly. The SlpA crystal lattice mimics S-layer assembly in the cell, through tiling of triangular prisms above the cell wall, interlocked by distinct ridges facing the environment. Strikingly, the array is very compact, with pores of only ~10 Å in diameter, compared to other S-layers (30-100 Å). The surface-exposed flexible ridges are partially dispensable for overall structure and assembly, although a mutant lacking this region becomes susceptible to lysozyme, an important molecule in host defence. Thus, our work gives insights into S-layer organisation and provides a basis for development of C. difficile-specific therapeutics.
履歴
登録2021年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年4月6日-
現状2022年4月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13957.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13957.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Electron crystallographic reconstruction of R20291 S-layer, extended to cover 12 molecules of SlpA for flexible fitting of X-ray structure to map.
ボクセルのサイズX: 1 Å / Y: 1 Å / Z: 1.5625 Å
密度
表面レベル登録者による: 22.1
最小 - 最大-250.0 - 213.45927
平均 (標準偏差)-0.27080622 (±37.640175)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-89-94-110
サイズ261321221
Spacing321261221
セルA: 321.0 Å / B: 261.0 Å / C: 345.3125 Å
α: 90.0 ° / β: 90.0 ° / γ: 100.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Electron crystallographic reconstruction of R20291 S-layer, exten...

全体名称: Electron crystallographic reconstruction of R20291 S-layer, extended to cover 12 molecules of SlpA for flexible fitting of X-ray structure to map
要素
  • 複合体: Electron crystallographic reconstruction of R20291 S-layer, extended to cover 12 molecules of SlpA for flexible fitting of X-ray structure to map
    • タンパク質・ペプチド: Precursor of the S-layer proteins
    • タンパク質・ペプチド: Precursor of the S-layer proteins

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超分子 #1: Electron crystallographic reconstruction of R20291 S-layer, exten...

超分子名称: Electron crystallographic reconstruction of R20291 S-layer, extended to cover 12 molecules of SlpA for flexible fitting of X-ray structure to map
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile R20291 (バクテリア)

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分子 #1: Precursor of the S-layer proteins

分子名称: Precursor of the S-layer proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile 630 (バクテリア) / 株: 630
分子量理論値: 39.495035 KDa
配列文字列: NDTIASQDTP AKVVIKANKL KDLKDYVDDL KTYNNTYSNV VTVAGEDRIE TAIELSSKYY NSDDKNAITD KAVNDIVLVG STSIVDGLV ASPLASEKTA PLLLTSKDKL DSSVKSEIKR VMNLKSDTGI NTSKKVYLAG GVNSISKDVE NELKNMGLKV T RLSGEDRY ...文字列:
NDTIASQDTP AKVVIKANKL KDLKDYVDDL KTYNNTYSNV VTVAGEDRIE TAIELSSKYY NSDDKNAITD KAVNDIVLVG STSIVDGLV ASPLASEKTA PLLLTSKDKL DSSVKSEIKR VMNLKSDTGI NTSKKVYLAG GVNSISKDVE NELKNMGLKV T RLSGEDRY ETSLAIADEI GLDNDKAFVV GGTGLADAMS IAPVASQLKD GDATPIVVVD GKAKEISDDA KSFLGTSDVD II GGKNSVS KEIEESIDSA TGKTPDRISG DDRQATNAEV LKEDDYFTDG EVVNYFVAKD GSTKEDQLVD ALAAAPIAGR FKE SPAPII LATDTLSSDQ NVAVSKAVPK DGGTNLVQVG KGIASSVINK MKDLLDM

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分子 #2: Precursor of the S-layer proteins

分子名称: Precursor of the S-layer proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile 630 (バクテリア) / 株: 630
分子量理論値: 33.949785 KDa
配列文字列: ATTGTQGYTV VKNDWKKAVK QLQDGLKDNS IGKITVSFND GVVGEVAPKS ANKKADRDAA AEKLYNLVNT QLDKLGDGDY VDFSVDYNL ENKIITNQAD AEAIVTKLNS LNEKTLIDIA TKDTFGMVSK TQDSEGKNVA ATKALKVKDV ATFGLKSGGS E DTGYVVEM ...文字列:
ATTGTQGYTV VKNDWKKAVK QLQDGLKDNS IGKITVSFND GVVGEVAPKS ANKKADRDAA AEKLYNLVNT QLDKLGDGDY VDFSVDYNL ENKIITNQAD AEAIVTKLNS LNEKTLIDIA TKDTFGMVSK TQDSEGKNVA ATKALKVKDV ATFGLKSGGS E DTGYVVEM KAGAVEDKYG KVGDSTAGIA INLPSTGLEY AGKGTTIDFN KTLKVDVTGG STPSAVAVSG FVTKDDTDLA KS GTINVRV INAKEESIDI DASSYTSAEN LAKRYVFDPD EISEAYKAIV ALQNDGIESN LVQLVNGKYQ VIFYPEGKRL E

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Negatively stained EM samples were prepared by depositing sample on continuous carbon layer and staining with 2 % Uranyl Formate with blotting
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 実像数: 36 / 平均電子線量: 0.1 e/Å2 / 詳細: Images binned by 2 before processing
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / カメラ長: 0.1 mm

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
結晶パラメータ単位格子 - A: 80 Å / 単位格子 - B: 80 Å / 単位格子 - C: 160 Å / 単位格子 - γ: 100 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: P 1 1 2
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
Lattice distortion correction software listソフトウェア - 名称: MRC IMAGE PROCESSING PACKAGE
Symmetry determination software listソフトウェア - 名称: MRC IMAGE PROCESSING PACKAGE
Merging software listソフトウェア - 名称: MRC IMAGE PROCESSING PACKAGE
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 1085 / Number structure factors: 710 / Fourier space coverage: 0.1 / R merge: 0.193 / Overall phase error: 22.3 / Overall phase residual: 21.9
Phase error rejection criteria: Structure factors with phase errors higher than 45 degrees were omitted from refinement
High resolution: 18.25 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 18.25 Å / 殻 - Low resolution: 78.79 Å / 殻 - Number structure factors: 710 / 殻 - Phase residual: 21.9 / 殻 - Fourier space coverage: 0.1 / 殻 - Multiplicity: 0.1

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7qgq:
Extended H/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (CD630 strain) fit into R20291 S-layer negative stain map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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