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- PDB-8bby: VarB H/L (SLPL/SLPH) complex from C. difficile SlpA (R20291 strain) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bby
タイトルVarB H/L (SLPL/SLPH) complex from C. difficile SlpA (R20291 strain)
要素(S-layer proteinS層) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Bacterial surface / S-layer (S層)
機能・相同性Low molecular weight S layer protein, N-terminal / Low molecular weight S layer protein, N-terminal, subdomain / Low molecular weight S layer protein N terminal / Putative cell wall binding repeat 2 / ell wall binding domain 2 (CWB2) / S-layer protein / S-layer protein
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile R20291 (クロストリディオイデス・ディフィシル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204877/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: An intact S-layer is advantageous to Clostridioides difficile within the host.
著者: Ormsby, M.J. / Vaz, F. / Kirk, J.A. / Barwinska-Sendra, A. / Hallam, J.C. / Lanzoni-Mangutchi, P. / Cole, J. / Chaudhuri, R.R. / Salgado, P.S. / Fagan, R.P. / Douce, G.R.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein
B: S-layer protein
C: S-layer protein
D: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,0846
ポリマ－157,0384
非ポリマー462
水57632
1
A: S-layer protein
B: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5423
ポリマ－78,5192
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
2
C: S-layer protein
D: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5423
ポリマ－78,5192
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.926, 131.291, 138.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 S-layer protein / S層


分子量: 34291.676 Da / 分子数: 2 / 変異: 249_253insCTTAG in FM2.5 mutant / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridioides difficile R20291 (クロストリディオイデス・ディフィシル)
Variant: variant of FM2.5 mutant / 参照: UniProt: B3GV24
#2: タンパク質 S-layer protein / S層 / S-layer protein SlpA


分子量: 44227.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridioides difficile R20291 (クロストリディオイデス・ディフィシル)
Variant: variant of FM2.5 mutant / 参照: UniProt: Q9AEM3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.03 M Magnesium chloride hexahydrate; 0.03 M Calcium chloride dihydrate, 0.12 M Ethyleneglycol, 0.05 M Tris (base); 0.05 M BICINE pH 8.5, 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.708459 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.708459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→36.23 Å / Num. obs: 40129 / % possible obs: 97.82 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 42.81 Å2 / CC1/2: 0.978 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.08566 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 3584 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.4035 / % possible all: 86.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ACZ

7acz


解像度: 2.9→36.23 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 32.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2869 3839 4.9 %
Rwork0.2438 74523 -
obs0.2459 40000 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.02 Å2 / Biso mean: 54.32 Å2 / Biso min: 12.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→36.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8352 0 2 32 8386
Biso mean--39.87 36.93 -
残基数----1102
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9-30.31471430.3155352886.49
2.94-2.980.37681360.3082231185
2.98-3.020.39181170.315251189
3.02-3.060.30371320.3051267391
3.06-3.10.35641550.3164257194
3.1-3.150.32321440.2973278997
3.15-3.210.33261610.2806277599
3.21-3.260.35611390.27972850100
3.26-3.320.32741400.2682277499
3.32-3.380.32011710.27242830100
3.38-3.450.34261510.26282777100
3.45-3.530.31111320.25132854100
3.53-3.610.30781550.24812790100
3.61-3.70.35051530.2521284999
3.7-3.80.25561600.232720100
3.8-3.910.28821480.2352869100
3.91-4.040.27211480.22442832100
4.04-4.180.3381410.21032819100
4.18-4.350.1981320.19832801100
4.35-4.550.24061360.20342877100
4.55-4.790.24731240.19322845100
4.79-5.080.24511470.21072814100
5.08-5.480.23161550.22592799100
5.48-6.020.2393980.2622882100
6.02-6.890.29941390.25852801100
6.89-8.660.23331430.2254284599
8.66-36.230.25451390.2468279999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29150.39430.42953.75730.26251.52340.04010.3708-0.685-0.2048-0.08430.0771-0.19180.09680.06690.4146-0.11620.08650.41770.04540.8175-18.4026-49.9227-32.2238
25.70322.12352.43981.14510.70751.9575-0.25690.6101-0.2464-0.48510.487-0.542-0.27080.261-0.09790.55070.02230.03950.6067-0.29620.8411-15.1877-57.4616-38.9568
32.16130.05880.6591.8268-0.60671.6980.17670.1826-0.57470.2848-0.00760.26590.21920.013-0.26170.3082-0.01880.02530.40450.01950.7641-16.7552-49.3683-24.5883
42.61220.31760.33923.67690.75071.54990.13990.0552-0.0148-0.2351-0.07830.6818-0.017-0.0553-0.06170.2354-0.0165-0.00050.3583-0.03140.4851-21.6991-33.0186-24.9271
52.45520.97690.72881.08430.66620.4225-0.0345-0.1095-0.01430.1011-0.07290.3543-0.0269-0.11530.02190.2775-0.04250.09170.25860.00770.4683-6.745-30.602-19.3061
63.0265-0.3193-0.22043.0945-0.9751.21980.0111-0.0125-0.02590.08270.0381-0.1209-0.20210.374-0.02120.35270.01080.14630.199-0.070.078821.1259-20.797-14.1619
71.70630.10730.39022.74910.03091.0423-0.09370.0307-0.11510.13360.0845-0.5577-0.15430.17570.04140.2263-0.03840.03740.2543-0.02880.293824.6366-15.0075-16.2856
80.88550.5247-0.1871.68130.04810.888-0.0426-0.01340.034-0.1950.13630.2178-0.0197-0.04610.10140.1653-0.0448-0.15240.2686-0.0216-0.11316.0416-12.8637-21.2755
91.3895-0.0669-0.7683.2124-0.0830.58550.07640.30580.4598-0.1367-0.00590.64440.2013-0.4151-0.07130.18760.0737-0.04020.37550.03640.2483-4.5851-14.8464-15.4309
102.68031.36030.372.4476-0.73451.66540.29560.59920.9215-0.0164-0.0742-0.61110.14350.1237-0.13530.3705-0.0557-0.01270.53840.0921.062143.1237-33.4141-34.1093
114.4441-2.13142.55761.4026-0.18774.63590.0385-0.42160.2446-0.1298-0.05270.1998-0.14270.0286-0.04480.82680.27180.02080.73620.30171.088237.0817-21.9643-35.1005
122.78140.6329-0.70632.0228-0.50423.72140.88630.39350.79880.53980.41260.3906-0.19340.1154-0.26480.48140.01260.1050.51170.05791.255640.2942-29.0616-29.9332
136.3185-0.02892.59551.66590.02938.38540.33580.0129-0.06130.0840.10010.0119-0.12680.2638-0.53570.4892-0.1503-0.01910.27160.05840.913445.2452-35.7417-25.0726
144.58910.45652.99460.08910.33652.08110.0636-0.88390.05210.31550.4534-0.5218-0.21930.7923-0.06720.4787-0.0382-0.19010.5238-0.07480.515959.3817-48.2391-12.3609
153.33810.3001-0.4534.12930.1852.6735-0.2437-0.06970.4653-0.21920.13340.04080.20960.09560.12290.2985-0.0447-0.02920.33830.0150.405947.5974-53.0737-22.2706
160.72430.87160.92225.5701-1.67712.90930.33660.04640.6161-0.9286-0.2075-0.61740.1140.57090.20570.4045-0.00030.12970.6165-0.06621.092359.15-48.3928-30.0863
171.13511.09691.23936.574-0.87583.6764-0.11190.2825-0.0472-0.27410.11720.42290.1714-0.43620.01340.2386-0.03310.04020.29370.22080.87143.8096-46.1123-20.3795
182.16180.4167-0.31181.1137-0.30730.17450.05610.0748-0.04740.0235-0.0843-0.21940.06920.11390.14650.26820.01640.02470.2923-0.00040.485333.0218-54.4371-17.6094
192.4597-0.3543-0.51023.09670.38971.2618-0.1726-0.0143-0.10370.18710.10370.33670.2666-0.16530.08690.2048-0.0194-0.00770.2250.00820.25267.8588-68.6129-16.2796
202.8872-0.47390.67673.2097-0.1231.6319-0.06540.0918-0.1927-0.11020.2096-0.57260.09410.2344-0.08660.2180.0170.0530.2176-0.04710.304227.2344-68.2248-20.4823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 29 )A4 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 68 )A30 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 265 )A69 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 266 through 316 )A266 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 76 )B1 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 77 through 106 )B77 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 107 through 269 )B107 - 269
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 270 through 386 )B270 - 386
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 387 through 416 )B387 - 416
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 3 through 43 )C3 - 43
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 44 through 72 )C44 - 72
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 73 through 244 )C73 - 244
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 245 through 254 )C245 - 254
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 255 through 264 )C255 - 264
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 265 through 287 )C265 - 287
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 288 through 306 )C288 - 306
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 307 through 316 )C307 - 316
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 4 through 92 )D4 - 92
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 93 through 280 )D93 - 280
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 281 through 415 )D281 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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