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- PDB-7acy: H/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (CD630 strain) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7acy
タイトルH/L (SLPH/SLPL) complex from C. difficile (CD630 strain)
要素(S-layer protein) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial surface / S-layer
機能・相同性Low molecular weight S layer protein, N-terminal / Low molecular weight S layer protein, N-terminal, subdomain / Low molecular weight S layer protein N terminal / : / Putative cell wall binding repeat 2 / Cell wall binding domain 2 (CWB2) / identical protein binding / Precursor of the S-layer proteins
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Lanzoni-Mangutchi, P. / Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204877/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and assembly of the S-layer in C. difficile.
著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F ...著者: Paola Lanzoni-Mangutchi / Oishik Banerji / Jason Wilson / Anna Barwinska-Sendra / Joseph A Kirk / Filipa Vaz / Shauna O'Beirne / Arnaud Baslé / Kamel El Omari / Armin Wagner / Neil F Fairweather / Gillian R Douce / Per A Bullough / Robert P Fagan / Paula S Salgado /
要旨: Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, ...Many bacteria and archaea possess a two-dimensional protein array, or S-layer, that covers the cell surface and plays crucial roles in cell physiology. Here, we report the crystal structure of SlpA, the main S-layer protein of the bacterial pathogen Clostridioides difficile, and use electron microscopy to study S-layer organisation and assembly. The SlpA crystal lattice mimics S-layer assembly in the cell, through tiling of triangular prisms above the cell wall, interlocked by distinct ridges facing the environment. Strikingly, the array is very compact, with pores of only ~10 Å in diameter, compared to other S-layers (30-100 Å). The surface-exposed flexible ridges are partially dispensable for overall structure and assembly, although a mutant lacking this region becomes susceptible to lysozyme, an important molecule in host defence. Thus, our work gives insights into S-layer organisation and provides a basis for development of C. difficile-specific therapeutics.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein
B: S-layer protein
C: S-layer protein
D: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1787
ポリマ－146,8904
非ポリマー2883
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, ELISA assay probed SLPL (LMW SLP) and SLPH (HMW SLP) interaction and confirmed H/L complex formation (Fagan, Mol. Micro, 2009)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area60130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.670, 78.250, 81.580
Angle α, β, γ (deg.)81.89, 66.98, 65.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 S-layer protein


分子量: 33949.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridioides difficile (strain 630) (バクテリア)
Plasmid details: RT012, SLCT7 / 株: 630 / 参照: UniProt: Q183M8
#2: タンパク質 S-layer protein


分子量: 39495.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridioides difficile (strain 630) (バクテリア)
Plasmid details: RT012, SLCT7 / 株: 630 / 参照: UniProt: Q183M8
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M MES pH 6.2 1.25 Lithium chloride 16% PEG 6000 10% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→52.31 Å / Num. obs: 47230 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.17 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4750 / CC1/2: 0.732 / CC star: 0.919 / Rpim(I) all: 0.445 / Rrim(I) all: 0.836 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CVZ, 5j6Q, D_129211090/992/994

3cvz

5j6q


解像度: 2.55→52.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 38.843 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.11 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2432 5.2 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 44767 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20.68 Å2-0.19 Å2
2--1.05 Å20.54 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→52.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10306 0 15 97 10418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01910416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9161.90914092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9172.93223094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.69951378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64527.286420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.727151900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4641522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.21696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0211644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0053.035524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0053.035523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7884.5426898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7884.5436899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8083.1114892
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7963.0884880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4154.5937176
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.53136.34411150
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.5336.33311146
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 200 -
Rwork0.373 3349 -
obs--97.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40610.0542-0.35740.2171-0.33391.0013-0.019-0.036-0.14220.1457-0.03290.0144-0.1894-0.23330.0520.652-0.1232-0.22970.32770.08440.1794-7.686-2.13247.01
21.29780.79290.36041.8616-0.3330.880.06160.12430.11170.0276-0.0433-0.07780.06870.0597-0.01840.5007-0.1571-0.19680.07630.09140.122233.39939.52424.957
30.6101-0.26160.33280.4376-0.28560.455-0.0912-0.1360.0979-0.07570.04420.0108-0.0546-0.32780.04690.5518-0.1041-0.24980.43080.04080.11885.63783.128-11.359
40.25630.3425-0.0582.0162-0.03170.5152-0.08150.0194-0.01840.03280.07690.0765-0.05440.07590.00460.4447-0.2093-0.20280.11270.10970.12799.99321.138-8.99
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 318
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 374
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 318
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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