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- PDB-5j6q: Cwp8 from Clostridium difficile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j6q
タイトルCwp8 from Clostridium difficile
要素Cell wall binding protein cwp8
キーワードCELL ADHESION / cell wall protein / S-layer / CWB2 domain / toprim fold
機能・相同性Putative cell wall binding repeat 2 / Cell wall binding domain 2 (CWB2) / Cell wall binding protein cwp8
機能・相同性情報
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Renko, M. / Usenik, A. / Turk, D.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0048 スロベニア
Ministry of Science and TechnologyOP13.1.1.2.02.0005 スロベニア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The CWB2 Cell Wall-Anchoring Module Is Revealed by the Crystal Structures of the Clostridium difficile Cell Wall Proteins Cwp8 and Cwp6.
著者: Usenik, A. / Renko, M. / Mihelic, M. / Lindic, N. / Borisek, J. / Perdih, A. / Pretnar, G. / Muller, U. / Turk, D.
履歴
登録2016年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Data collection / Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell wall binding protein cwp8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,62110
ポリマ－64,8171
非ポリマー8049
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area29530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.454, 63.432, 86.407
Angle α, β, γ (deg.)97.250, 100.530, 91.960
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cell wall binding protein cwp8


分子量: 64816.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA from C. difficile 630
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
遺伝子: cwp8, CD630_27990 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q183N4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
13.7367rod-like
23.7367rod-like
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法2.04 M Ammonium sulfate 0.17 M Potassium acetate
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法2.04 M Ammonium sulfate 0.17 M Potassium acetate 5 mM platinum potassium thiocyanate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.111
シンクロトロンESRF BM1421.069
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2012年9月11日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2012年12月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.0691
反射

Entry-ID: 5J6Q / % possible obs: 95 %

解像度 (Å)Num. obsObserved criterion σ(I)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.1-42.1522161.640.0630.054115.15
2.2-42921771.90.0940.084213.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.1-2.1741.030.88169.45
0.921.562

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
SHELXDE位相決定
ARPモデル構築
MAIN精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→42.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9451 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9351 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.2
詳細: Free Kick ML target function uses all data for calculation of phase error estimates from randomly displaced atoms. Praznikar, J. & Turk, D. (2014) Free kick instead of cross-validation in ...詳細: Free Kick ML target function uses all data for calculation of phase error estimates from randomly displaced atoms. Praznikar, J. & Turk, D. (2014) Free kick instead of cross-validation in maximum-likelihood refinement of macromolecular crystal structures. Acta Cryst. D70, 3124-3134.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 52186 100 %NONE
Rwork0.2291 ---
all0.2291 ---
obs0.2291 52186 95 %-
溶媒の処理VDWプローブ半径: 1.6 Å / Bsol: 28.69 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 199.2 Å2 / Biso mean: 74.43 Å2 / Biso min: 20.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.754 Å20.452 Å2-0.552 Å2
2--0.63 Å20.364 Å2
3---0.124 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4553 0 41 412 5006
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.135 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 1766 100 %
Rwork0.3371 1766 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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