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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13364 | |||||||||
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タイトル | UVC treated Human apoferritin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ferritin / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Renault L / Depelteau JS | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: UVC inactivation of pathogenic samples suitable for cryo-EM analysis. 著者: Jamie S Depelteau / Ludovic Renault / Nynke Althof / C Keith Cassidy / Luiza M Mendonça / Grant J Jensen / Guenter P Resch / Ariane Briegel / 要旨: Cryo-electron microscopy has become an essential tool to understand structure and function of biological samples. Especially for pathogens, such as disease-causing bacteria and viruses, insights ...Cryo-electron microscopy has become an essential tool to understand structure and function of biological samples. Especially for pathogens, such as disease-causing bacteria and viruses, insights gained by cryo-EM can aid in developing cures. However, due to the biosafety restrictions of pathogens, samples are often treated by chemical fixation to render the pathogen inert, affecting the ultrastructure of the sample. Alternatively, researchers use in vitro or ex vivo models, which are non-pathogenic but lack the complexity of the pathogen of interest. Here we show that ultraviolet-C (UVC) radiation applied at cryogenic temperatures can be used to eliminate or dramatically reduce the infectivity of Vibrio cholerae and the bacterial virus, the ICP1 bacteriophage. We show no discernable structural impact of this treatment of either sample using two cryo-EM methods: cryo-electron tomography followed by sub-tomogram averaging, and single particle analysis (SPA). Additionally, we applied the UVC irradiation to the protein apoferritin (ApoF), which is a widely used test sample for high-resolution SPA studies. The UVC-treated ApoF sample resulted in a 2.1 Å structure indistinguishable from an untreated published map. This research demonstrates that UVC treatment is an effective and inexpensive addition to the cryo-EM sample preparation toolbox. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13364.map.gz | 20 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13364-v30.xml emd-13364.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13364_fsc.xml | 11 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13364.png | 207.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13364.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13364 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13364 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13364_validation.pdf.gz | 409.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13364_full_validation.pdf.gz | 408.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13364_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13364_validation.cif.gz | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13364 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13364 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.656 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : UVC treated Human apo Ferritin
全体 | 名称: UVC treated Human apo Ferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: UVC treated Human apo Ferritin
超分子 | 名称: UVC treated Human apo Ferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
分子 | 名称: Ferritin heavy chain, N-terminally processed / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 20.274703 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ASTSQVRQNY HQDSEAAINR QINLELYASY VYLSMSYYFD RDDVALKNFA KYFLHQSHEE REHAEKLMKL QNQRGGRIFL QDIKKPDCD DWESGLNAME CALHLEKNVN QSLLELHKLA TDKNDPHLCD FIETHYLNEQ VKAIKELGDH VTNLRKMGAP E SGLAEYLF DKHTLG UniProtKB: Ferritin heavy chain |
-分子 #2: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 96 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 167 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7207 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |