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- EMDB-12706: Murine CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12706
タイトルMurine CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2
マップデータmurine CIII2 focus-refined from CICIII2
試料
  • 複合体: Murine complex CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 6種
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / response to mercury ion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / thalamus development ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / response to mercury ion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / thalamus development / Mitochondrial protein degradation / : / : / response to alkaloid / quinol-cytochrome-c reductase / response to copper ion / response to glucagon / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cellular respiration / midbrain development / hypothalamus development / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / response to cobalamin / electron transport coupled proton transport / response to hyperoxia / animal organ regeneration / response to cadmium ion / response to hormone / respiratory electron transport chain / response to activity / hippocampus development / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to toxic substance / response to calcium ion / myelin sheath / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vercellino I / Sazanov LA
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission754411 オーストリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure and assembly of the mammalian mitochondrial supercomplex CIIICIV.
著者: Irene Vercellino / Leonid A Sazanov /
要旨: The enzymes of the mitochondrial electron transport chain are key players of cell metabolism. Despite being active when isolated, in vivo they associate into supercomplexes, whose precise role is ...The enzymes of the mitochondrial electron transport chain are key players of cell metabolism. Despite being active when isolated, in vivo they associate into supercomplexes, whose precise role is debated. Supercomplexes CIIICIV (refs. ), CICIII (ref. ) and CICIIICIV (respirasome) exist in mammals, but in contrast to CICIII and the respirasome, to date the only known eukaryotic structures of CIIICIV come from Saccharomyces cerevisiae and plants, which have different organization. Here we present the first, to our knowledge, structures of mammalian (mouse and ovine) CIIICIV and its assembly intermediates, in different conformations. We describe the assembly of CIIICIV from the CIII precursor to the final CIIICIV conformation, driven by the insertion of the N terminus of the assembly factor SCAF1 (ref. ) deep into CIII, while its C terminus is integrated into CIV. Our structures (which include CICIII and the respirasome) also confirm that SCAF1 is exclusively required for the assembly of CIIICIV and has no role in the assembly of the respirasome. We show that CIII is asymmetric due to the presence of only one copy of subunit 9, which straddles both monomers and prevents the attachment of a second copy of SCAF1 to CIII, explaining the presence of one copy of CIV in CIIICIV in mammals. Finally, we show that CIII and CIV gain catalytic advantage when assembled into the supercomplex and propose a role for CIIICIV in fine tuning the efficiency of electron transfer in the electron transport chain.
履歴
登録2021年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2021年10月27日-
現状2021年10月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7o3h
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12706.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 77.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈murine CIII2 focus-refined from CICIII2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.5 Å/pix.
x 243 pix.
= 121.455 Å		0.5 Å/pix.
x 257 pix.
= 128.452 Å		0.5 Å/pix.
x 325 pix.
= 162.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.49981 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.08931874 - 0.3091969
平均 (標準偏差)0.014097222 (±0.028675193)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ257325243
Spacing243257325
セルA: 121.4548 Å / B: 128.4522 Å / C: 162.43954 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.499814814814810.499813229571980.49981538461538
M x/y/z243257325
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z121.455128.452162.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ243257325
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS325257243
D min/max/mean-0.0890.3090.014

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine complex CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2

全体名称: Murine complex CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2
要素
  • 複合体: Murine complex CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

+
超分子 #1: Murine complex CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2

超分子名称: Murine complex CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11 / 詳細: Dimer of Complex III
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: CD1 / 器官: heart / 組織: cardiac muscle / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: inner mitochondrial membrane
分子量実験値: 500 KDa

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 49.355301 KDa
配列文字列: TATFAQALQS VPETQVSILD NGLRVASEQS SHATCTVGVW IDAGSRYETE KNNGAGYFLE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SIGAHLNAY STREHTAYLI KALSKDLPKV VELLADIVQN SSLEDSQIEK ERDVILREMQ ENDASMQNVV FDYLHATAFQ G TPLAQAVE ...文字列:
TATFAQALQS VPETQVSILD NGLRVASEQS SHATCTVGVW IDAGSRYETE KNNGAGYFLE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SIGAHLNAY STREHTAYLI KALSKDLPKV VELLADIVQN SSLEDSQIEK ERDVILREMQ ENDASMQNVV FDYLHATAFQ G TPLAQAVE GPSENVRRLS RTDLTDYLNR HYKAPRMVLA AAGGVEHQQL LDLAQKHLSS VSRVYEEDAV PGLTPCRFTG SE IRHRDDA LPLAHVAIAV EGPGWANPDN VTLQVANAII GHYDCTYGGG VHLSSPLASV AVANKLCQSF QTFNISYSDT GLL GAHFVC DAMSIDDMVF FLQGQWMRLC TSATESEVTR GKNILRNALV SHLDGTTPVC EDIGRSLLTY GRRIPLAEWE SRIQ EVDAQ MLRDICSKYF YDQCPAVAGY GPIEQLPDYN RIRSGMFWLR F

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 46.641773 KDa
配列文字列: SLKVAPKVKT SAAPGGVPLQ PQDLEFTKLP NGLVIASLEN YAPLSRIGLF VKAGSRYEDS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT ATRENMAYTV EGIRSDIEIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LRSQLKIDKA VAFQNSQTRI I ENLHDVAY ...文字列:
SLKVAPKVKT SAAPGGVPLQ PQDLEFTKLP NGLVIASLEN YAPLSRIGLF VKAGSRYEDS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT ATRENMAYTV EGIRSDIEIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LRSQLKIDKA VAFQNSQTRI I ENLHDVAY KNALANPLYC PDYRMGKITS EELHYFVQNH FTSARMALVG LGVSHSVLKQ VAEQFLNMRG GLGLAGAKAK YR GGEIREQ NGDNLVHAAI VAESAAIGNA EANAFSVLQH LLGAGPHIKR GNNTTSLLSQ SVAKGSHQPF DVSAFNASYS DSG LFGIYT ISQAAAAGEV INAAYNQVKA VAQGNLSSAD VQAAKNKLKA GYLMSVETSE GFLSEIGSQA LAAGSYMPPS TVLQ QIDSV ADADVVKAAK KFVSGKKSMA ASGNLGHTPF LDEL

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 43.240305 KDa
配列文字列: MTNMRKTHPL FKIINHSFID LPAPSNISSW WNFGSLLGVC LMVQIITGLF LAMHYTSDTM TAFSSVTHIC RDVNYGWLIR YMHANGASM FFICLFLHVG RGLYYGSYTF METWNIGVLL LFAVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTT L VEWIWGGF ...文字列:
MTNMRKTHPL FKIINHSFID LPAPSNISSW WNFGSLLGVC LMVQIITGLF LAMHYTSDTM TAFSSVTHIC RDVNYGWLIR YMHANGASM FFICLFLHVG RGLYYGSYTF METWNIGVLL LFAVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTT L VEWIWGGF SVDKATLTRF FAFHFILPFI IAALAIVHLL FLHETGSNNP TGLNSDADKI PFHPYYTIKD ILGILIMFLI LM TLVLFFP DMLGDPDNYM PANPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSIPNK LGGVLALILS ILILALMPFL HTSKQRSLMF RPI TQILYW ILVANLLILT WIGGQPVEHP FIIIGQLASI SYFSIILILM PISGIIEDKM LKLYP

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 27.312188 KDa
配列文字列: SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEEE AKALAEEVEV QDGPNDDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYTEV ...文字列:
SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEEE AKALAEEVEV QDGPNDDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYTEV LEYDDGTPAT MSQVAKDVAT FLRWASEPEH DHRKRMGLKM LLMMGLLLPL TYAMKRHKWS VLKSRKLAYR PP K

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 21.524398 KDa
配列文字列: SHTDVKVPDF SDYRRAEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLDRVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS ...文字列:
SHTDVKVPDF SDYRRAEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLDRVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS GRIRKGPAPL NLEVPAYEFT SDDVVVVG

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 13.456336 KDa
配列文字列:
AGRSAVSASS KWLDGFRKWY YNAAGFNKLG LMRDDTLHET EDVKEAIRRL PEDLYNDRMF RIKRALDLTM RHQILPKDQW TKYEEDKFY LEPYLKEVIR ERKEREEWAK K

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 9.652051 KDa
配列文字列:
GREFGNLARI RHVISYSLSP FEQRAFPSYF SKGIPNVLRR TRERILRVAP PFVVVYLIYT WGNQEFEQSK RKNPAMYEND K

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 9.002015 KDa
配列文字列:
GDPKEEEEEE LVDPLTTVRE HCEQLEKCVK ARERLELCDN RVSSRSQTEE DCTEELFDFL HARDHCVAHK LFKNLK

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 7.32633 KDa
配列文字列:
SSPTIPSRLY SLLFRRTSTF ALTIAVGALF FERAFDQGAD AIYEHINEGK LWKHIKHKYE NKE

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 6.546627 KDa
配列文字列:
MLSRFLGPRY RELARNWIPT AGMWGTVGAV GLVWATDWRL ILDWVPYING KFKKDD

+
分子 #11: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 7.900234 KDa
配列文字列:
MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLL QGAVPAASEP PVLDVKRPFL CRESLSGQAA ARPLVATVGL NVPASVRF

+
分子 #12: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 8 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #13: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #14: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #15: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #16: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #17: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMC10H16N2O8EDTA
0.2 %C32H58N2O7SCHAPS

詳細: CHAPS was added only upon freezing
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7245 / 平均露光時間: 1.17 sec. / 平均電子線量: 90.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1500000
詳細: multiple rounds of picking and classification performed, first with Relion LoG and then with Topaz, to extract the best particles from the non-pure starting material
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
Gctfused for per-particle defocus
CTFFINDused for initial CTF estimation
RELION (ver. 3.1)used for CTF refinement
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6qbx


詳細: PDB 6qbx used for initial classification of CICIII2
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: the final pool of particles was classified without alignment around the MPP cavity to separate the two orientations of Sub 9. the two classes were then refined, first globally and then ...詳細: the final pool of particles was classified without alignment around the MPP cavity to separate the two orientations of Sub 9. the two classes were then refined, first globally and then focused on CIII, re-oriented along the C2 symmetry axis, to allow for subsequent 180 degrees flipping of one class and final re-pooled refinement with all particles having the same orientation of Sub 9
使用した粒子像数: 129
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 116400 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: the particles were not evenly distributed in the classes. the good class contained 129k particles
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1ntz

,

3l75

)
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 65 / 当てはまり具合の基準: MAXIMAL LIKELIHOOD
得られたモデル

PDB-7o3h:
Murine CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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