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万見
- PDB-6d7j: The Crystal Structure of Parabacteroides merdae Beta-Glucuronidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d7j
タイトルThe Crystal Structure of Parabacteroides merdae Beta-Glucuronidase (GUS) with Glycerol in Active-Site
要素Beta-Glucuronidase
キーワードHYDROLASE / bacterial enzyme / glycoside hydrolase family 2 / GUS / Beta-Glucuronidase / carbohydrate binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 2, domain 5 / Glycoside hydrolase family 2 C-terminal domain 5 / Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain ...Glycoside hydrolase family 2, domain 5 / Glycoside hydrolase family 2 C-terminal domain 5 / Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROLINE / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Parabacteroides merdae CL03T12C32 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Little, M.S. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)CA098468 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)CA207416 米国
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Active site flexibility revealed in crystal structures of Parabacteroides merdae beta-glucuronidase from the human gut microbiome.
著者: Little, M.S. / Ervin, S.M. / Walton, W.G. / Tripathy, A. / Xu, Y. / Liu, J. / Redinbo, M.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Gut microbial beta-glucuronidases reactivate estrogens as components of the estrobolome that reactivate estrogens.
著者: Ervin, S.M. / Li, H. / Lim, L. / Roberts, L.R. / Liang, X. / Mani, S. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-Glucuronidase
B: Beta-Glucuronidase
C: Beta-Glucuronidase
D: Beta-Glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)384,85767
ポリマ－379,4974
非ポリマー5,36063
水33,5801864
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25260 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area107680 Å2
2
A: Beta-Glucuronidase
B: Beta-Glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,56635
ポリマ－189,7482
非ポリマー2,81833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10910 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area56250 Å2
手法PISA
3
C: Beta-Glucuronidase
D: Beta-Glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,29032
ポリマ－189,7482
非ポリマー2,54230
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10880 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area54920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.920, 171.968, 125.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNHISHIS(chain 'A' and ((resid 22 through 24 and (name N...AA22 - 41622 - 416
12ASNASNLEULEU(chain 'A' and ((resid 22 through 24 and (name N...AA418 - 532418 - 532
13PROPROSERSER(chain 'A' and ((resid 22 through 24 and (name N...AA555 - 828555 - 828
24ASNASNHISHIS(chain 'B' and ((resid 22 through 24 and (name N...BB22 - 41622 - 416
25ASNASNLEULEU(chain 'B' and ((resid 22 through 24 and (name N...BB418 - 532418 - 532
26PROPROSERSER(chain 'B' and ((resid 22 through 24 and (name N...BB555 - 828555 - 828
37ASNASNHISHIS(chain 'C' and ((resid 22 through 24 and (name N...CC22 - 41622 - 416
38ASNASNLEULEU(chain 'C' and ((resid 22 through 24 and (name N...CC418 - 532418 - 532
39PROPROSERSER(chain 'C' and ((resid 22 through 24 and (name N...CC555 - 828555 - 828
410ASNASNHISHIS(chain 'D' and ((resid 22 through 24 and (name N...DD22 - 41622 - 416
411ASNASNLEULEU(chain 'D' and ((resid 22 through 24 and (name N...DD418 - 532418 - 532
412PROPROSERSER(chain 'D' and ((resid 22 through 24 and (name N...DD555 - 828555 - 828

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-Glucuronidase / GUS


分子量: 94874.227 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 19-826 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides merdae CL03T12C32 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1060_00403
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: K5ZWV5

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非ポリマー , 5種, 1927分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1864 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 3350 0.2 M Proline 0.1 M HEPES pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→48.34 Å / Num. obs: 335371 / % possible obs: 96.18 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 25.71 Å2 / Net I/σ(I): 9.64
反射 シェル解像度: 2.244→2.325 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIXモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→48.34 Å / SU ML: 0.2158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.6781
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 3875 1.16 %
Rwork0.1649 --
obs0.1653 335371 94.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25187 0 342 1864 27393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007226123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.888835384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05493735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00654572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.900815378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.270.27331310.23539525X-RAY DIFFRACTION76.17
2.27-2.30.26091270.219211265X-RAY DIFFRACTION90.52
2.3-2.330.21641300.208411416X-RAY DIFFRACTION91.37
2.33-2.360.25261290.204311332X-RAY DIFFRACTION91.28
2.36-2.40.24911420.212311472X-RAY DIFFRACTION91.69
2.4-2.430.29651350.21211421X-RAY DIFFRACTION91.93
2.43-2.470.27351140.200611449X-RAY DIFFRACTION91.7
2.47-2.510.23451450.192311504X-RAY DIFFRACTION91.85
2.51-2.550.20221580.189811486X-RAY DIFFRACTION93.02
2.55-2.60.19741190.186311740X-RAY DIFFRACTION93.73
2.6-2.650.21561350.184511736X-RAY DIFFRACTION94.14
2.65-2.70.22741280.185611777X-RAY DIFFRACTION94.69
2.7-2.760.25231430.180411898X-RAY DIFFRACTION95.23
2.76-2.830.21671340.174511946X-RAY DIFFRACTION96.16
2.83-2.90.23011380.171712052X-RAY DIFFRACTION96.16
2.9-2.980.19131500.171612077X-RAY DIFFRACTION96.8
2.98-3.060.22241310.166312109X-RAY DIFFRACTION97.07
3.06-3.160.18091440.156912118X-RAY DIFFRACTION97.63
3.16-3.280.17581330.15212205X-RAY DIFFRACTION97.57
3.28-3.410.16821450.141812139X-RAY DIFFRACTION97.94
3.41-3.560.17661340.143512274X-RAY DIFFRACTION97.71
3.56-3.750.17181530.142912226X-RAY DIFFRACTION98.5
3.75-3.980.16011440.136212238X-RAY DIFFRACTION98.01
3.98-4.290.15981510.138712322X-RAY DIFFRACTION99.17
4.29-4.720.16351370.138712412X-RAY DIFFRACTION99.6
4.72-5.410.20271410.154312503X-RAY DIFFRACTION99.89
5.41-6.810.25221500.177812461X-RAY DIFFRACTION99.99
6.81-48.350.19441540.171412393X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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