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万見
- EMDB-12453: Cryo-EM structure of the Lin28B nucleosome core particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12453
タイトルCryo-EM structure of the Lin28B nucleosome core particle
マップデータLin28B Nucleosome Core Particle
試料
  • 複合体: Lin28B Nucleosome Core Particle
    • 複合体: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • 複合体: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • 複合体: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • 複合体: Histone H2B type 1-J
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (131-MER)
      • DNA: DNA (131-MER)
キーワードReprogramming / Oct4 binding sites / Nucleosome / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere ...negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / G2/M DNA damage checkpoint / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / nucleosome / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heterochromatin formation / nucleosome assembly / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / HATs acetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex / : / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A ...: / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H4 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Roberts GA / Ozkan B
資金援助 英国, 6件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N024028/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M0180404/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R008795/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M010996/1 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2021
タイトル: Dissecting OCT4 defines the role of nucleosome binding in pluripotency.
著者: Gareth A Roberts / Burak Ozkan / Ivana Gachulincová / Michael R O'Dwyer / Elisa Hall-Ponsele / Manoj Saxena / Philip J Robinson / Abdenour Soufi /
要旨: Pioneer transcription factors such as OCT4 can target silent genes embedded in nucleosome-dense regions. How nucleosome interaction enables transcription factors to target chromatin and determine ...Pioneer transcription factors such as OCT4 can target silent genes embedded in nucleosome-dense regions. How nucleosome interaction enables transcription factors to target chromatin and determine cell identity remains elusive. Here, we systematically dissect OCT4 to show that nucleosome binding is encoded within the DNA-binding domain and yet can be uncoupled from free-DNA binding. Furthermore, accelerating the binding kinetics of OCT4 to DNA enhances nucleosome binding. In cells, uncoupling nucleosome binding diminishes the ability of OCT4 to individually access closed chromatin, while more dynamic nucleosome binding results in expansive genome scanning within closed chromatin. However, both uncoupling and enhancing nucleosome binding are detrimental to inducing pluripotency from differentiated cells. Remarkably, stable interactions between OCT4 and nucleosomes are continuously required for maintaining the accessibility of pluripotency enhancers in stem cells. Our findings reveal how the affinity and residence time of OCT4-nucleosome complexes modulate chromatin accessibility during cell fate changes and maintenance.
履歴
登録2021年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00958
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00958
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nl0
  • 表面レベル: 0.00958
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12453.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 202.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Lin28B Nucleosome Core Particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 376 pix.
= 244.135 Å		0.65 Å/pix.
x 376 pix.
= 244.135 Å		0.65 Å/pix.
x 376 pix.
= 244.135 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6493 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00958 / ムービー #1: 0.00958
最小 - 最大-0.026079396 - 0.052641526
平均 (標準偏差)0.00010164618 (±0.0013425621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ376376376
Spacing376376376
セルA=B=C: 244.13528 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.649295212765960.649295212765960.64929521276596
M x/y/z376376376
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z244.135244.135244.135
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS376376376
D min/max/mean-0.0260.0530.000

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : Lin28B Nucleosome Core Particle

全体名称: Lin28B Nucleosome Core Particle
要素
  • 複合体: Lin28B Nucleosome Core Particle
    • 複合体: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • 複合体: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • 複合体: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • 複合体: Histone H2B type 1-J
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (131-MER)
      • DNA: DNA (131-MER)

+
超分子 #1: Lin28B Nucleosome Core Particle

超分子名称: Lin28B Nucleosome Core Particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 209.739 KDa

+
超分子 #2: Histone H3.1

超分子名称: Histone H3.1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Histone H4

超分子名称: Histone H4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Histone H2A type 1-B/E

超分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: Histone H2B type 1-J

超分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #6: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Synthetically produced: Yes

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.165551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

+
分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.935239 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

+
分子 #5: DNA (131-MER)

分子名称: DNA (131-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.398344 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT) ...文字列:
(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT) (DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG) (DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)

+
分子 #6: DNA (131-MER)

分子名称: DNA (131-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.59568 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA) ...文字列:
(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG) (DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC) (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT) (DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DT)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 56.7045 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 217170
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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