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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12057 | |||||||||
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タイトル | TRAPPCore from the MiniTRAPPIII complex | |||||||||
マップデータ | Drosophila melanogaster TRAPPCore from the MiniTRAPPIII | |||||||||
試料 |
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キーワード | GEFs / Golgi / Rab1 / TRAPPIII complex / EXOCYTOSIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 COPII-mediated vesicle transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPI protein complex / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / dsRNA transport / Golgi vesicle transport / cis-Golgi network membrane / Neutrophil degranulation ...COPII-mediated vesicle transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPI protein complex / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / dsRNA transport / Golgi vesicle transport / cis-Golgi network membrane / Neutrophil degranulation / intra-Golgi vesicle-mediated transport / cis-Golgi network / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / trans-Golgi network / spermatogenesis / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Galindo A / Munro S | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of metazoan TRAPPIII, the multi-subunit complex that activates the GTPase Rab1. 著者: Antonio Galindo / Vicente J Planelles-Herrero / Gianluca Degliesposti / Sean Munro / 要旨: The TRAPP complexes are nucleotide exchange factors that play essential roles in membrane traffic and autophagy. TRAPPII activates Rab11, and TRAPPIII activates Rab1, with the two complexes sharing a ...The TRAPP complexes are nucleotide exchange factors that play essential roles in membrane traffic and autophagy. TRAPPII activates Rab11, and TRAPPIII activates Rab1, with the two complexes sharing a core of small subunits that affect nucleotide exchange but being distinguished by specific large subunits that are essential for activity in vivo. Crystal structures of core subunits have revealed the mechanism of Rab activation, but how the core and the large subunits assemble to form the complexes is unknown. We report a cryo-EM structure of the entire Drosophila TRAPPIII complex. The TRAPPIII-specific subunits TRAPPC8 and TRAPPC11 hold the catalytic core like a pair of tongs, with TRAPPC12 and TRAPPC13 positioned at the joint between them. TRAPPC2 and TRAPPC2L link the core to the two large arms, with the interfaces containing residues affected by disease-causing mutations. The TRAPPC8 arm is positioned such that it would contact Rab1 that is bound to the core, indicating how the arm could determine the specificity of the complex. A lower resolution structure of TRAPPII shows a similar architecture and suggests that the TRAPP complexes evolved from a single ur-TRAPP. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12057.map.gz | 228.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12057-v30.xml emd-12057.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12057_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12057.png | 209.9 KB | ||
マスクデータ | emd_12057_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12057.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12057 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12057 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12057_validation.pdf.gz | 629.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12057_full_validation.pdf.gz | 629 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12057_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12057_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12057 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12057 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12057.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Drosophila melanogaster TRAPPCore from the MiniTRAPPIII | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2564 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12057_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex.
全体 | 名称: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex. |
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要素 |
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-超分子 #1: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex.
超分子 | 名称: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-分子 #1: Trafficking protein particle complex subunit
分子 | 名称: Trafficking protein particle complex subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 20.492309 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MSRQASRLDA KKVNSEFLTL TYGALVTQML RDFENAEDVN KQLERIGYNM GMRLIEDFLA RTSAPRCLEM RETADRIQQA FRIYLNIQP TISNWSPASD EFSLVFDSNP LTEFVELPPD LTNLRYSAIL SGCIRGALEM VQLEVQCWFV QDQLKGDNVT E LRVKFVRR LEEVIPAGED UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit |
-分子 #2: GEO08327p1
分子 | 名称: GEO08327p1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 17.59723 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MSEEILFDCL HAEIVNYCLD SNKEHDLATL EYIGFTTGYR LIERLTREVS RFKDELETMK FICTDFWMLI YKKQVDNLRT NNHGMYVVQ DKAFRFLTRI SPGTKQLEHA PKFVAFTCGL VRGALSNLGI NSTVTAEVQS IPACKFHIEV NRN UniProtKB: GEO08327p1 |
-分子 #3: Trafficking protein particle complex subunit
分子 | 名称: Trafficking protein particle complex subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 16.990562 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MTIFNLYIFD KFGTLLHYAE WNRTKKSGIT REEEAKLTYG MLFSIKSFVS KISPHDPKEG FLYYKTNRYA LHYLETPSGL KFVLNTDTT AINVKELLQQ LYAKVWVEFV VRDPLWTPGT VVTSELFQSK LDEFVRQSPI FGIRNI UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit |
-分子 #4: Trafficking protein particle complex subunit
分子 | 名称: Trafficking protein particle complex subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 24.736486 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MIIYGVYIVS KSGGLIFNLD NNVPRIEHEK TFTYPLDLVL DYDSKKVSVS FNRKDGINVG HVLVAVNGMP VNGVTLDDGR DVRTTLDAP ENYPINLKFS RPKMTTNEKI FLASMFYPLF AIASQLSPEP KSSGIEILEA DTFTLHCFQT LTGIKFIIIS E TGLNGIDL ...文字列: MIIYGVYIVS KSGGLIFNLD NNVPRIEHEK TFTYPLDLVL DYDSKKVSVS FNRKDGINVG HVLVAVNGMP VNGVTLDDGR DVRTTLDAP ENYPINLKFS RPKMTTNEKI FLASMFYPLF AIASQLSPEP KSSGIEILEA DTFTLHCFQT LTGIKFIIIS E TGLNGIDL LLRKVYELYS DYVLKNPFYS LEMPIRCELF DNKLQELLAQ VEKTGISNID K UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit |
-分子 #5: Probable trafficking protein particle complex subunit 2
分子 | 名称: Probable trafficking protein particle complex subunit 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 16.669977 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MSTYYFVIVG QNDNPIYEKE FSTVNKELRK EDHRHLTQFI AHAALDLVDE HKWKTANMQL KSIDRFNQWF VSAFITASQI RFIIVHDNK NDEGIKNFFN EMYDTYIKNS MNAFYRINTP IKSPMFEKKS EIFGRKYLLS UniProtKB: Probable trafficking protein particle complex subunit 2 |
-分子 #6: Trafficking protein particle complex subunit 5
分子 | 名称: Trafficking protein particle complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 22.371812 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MEKLEALKIS SMRPRSNILD RPLSKGKTEV SQSIVALLFS EIVQYSQSRV FTVPELQTRL HDLGQDVGTR IIDLYFVRER SSKRETKLT QMLLFVKTTV WKNLFGKEAE KLEHANDDER TYYIIEKEPL VNTFISVPKD KGSLNCANFT AGIVEAVLTN C GFPCKVTA ...文字列: MEKLEALKIS SMRPRSNILD RPLSKGKTEV SQSIVALLFS EIVQYSQSRV FTVPELQTRL HDLGQDVGTR IIDLYFVRER SSKRETKLT QMLLFVKTTV WKNLFGKEAE KLEHANDDER TYYIIEKEPL VNTFISVPKD KGSLNCANFT AGIVEAVLTN C GFPCKVTA HWHKGTTYMV KFEDFVIARD KQMEEK UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit 5 |
-分子 #7: TRAPPC2L
分子 | 名称: TRAPPC2L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 15.511826 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MAFCIAVIGK DNAPLYLTTS DMEQELELQY HVNAALDVVE EKCLIGKGAP ESKELYLGLL YSTENHKIYG FVTNTRVKFI VVIDSSNVA LRENEVRAIF RNLHLLYTDA ICNPFYIPGE SLTSKKFDRA VQKLMSGTA UniProtKB: Trafficking protein particle complex subunit 2-like protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.001 kPa | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3443 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 45.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0025 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0015 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | PDB-7b6x: |