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- EMDB-12057: TRAPPCore from the MiniTRAPPIII complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12057
タイトルTRAPPCore from the MiniTRAPPIII complex
マップデータDrosophila melanogaster TRAPPCore from the MiniTRAPPIII
試料
  • 複合体: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex.
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit
    • タンパク質・ペプチド: GEO08327p1
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit
    • タンパク質・ペプチド: Probable trafficking protein particle complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: TRAPPC2L
機能・相同性
機能・相同性情報


COPII-mediated vesicle transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPI protein complex / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / dsRNA transport / cis-Golgi network membrane / Golgi vesicle transport / Neutrophil degranulation ...COPII-mediated vesicle transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPI protein complex / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / dsRNA transport / cis-Golgi network membrane / Golgi vesicle transport / Neutrophil degranulation / intra-Golgi vesicle-mediated transport / cis-Golgi network / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / trans-Golgi network / spermatogenesis / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trafficking protein particle complex subunit 2-like / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP I complex, subunit 5 / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component ...Trafficking protein particle complex subunit 2-like / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP I complex, subunit 5 / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Longin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Trafficking protein particle complex subunit 2-like protein / Trafficking protein particle complex subunit 5 / Trafficking protein particle complex subunit / GEO08327p1 / Trafficking protein particle complex subunit / Trafficking protein particle complex subunit / Probable trafficking protein particle complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Galindo A / Munro S / Planelles-Herrero VJ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of metazoan TRAPPIII, the multi-subunit complex that activates the GTPase Rab1.
著者: Antonio Galindo / Vicente J Planelles-Herrero / Gianluca Degliesposti / Sean Munro /
要旨: The TRAPP complexes are nucleotide exchange factors that play essential roles in membrane traffic and autophagy. TRAPPII activates Rab11, and TRAPPIII activates Rab1, with the two complexes sharing a ...The TRAPP complexes are nucleotide exchange factors that play essential roles in membrane traffic and autophagy. TRAPPII activates Rab11, and TRAPPIII activates Rab1, with the two complexes sharing a core of small subunits that affect nucleotide exchange but being distinguished by specific large subunits that are essential for activity in vivo. Crystal structures of core subunits have revealed the mechanism of Rab activation, but how the core and the large subunits assemble to form the complexes is unknown. We report a cryo-EM structure of the entire Drosophila TRAPPIII complex. The TRAPPIII-specific subunits TRAPPC8 and TRAPPC11 hold the catalytic core like a pair of tongs, with TRAPPC12 and TRAPPC13 positioned at the joint between them. TRAPPC2 and TRAPPC2L link the core to the two large arms, with the interfaces containing residues affected by disease-causing mutations. The TRAPPC8 arm is positioned such that it would contact Rab1 that is bound to the core, indicating how the arm could determine the specificity of the complex. A lower resolution structure of TRAPPII shows a similar architecture and suggests that the TRAPP complexes evolved from a single ur-TRAPP.
履歴
登録2020年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2022年1月12日-
現状2022年1月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b6x
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12057.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12057.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Drosophila melanogaster TRAPPCore from the MiniTRAPPIII
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2564 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0275 / ムービー #1: 0.0275
最小 - 最大-0.037148334 - 0.06731603
平均 (標準偏差)-5.590852e-06 (±0.0016767435)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 502.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.25641.25641.2564
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z502.560502.560502.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0370.067-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12057_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex.

全体名称: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex.
要素
  • 複合体: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex.
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit
    • タンパク質・ペプチド: GEO08327p1
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit
    • タンパク質・ペプチド: Probable trafficking protein particle complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Trafficking protein particle complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: TRAPPC2L

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超分子 #1: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex.

超分子名称: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)

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分子 #1: Trafficking protein particle complex subunit

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 20.492309 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列:
MSRQASRLDA KKVNSEFLTL TYGALVTQML RDFENAEDVN KQLERIGYNM GMRLIEDFLA RTSAPRCLEM RETADRIQQA FRIYLNIQP TISNWSPASD EFSLVFDSNP LTEFVELPPD LTNLRYSAIL SGCIRGALEM VQLEVQCWFV QDQLKGDNVT E LRVKFVRR LEEVIPAGED

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分子 #2: GEO08327p1

分子名称: GEO08327p1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 17.59723 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列:
MSEEILFDCL HAEIVNYCLD SNKEHDLATL EYIGFTTGYR LIERLTREVS RFKDELETMK FICTDFWMLI YKKQVDNLRT NNHGMYVVQ DKAFRFLTRI SPGTKQLEHA PKFVAFTCGL VRGALSNLGI NSTVTAEVQS IPACKFHIEV NRN

-
分子 #3: Trafficking protein particle complex subunit

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.990562 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列:
MTIFNLYIFD KFGTLLHYAE WNRTKKSGIT REEEAKLTYG MLFSIKSFVS KISPHDPKEG FLYYKTNRYA LHYLETPSGL KFVLNTDTT AINVKELLQQ LYAKVWVEFV VRDPLWTPGT VVTSELFQSK LDEFVRQSPI FGIRNI

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分子 #4: Trafficking protein particle complex subunit

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 24.736486 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MIIYGVYIVS KSGGLIFNLD NNVPRIEHEK TFTYPLDLVL DYDSKKVSVS FNRKDGINVG HVLVAVNGMP VNGVTLDDGR DVRTTLDAP ENYPINLKFS RPKMTTNEKI FLASMFYPLF AIASQLSPEP KSSGIEILEA DTFTLHCFQT LTGIKFIIIS E TGLNGIDL ...文字列:
MIIYGVYIVS KSGGLIFNLD NNVPRIEHEK TFTYPLDLVL DYDSKKVSVS FNRKDGINVG HVLVAVNGMP VNGVTLDDGR DVRTTLDAP ENYPINLKFS RPKMTTNEKI FLASMFYPLF AIASQLSPEP KSSGIEILEA DTFTLHCFQT LTGIKFIIIS E TGLNGIDL LLRKVYELYS DYVLKNPFYS LEMPIRCELF DNKLQELLAQ VEKTGISNID K

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分子 #5: Probable trafficking protein particle complex subunit 2

分子名称: Probable trafficking protein particle complex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.669977 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列:
MSTYYFVIVG QNDNPIYEKE FSTVNKELRK EDHRHLTQFI AHAALDLVDE HKWKTANMQL KSIDRFNQWF VSAFITASQI RFIIVHDNK NDEGIKNFFN EMYDTYIKNS MNAFYRINTP IKSPMFEKKS EIFGRKYLLS

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分子 #6: Trafficking protein particle complex subunit 5

分子名称: Trafficking protein particle complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 22.371812 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MEKLEALKIS SMRPRSNILD RPLSKGKTEV SQSIVALLFS EIVQYSQSRV FTVPELQTRL HDLGQDVGTR IIDLYFVRER SSKRETKLT QMLLFVKTTV WKNLFGKEAE KLEHANDDER TYYIIEKEPL VNTFISVPKD KGSLNCANFT AGIVEAVLTN C GFPCKVTA ...文字列:
MEKLEALKIS SMRPRSNILD RPLSKGKTEV SQSIVALLFS EIVQYSQSRV FTVPELQTRL HDLGQDVGTR IIDLYFVRER SSKRETKLT QMLLFVKTTV WKNLFGKEAE KLEHANDDER TYYIIEKEPL VNTFISVPKD KGSLNCANFT AGIVEAVLTN C GFPCKVTA HWHKGTTYMV KFEDFVIARD KQMEEK

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分子 #7: TRAPPC2L

分子名称: TRAPPC2L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 15.511826 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列:
MAFCIAVIGK DNAPLYLTTS DMEQELELQY HVNAALDVVE EKCLIGKGAP ESKELYLGLL YSTENHKIYG FVTNTRVKFI VVIDSSNVA LRENEVRAIF RNLHLLYTDA ICNPFYIPGE SLTSKKFDRA VQKLMSGTA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMHepes-KOH
250.0 mMKAc
1.0 mMDTT
0.005 (v/v)Igepal C-630
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.001 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3443 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 45.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0025 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1242082
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 486758
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-7b6x:
TRAPPCore from the MiniTRAPPIII complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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