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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11822 | |||||||||
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タイトル | RET/GDNF/GFRa1 extracellular complex Cryo-EM structure | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 branchiomeric skeletal muscle development / pronephros morphogenesis / RAF/MAP kinase cascade / : / diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding ...branchiomeric skeletal muscle development / pronephros morphogenesis / RAF/MAP kinase cascade / : / diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / regulation of morphogenesis of a branching structure / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / enteric nervous system development / peristalsis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / peripheral nervous system development / sympathetic nervous system development / metanephros development / mRNA stabilization / axon extension / positive regulation of kinase activity / neural crest cell migration / branching involved in ureteric bud morphogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / MAP kinase kinase kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / growth factor activity / receptor protein-tyrosine kinase / receptor tyrosine kinase binding / neuron projection development / signaling receptor activity / nervous system development / protein-containing complex assembly / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / membrane raft / external side of plasma membrane / axon / calcium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Adams SE / Earl CP / Purkiss AG / McDonald NQ | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: A two-site flexible clamp mechanism for RET-GDNF-GFRα1 assembly reveals both conformational adaptation and strict geometric spacing. 著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh ...著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh / Francesca M Houghton / Svend Kjær / Neil Q McDonald / 要旨: RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET ...RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET stimulating its cytoplasmic kinase function. The principles for RET ligand-co-receptor recognition are incompletely understood. Here, we report a crystal structure of the cadherin-like module (CLD1-4) from zebrafish RET revealing interdomain flexibility between CLD2 and CLD3. Comparison with a cryo-electron microscopy structure of a ligand-engaged zebrafish RET-GDNF-GFRα1a complex indicates conformational changes within a clade-specific CLD3 loop adjacent to the co-receptor. Our observations indicate that RET is a molecular clamp with a flexible calcium-dependent arm that adapts to different GFRα co-receptors, while its rigid arm recognizes a GFL dimer to align both membrane-proximal cysteine-rich domains. We also visualize linear arrays of RET-GDNF-GFRα1a suggesting that a conserved contact stabilizes higher-order species. Our study reveals that ligand-co-receptor recognition by RET involves both receptor plasticity and strict spacing of receptor dimers by GFL ligands. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11822.map.gz | 3.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11822-v30.xml emd-11822.xml | 29.4 KB 29.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11822_fsc.xml | 14.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11822.png | 137.7 KB | ||
マスクデータ | emd_11822_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11822_additional_1.map.gz emd_11822_additional_2.map.gz emd_11822_additional_3.map.gz emd_11822_half_map_1.map.gz emd_11822_half_map_2.map.gz | 62.4 MB 97.6 MB 8.1 MB 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11822 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11822_validation.pdf.gz | 374.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11822_full_validation.pdf.gz | 373.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11822_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11822_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11822 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11822_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_11822_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Intermediate symmetry expansion map, unsharpened
ファイル | emd_11822_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Intermediate symmetry expansion map, unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Intermediate symmetry expansion map, sharpened
ファイル | emd_11822_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Intermediate symmetry expansion map, sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_11822_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_11822_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of RET extracellular domain with GDNF and GFRa1 l...
全体 | 名称: Ternary complex of RET extracellular domain with GDNF and GFRa1 ligand-coreceptor pair |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of RET extracellular domain with GDNF and GFRa1 l...
超分子 | 名称: Ternary complex of RET extracellular domain with GDNF and GFRa1 ligand-coreceptor pair タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: IPLB-Sf21-AE / 組換プラスミド: pBacPAK |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
-分子 #1: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
分子 | 名称: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 69.536805 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GLYFPQRLYT ENIYVGQQQG SPLLQVISMR EFPTERPYFF LCSHRDAFTS WFHIDEASGV LYLNKTLEWS DFSSLRSGSV RSPKDLTLK VGVSSTPPMK VMCTILPTVE VKLSFINDTA PSCGQVELST LCFPEKISNP HITENREPGA LRQLRRFTHM S ICPNYTIS ...文字列: GLYFPQRLYT ENIYVGQQQG SPLLQVISMR EFPTERPYFF LCSHRDAFTS WFHIDEASGV LYLNKTLEWS DFSSLRSGSV RSPKDLTLK VGVSSTPPMK VMCTILPTVE VKLSFINDTA PSCGQVELST LCFPEKISNP HITENREPGA LRQLRRFTHM S ICPNYTIS YGVVAGSSVP FAVDDSTSEL VVTAQVDREE KEVYHLDIVC MVRTERNLEE VFRSLHVNIY DEDDNSPYVN GT DTEDVLV EFDRSEGTVF GTLFVYDRDT TPVYPTNQVQ NKLVGTLMTN DSWIKNNFAI EHKFREEKAI FGNVRGTVHE YKL KLSQNL SVTEQRSFLL GYLVNDTTFP GPEGTVLLHF NVTVLPVPIR FSNVTYSFTV SQKATTYSQI GKVCVENCQK FKGI DVTYQ LEIVDRNITA EAQSCYWAVS LAQNPNDNTG VLYVNDTKVL RRPECQELEY VVIAQEQQNK LQAKTQLTVS FQGEA DSLR TDEPRFPACA EKRQRGDCEA TRGLGAPTGR CQWRQGRDKG ISKRYSTCSP NLGTCPDGYC DAIESKNISI CPQDCS SEA IIGGYERDLY GIKAGHGTCY CFEGKCFCER DEPEDDICND MCGSEFENLY FQ |
-分子 #2: GDNF family receptor alpha
分子 | 名称: GDNF family receptor alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 39.735168 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: EESYFSSSNR LDCVKANELC LKEPGCSSKY RTMRQCVAGR ESNFSMATGM EAKDECRLVL DALKQSPLYN CRCKRGMKKE KNCLRIYWG IYQHLQGNDL LEDSPYEPVN SRLSDIFRLA PIYSGEPALA KENNCLNAAK ACNLNDTCKK YRSAYISPCT S RVSTAEVC ...文字列: EESYFSSSNR LDCVKANELC LKEPGCSSKY RTMRQCVAGR ESNFSMATGM EAKDECRLVL DALKQSPLYN CRCKRGMKKE KNCLRIYWG IYQHLQGNDL LEDSPYEPVN SRLSDIFRLA PIYSGEPALA KENNCLNAAK ACNLNDTCKK YRSAYISPCT S RVSTAEVC NKRKCHKALR QFFDKVPPKH SYGMLYCSCP LGDQSACSER RRQTIVPACS YEDKERPNCL TLQVSCKTNY IC RSRLADF FTNCQPEPLS LSGCLKENYA DCLLSYSGLI GTVMTPNYLR SPKISVSPFC DCSSSGNSKE ECDRFTEFFT DNA CLRNAI QAFGNGGSEF LEVLFQGPGG GENLYFQ |
-分子 #3: Glial cell line-derived neurotrophic factor
分子 | 名称: Glial cell line-derived neurotrophic factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 11.567194 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: VKGQGRGCLL KEIHLNVTDL DLGYRTKEEL IFRYCSGPCH DAETNYDKIL NNLTHNKKLD KDTPSRTCCR PIAFDDDISF LDDSLEYHT LKKHSAKKCA CV |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 16 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 45 mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: 90 s wait time, 5 s blot time. | ||||||||||||
詳細 | Crosslinked using the GraFIX method with a gradient of 0-0.1% glutaraldehyde, 5-20% sucrose. Further purified by size exclusion chromatography. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12475 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 48.6 e/Å2 詳細: 6105 movies were collected without stage tilt, 6375 movies were collected with a tilt angle of 30 degrees. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 46296 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |