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- EMDB-11732: Cryo-EM structure of human ER membrane protein complex in lipid n... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11732
タイトルCryo-EM structure of human ER membrane protein complex in lipid nanodiscs
マップデータConsensus map of hEMC in nanodiscs
試料
  • 複合体: Human endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) in POPC nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / protein folding in endoplasmic reticulum / copper ion transport / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / early endosome membrane / carbohydrate binding / angiogenesis / early endosome / Golgi membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ER membrane protein complex subunit 8/9 / Uncharacterised protein family (UPF0172) / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal ...ER membrane protein complex subunit 8/9 / Uncharacterised protein family (UPF0172) / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Carbohydrate-binding-like fold / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 8 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Braeuning B / Prabu JR / Miller-Vedam LE / Weissman JS / Frost A / Schulman BA
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1-1 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic basis of the EMC-dependent biogenesis of distinct transmembrane clients.
著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff ...著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff / Robert M Stroud / Charles S Craik / Brenda A Schulman / Adam Frost / Jonathan S Weissman /
要旨: Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player ...Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player in this process. Yet, we have limited understanding of how EMC enables insertion and integrity of diverse clients, from tail-anchored to polytopic transmembrane proteins. Here, yeast and human EMC cryo-EM structures reveal conserved intricate assemblies and human-specific features associated with pathologies. Structure-based functional studies distinguish between two separable EMC activities, as an insertase regulating tail-anchored protein levels and a broader role in polytopic membrane protein biogenesis. These depend on mechanistically coupled yet spatially distinct regions including two lipid-accessible membrane cavities which confer client-specific regulation, and a non-insertase EMC function mediated by the EMC lumenal domain. Our studies illuminate the structural and mechanistic basis of EMC's multifunctionality and point to its role in differentially regulating the biogenesis of distinct client protein classes.
履歴
登録2020年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.36
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.36
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  • 原子モデル: PDB-7ado
  • 表面レベル: 0.36
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11732.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11732.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map of hEMC in nanodiscs
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.36 / ムービー #1: 0.36
最小 - 最大-1.1078776 - 2.3187323
平均 (標準偏差)-0.00031519795 (±0.054983426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 340.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.85120.85120.8512
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z340.480340.480340.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-1.1082.319-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11732_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Focused cytoplasm map of hEMC in nanodiscs

ファイルemd_11732_additional_1.map
注釈Focused cytoplasm map of hEMC in nanodiscs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Focused lumen map of hEMC in nanodiscs

ファイルemd_11732_additional_2.map
注釈Focused lumen map of hEMC in nanodiscs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Sidesplitter map of hEMC in nanodiscs

ファイルemd_11732_additional_3.map
注釈Sidesplitter map of hEMC in nanodiscs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Consensus map of hEMC in nanodiscs - subclassified...

ファイルemd_11732_additional_4.map
注釈Consensus map of hEMC in nanodiscs - subclassified on EMC7 lumenal domain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Consensus map of hEMC in nanodiscs - Halfmap 1

ファイルemd_11732_half_map_1.map
注釈Consensus map of hEMC in nanodiscs - Halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Consensus map of hEMC in nanodiscs - Halfmap 2

ファイルemd_11732_half_map_2.map
注釈Consensus map of hEMC in nanodiscs - Halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) in POP...

全体名称: Human endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) in POPC nanodiscs
要素
  • 複合体: Human endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) in POPC nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Membrane magnesium transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Unassigned helix
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: Human endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) in POP...

超分子名称: Human endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) in POPC nanodiscs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293 GnTI- / 組換プラスミド: pEG
分子量理論値: 300 KDa

+
分子 #1: ER membrane protein complex subunit 1

分子名称: ER membrane protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 111.886141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAEWASRFW LWATLLIPAA AVYEDQVGKF DWRQQYVGKV KFASLEFSPG SKKLVVATEK NVIAALNSRT GEILWRHVDK GTAEGAVDA MLLHGQDVIT VSNGGRIMRS WETNIGGLNW EITLDSGSFQ ALGLVGLQES VRYIAVLKKT TLALHHLSSG H LKWVEHLP ...文字列:
MAAEWASRFW LWATLLIPAA AVYEDQVGKF DWRQQYVGKV KFASLEFSPG SKKLVVATEK NVIAALNSRT GEILWRHVDK GTAEGAVDA MLLHGQDVIT VSNGGRIMRS WETNIGGLNW EITLDSGSFQ ALGLVGLQES VRYIAVLKKT TLALHHLSSG H LKWVEHLP ESDSIHYQMV YSYGSGVVWA LGVVPFSHVN IVKFNVEDGE IVQQVRVSTP WLQHLSGACG VVDEAVLVCP DP SSRSLQT LALETEWELR QIPLQSLDLE FGSGFQPRVL PTQPNPVDAS RAQFFLHLSP SHYALLQYHY GTLSLLKNFP QTA LVSFAT TGEKTVAAVM ACRNEVQKSS SSEDGSMGSF SEKSSSKDSL ACFNQTYTIN LYLVETGRRL LDTTITFSLE QSGT RPERL YIQVFLKKDD SVGYRALVQT EDHLLLFLQQ LAGKVVLWSR EESLAEVVCL EMVDLPLTGA QAELEGEFGK KADGL LGMF LKRLSSQLIL LQAWTSHLWK MFYDARKPRS QIKNEINIDT LARDEFNLQK MMVMVTASGK LFGIESSSGT ILWKQY LPN VKPDSSFKLM VQRTTAHFPH PPQCTLLVKD KESGMSSLYV FNPIFGKWSQ VAPPVLKRPI LQSLLLPVMD QDYAKVL LL IDDEYKVTAF PATRNVLRQL HELAPSIFFY LVDAEQGRLC GYRLRKDLTT ELSWELTIPP EVQRIVKVKG KRSSEHVH S QGRVMGDRSV LYKSLNPNLL AVVTESTDAH HERTFIGIFL IDGVTGRIIH SSVQKKAKGP VHIVHSENWV VYQYWNTKA RRNEFTVLEL YEGTEQYNAT AFSSLDRPQL PQVLQQSYIF PSSISAMEAT ITERGITSRH LLIGLPSGAI LSLPKALLDP RRPEIPTEQ SREENLIPYS PDVQIHAERF INYNQTVSRM RGIYTAPSGL ESTCLVVAYG LDIYQTRVYP SKQFDVLKDD Y DYVLISSV LFGLVFATMI TKRLAQVKLL NRAWR

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分子 #2: ER membrane protein complex subunit 2

分子名称: ER membrane protein complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.882531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAKVSELYDV TWEEMRDKMR KWREENSRNS EQIVEVGEEL INEYASKLGD DIWIIYEQVM IAALDYGRDD LALFCLQELR RQFPGSHRV KRLTGMRFEA MERYDDAIQL YDRILQEDPT NTAARKRKIA IRKAQGKNVE AIRELNEYLE QFVGDQEAWH E LAELYINE ...文字列:
MAKVSELYDV TWEEMRDKMR KWREENSRNS EQIVEVGEEL INEYASKLGD DIWIIYEQVM IAALDYGRDD LALFCLQELR RQFPGSHRV KRLTGMRFEA MERYDDAIQL YDRILQEDPT NTAARKRKIA IRKAQGKNVE AIRELNEYLE QFVGDQEAWH E LAELYINE HDYAKAAFCL EELMMTNPHN HLYCQQYAEV KYTQGGLENL ELSRKYFAQA LKLNNRNMRA LFGLYMSASH IA SNPKASA KTKKDNMKYA SWAASQINRA YQFAGRSKKE TKYSLKAVED MLETLQITQS

+
分子 #3: ER membrane protein complex subunit 3

分子名称: ER membrane protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.981924 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGPELLLDS NIRLWVVLPI VIITFFVGMI RHYVSILLQS DKKLTQEQVS DSQVLIRSRV LRENGKYIPK QSFLTRKYYF NNPEDGFFK KTKRKVVPPS PMTDPTMLTD MMKGNVTNVL PMILIGGWIN MTFSGFVTTK VPFPLTLRFK PMLQQGIELL T LDASWVSS ...文字列:
MAGPELLLDS NIRLWVVLPI VIITFFVGMI RHYVSILLQS DKKLTQEQVS DSQVLIRSRV LRENGKYIPK QSFLTRKYYF NNPEDGFFK KTKRKVVPPS PMTDPTMLTD MMKGNVTNVL PMILIGGWIN MTFSGFVTTK VPFPLTLRFK PMLQQGIELL T LDASWVSS ASWYFLNVFG LRSIYSLILG QDNAADQSRM MQEQMTGAAM AMPADTNKAF KTEWEALELT DHQWALDDVE EE LMAKDLH FEGMFKKELQ TSIF

+
分子 #4: ER membrane protein complex subunit 4

分子名称: ER membrane protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: There is no mutations but sequence from model and input are not aligning well.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.104572 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MTAQGGLVAN RGRRFKWAIE LSGPGGGSRG RSDRGSGQGD SLYPVGYLDK QVPDTSVQET DRILVEKRCW DIALGPLKQI PMNLFIMYM AGNTISIFPT MMVCMMAWRP IQALMAISAT FKMLESSSQK FLQGLVYLIG NLMGLALAVY KCQSMGLLPT H ASDWLAFI EPPERMEFSG GGLLL

+
分子 #5: Membrane magnesium transporter 1

分子名称: Membrane magnesium transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.703762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAPSLWKGLV GIGLFALAHA AFSAAQHRSY MRLTEKEDES LPIDIVLQTL LAFAVTCYGI VHIAGEFKDM DATSELKNKT FDTLRNHPS FYVFNHRGRV LFRPSDTANS SNQDALSSNT SLKLRKLESL RRDYKDDDDK

+
分子 #6: ER membrane protein complex subunit 6

分子名称: ER membrane protein complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.029248 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAAVVAKREG PPFISEAAVR GNAAVLDYCR TSVSALSGAT AGILGLTGLY GFIFYLLASV LLSLLLILKA GRRWNKYFKS RRPLFTGGL IGGLFTYVLF WTFLYGMVHV Y

+
分子 #7: ER membrane protein complex subunit 7

分子名称: ER membrane protein complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.501586 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAALWGFFP VLLLLLLSGD VQSSEVPGAA AEGSGGSGVG IGDRFKIEGR AVVPGVKPQD WISAARVLVD GEEHVGFLKT DGSFVVHDI PSGSYVVEVV SPAYRFDPVR VDITSKGKMR ARYVNYIKTS EVVRLPYPLQ MKSSGPPSYF IKRESWGWTD F LMNPMVMM ...文字列:
MAAALWGFFP VLLLLLLSGD VQSSEVPGAA AEGSGGSGVG IGDRFKIEGR AVVPGVKPQD WISAARVLVD GEEHVGFLKT DGSFVVHDI PSGSYVVEVV SPAYRFDPVR VDITSKGKMR ARYVNYIKTS EVVRLPYPLQ MKSSGPPSYF IKRESWGWTD F LMNPMVMM MVLPLLIFVL LPKVVNTSDP DMRREMEQSM NMLNSNHELP DVSEFMTRLF SSKSSGKSSS GSSKTGKSGA GK RR

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分子 #8: ER membrane protein complex subunit 8

分子名称: ER membrane protein complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: Map modelled as EMC8; both EMC8 and its paralog EMC9 (44% identity) were co-expressed and turns out they can both occupy same position on complex in mutually exclusive manner. We chose to ...詳細: Map modelled as EMC8; both EMC8 and its paralog EMC9 (44% identity) were co-expressed and turns out they can both occupy same position on complex in mutually exclusive manner. We chose to model as EMC8 but note that map is likely superposition of both.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.807076 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPGVKLTTQA YCKMVLHGAK YPHCAVNGLL VAEKQKPRKE HLPLGGPGAH HTLFVDCIPL FHGTLALAPM LEVALTLIDS WCKDHSYVI AGYYQANERV KDASPNQVAE KVASRIAEGF SDTALIMVDN TKFTMDCVAP TIHVYEHHEN RWRCRDPHHD Y CEDWPEAQ ...文字列:
MPGVKLTTQA YCKMVLHGAK YPHCAVNGLL VAEKQKPRKE HLPLGGPGAH HTLFVDCIPL FHGTLALAPM LEVALTLIDS WCKDHSYVI AGYYQANERV KDASPNQVAE KVASRIAEGF SDTALIMVDN TKFTMDCVAP TIHVYEHHEN RWRCRDPHHD Y CEDWPEAQ RISASLLDSR SYETLVDFDN HLDDIRNDWT NPEINKAVLH LC

+
分子 #9: ER membrane protein complex subunit 10

分子名称: ER membrane protein complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.446875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAAASAGAT RLLLLLLMAV AAPSRARGSG CRAGTGARGA GAEGREGEAC GTVGLLLEHS FEIDDSANFR KRGSLLWNQQ DGTLSLSQR QLSEEERGRL RDVAALNGLY RVRIPRRPGA LDGLEAGGYV SSFVPACSLV ESHLSDQLTL HVDVAGNVVG V SVVTHPGG ...文字列:
MAAAASAGAT RLLLLLLMAV AAPSRARGSG CRAGTGARGA GAEGREGEAC GTVGLLLEHS FEIDDSANFR KRGSLLWNQQ DGTLSLSQR QLSEEERGRL RDVAALNGLY RVRIPRRPGA LDGLEAGGYV SSFVPACSLV ESHLSDQLTL HVDVAGNVVG V SVVTHPGG CRGHEVEDVD LELFNTSVQL QPPTTAPGPE TAAFIERLEM EQAQKAKNPQ EQKSFFAKYW MYIIPVVLFL MM SGAPDTG GQGGGGGGGG GGGSGR

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分子 #10: Unassigned helix

分子名称: Unassigned helix / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10
詳細: This is transmembrane alpha-helix which was modeled as poly-alanine.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.379692 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #12: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 5 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6
詳細: 10 mM ammonium citrate pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 0.25 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION, cryoSPARC) / 使用した粒子像数: 177560
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7ado:
Cryo-EM structure of human ER membrane protein complex in lipid nanodiscs

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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