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- EMDB-11720: Class D GPCR Ste2 dimer coupled to two G proteins -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11720
タイトルClass D GPCR Ste2 dimer coupled to two G proteins
マップデータMap1
試料
  • 複合体: Ste2 dimer coupled to two G proteins
    • 複合体: Ste2 dimer coupled to two G proteins
      • タンパク質・ペプチド: Pheromone alpha factor receptor
      • タンパク質・ペプチド: STE4 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
    • 複合体: Alpha-factor mating pheromone
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-factor mating pheromone
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit,Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit,Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードFungal GPCR / Dimer / Complex / Class D / Active State / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to mating projection tip / PLC beta mediated events / G-protein activation / Acetylcholine regulates insulin secretion / G alpha (q) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / mating projection / G-protein beta/gamma-subunit complex / regulation of pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion ...protein localization to mating projection tip / PLC beta mediated events / G-protein activation / Acetylcholine regulates insulin secretion / G alpha (q) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / mating projection / G-protein beta/gamma-subunit complex / regulation of pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / chemotropism / Cdc24p-Far1p-Gbetagamma complex / G alpha (12/13) signalling events / CDC42 GTPase cycle / mating pheromone activity / mating-type factor pheromone receptor activity / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / mating / G protein-coupled receptor homodimeric complex / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / regulation of carbohydrate metabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G-protein gamma-subunit binding / establishment of protein localization to plasma membrane / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / cupric ion binding / G-protein alpha-subunit binding / cell periphery / G protein-coupled receptor binding / small GTPase binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / scaffold protein binding / cell cortex / endosome / endosome membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / signal transduction / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fungal G-protein, alpha subunit / Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma, fungal / Mating factor alpha, C-terminal repeat / Yeast mating factor alpha hormone / Mating factor alpha precursor, N-terminal / Mating factor alpha precursor N-terminus / GPCR fungal pheromone mating factor, STE2 / : / Pheromone alpha factor receptor, double transmembrane domain superfamily / Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR ...Fungal G-protein, alpha subunit / Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma, fungal / Mating factor alpha, C-terminal repeat / Yeast mating factor alpha hormone / Mating factor alpha precursor, N-terminal / Mating factor alpha precursor N-terminus / GPCR fungal pheromone mating factor, STE2 / : / Pheromone alpha factor receptor, double transmembrane domain superfamily / Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma / BJ4_G0036910.mRNA.1.CDS.1 / Mating factor alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit / Pheromone alpha factor receptor / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta / Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Velazhahan V / Tate C
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRC U105197215 英国
European Research Council (ERC)EMPSI 339995 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure of the class D GPCR Ste2 dimer coupled to two G proteins.
著者: Vaithish Velazhahan / Ning Ma / Gáspár Pándy-Szekeres / Albert J Kooistra / Yang Lee / David E Gloriam / Nagarajan Vaidehi / Christopher G Tate /
要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) are divided phylogenetically into six classes, denoted A to F. More than 370 structures of vertebrate GPCRs (belonging to classes A, B, C and F) have been ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are divided phylogenetically into six classes, denoted A to F. More than 370 structures of vertebrate GPCRs (belonging to classes A, B, C and F) have been determined, leading to a substantial understanding of their function. By contrast, there are no structures of class D GPCRs, which are found exclusively in fungi where they regulate survival and reproduction. Here we determine the structure of a class D GPCR, the Saccharomyces cerevisiae pheromone receptor Ste2, in an active state coupled to the heterotrimeric G protein Gpa1-Ste4-Ste18. Ste2 was purified as a homodimer coupled to two G proteins. The dimer interface of Ste2 is formed by the N terminus, the transmembrane helices H1, H2 and H7, and the first extracellular loop ECL1. We establish a class D1 generic residue numbering system (CD1) to enable comparisons with orthologues and with other GPCR classes. The structure of Ste2 bears similarities in overall topology to class A GPCRs, but the transmembrane helix H4 is shifted by more than 20 Å and the G-protein-binding site is a shallow groove rather than a cleft. The structure provides a template for the design of novel drugs to target fungal GPCRs, which could be used to treat numerous intractable fungal diseases.
履歴
登録2020年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ad3
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11720.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 210 pix.
= 219.87 Å		1.05 Å/pix.
x 210 pix.
= 219.87 Å		1.05 Å/pix.
x 210 pix.
= 219.87 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.18854322 - 0.23770761
平均 (標準偏差)0.00028280867 (±0.005858397)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 219.87001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z210210210
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z219.870219.870219.870
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS210210210
D min/max/mean-0.1890.2380.000

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添付データ

-
追加マップ: Map2

ファイルemd_11720_additional_1.map
注釈Map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Halfmap1 for calculating map1

ファイルemd_11720_half_map_1.map
注釈Halfmap1 for calculating map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Halfmap2 for calculating map1

ファイルemd_11720_half_map_2.map
注釈Halfmap2 for calculating map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Ste2 dimer coupled to two G proteins

全体名称: Ste2 dimer coupled to two G proteins
要素
  • 複合体: Ste2 dimer coupled to two G proteins
    • 複合体: Ste2 dimer coupled to two G proteins
      • タンパク質・ペプチド: Pheromone alpha factor receptor
      • タンパク質・ペプチド: STE4 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
    • 複合体: Alpha-factor mating pheromone
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-factor mating pheromone
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit,Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit,Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

+
超分子 #1: Ste2 dimer coupled to two G proteins

超分子名称: Ste2 dimer coupled to two G proteins / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
分子量理論値: 266.7 KDa

+
超分子 #2: Ste2 dimer coupled to two G proteins

超分子名称: Ste2 dimer coupled to two G proteins / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3, #5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: Alpha-factor mating pheromone

超分子名称: Alpha-factor mating pheromone / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit,Guanine nucleo...

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit,Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
分子 #1: Pheromone alpha factor receptor

分子名称: Pheromone alpha factor receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 47.885402 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSDAAPSLSN LFYDPTYNPG QSTINYTSIY GNGSTITFDE LQGLVNSTVT QAIMFGVRCG AAALTLIVMW MTSRSRKTPI FIINQVSLF LIILHSALYF KYLLSNYSSV TYALTGFPQF ISRGDVHVYG ATNIIQVLLV ASIETSLVFQ IKVIFTGDNF K RIGLMLTS ...文字列:
MSDAAPSLSN LFYDPTYNPG QSTINYTSIY GNGSTITFDE LQGLVNSTVT QAIMFGVRCG AAALTLIVMW MTSRSRKTPI FIINQVSLF LIILHSALYF KYLLSNYSSV TYALTGFPQF ISRGDVHVYG ATNIIQVLLV ASIETSLVFQ IKVIFTGDNF K RIGLMLTS ISFTLGIATV TMYFVSAVKG MIVTYNDVSA TQDKYFNAST ILLASSINFM SFVLVVKLIL AIRSRRFLGL KQ FDSFHIL LIMSCQSLLV PSIIFILAYS LKPNQGTDVL TTVATLLAVL SLPLSSMWAT AANNASKTNT ITSDFTTSTD RFY PGTLSS FQTDSINNDA KSSLRSRLYD LYPRRKETTS DKHSERTFVS ETADDIEKNQ FYQLPTPTSS KNTRIGPFAD ASYK EGEVE PVDMYTPDTA ADEEARKFWT EDNNNL

UniProtKB: Pheromone alpha factor receptor

+
分子 #2: Alpha-factor mating pheromone

分子名称: Alpha-factor mating pheromone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.685986 KDa
配列文字列:
WHWLQLKPGQ PMY

+
分子 #3: STE4 isoform 1

分子名称: STE4 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 46.626953 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAHQMDSIT YSNNVTQQYI QPQSLQDISA VEDEIQNKIE AARQESKQLH AQINKAKHKI QDASLFQMAN KVTSLTKNKI NLKPNIVLK GHNNKISDFR WSRDSKRILS ASQDGFMLIW DSASGLKQNA IPLDSQWVLS CAISPSSTLV ASAGLNNNCT I YRVSKENR ...文字列:
MAAHQMDSIT YSNNVTQQYI QPQSLQDISA VEDEIQNKIE AARQESKQLH AQINKAKHKI QDASLFQMAN KVTSLTKNKI NLKPNIVLK GHNNKISDFR WSRDSKRILS ASQDGFMLIW DSASGLKQNA IPLDSQWVLS CAISPSSTLV ASAGLNNNCT I YRVSKENR VAQNVASIFK GHTCYISDIE FTDNAHILTA SGDMTCALWD IPKAKRVREY SDHLGDVLAL AIPEEPNSEN SS NTFASCG SDGYTYIWDS RSPSAVQSFY VNDSDINALR FFKDGMSIVA GSDNGAINMY DLRSDCSIAT FSLFRGYEER TPT PTYMAA NMEYNTAQSP QTLKSTSSSY LDNQGVVSLD FSASGRLMYS CYTDIGCVVW DVLKGEIVGK LEGHGGRVTG VRSS PDGLA VCTGSWDSTM KIWSPGYQ

UniProtKB: BJ4_G0036910.mRNA.1.CDS.1

+
分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit,Guanine nucleo...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit,Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.316305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: TVSTQTIGDE SDPFLQNKRA NDVIEQSLQL EKQRDKNEIK LLLLGADNSG KSTVLKQLKL LHGGSGGSGG TTGITETEFN IGSSKFKVL DAGGQRSERK KWIHCFEGIT AVLFVLDMSD YNRMHESIML FDTLLNSKWF KDTPFILFLN KIDLFEEKVK S MPIRKYFP ...文字列:
TVSTQTIGDE SDPFLQNKRA NDVIEQSLQL EKQRDKNEIK LLLLGADNSG KSTVLKQLKL LHGGSGGSGG TTGITETEFN IGSSKFKVL DAGGQRSERK KWIHCFEGIT AVLFVLDMSD YNRMHESIML FDTLLNSKWF KDTPFILFLN KIDLFEEKVK S MPIRKYFP DYQGRVGDAE AGLKYFEKIF LSLNKTNKPI YVKRTCATDT QTAKFILSAV TDLIIQQNLK KIGII

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit, Guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit

+
分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 12.477051 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
TSVQNSPRLQ QPQEQQQQQQ QLSLKIKQLK LKRINELNNK LRKELSRERI TASNACLTII NYTSNTKDYT LPELWGYPVA GSNHFIEGL KNAQKNSQMS NSNSVSSTLM

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma

+
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
分子 #7: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
100.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.001 %LMNGLauryl Maltose Neopentyl Glycol
0.001 mMWHWLQLKPGQPMYAlpha-factor

詳細: Solutions were made fresh and filtered
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was purified as a monodisperse complex

-
電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細eBIC Krios1
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細LMB Krios1
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
電子顕微鏡法 #1~~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細LMB Krios 2
撮影Image recording ID: 3
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析 #1

Image processing ID1
Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 2193519
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
詳細: Ab inito model generated by stochastic gradient descent implemented within RELION-3.1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 96611
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
画像解析 #2

Image processing ID2
Image recording ID2
粒子像選択選択した数: 485568
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab inito model generated by stochastic gradient descent implemented within RELION-3.1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: 16418 particles from this dataset contributed to the final 131274 particles that provided map 2 at 3.3 angstrom global resolution
使用した粒子像数: 16418
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
画像解析 #3

Image processing ID3
Image recording ID3
粒子像選択選択した数: 781447
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab inito model generated by stochastic gradient descent implemented within RELION-3.1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: 4556 particles from this dataset contributed to the final 131274 particles that provided map 2 at 3.3 angstrom global resolution
使用した粒子像数: 4556
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
画像解析 #4

Image processing ID4
Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 2193519
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab inito model generated by stochastic gradient descent implemented within RELION-3.1
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: 110300 particles from this dataset contributed to the final 131274 particles that provided map 2 at 3.3 angstrom global resolution
使用した粒子像数: 110300
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6g79

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6g79

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6g79

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Manual building was performed in Coot iterated with real space refinement in PHENIX.
精密化空間: REAL / 温度因子: 112 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7ad3:
Class D GPCR Ste2 dimer coupled to two G proteins

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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