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- EMDB-11516: LH2 complex from Marichromatium purpuratum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11516
タイトルLH2 complex from Marichromatium purpuratum
マップデータA cryo-EM map of the light harvesting complex 2 (LH2) from a photosynthetic bacterium Marichromatium purpuratum.
試料
  • 複合体: Light harvesting complex 2 (LH2)
    • タンパク質・ペプチド: LHC domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: 9-cis-okenone
  • リガンド: all-trans okenone
キーワードphotosynthesis / purple bacteria / light harvesting complex / Marichromatium purpuratum / okenone.
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, alpha subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Marichromatium purpuratum (紅色硫黄細菌) / Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Gardiner AT / Naydenova K
資金援助 米国, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001035 米国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_120117 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The 2.4 Å cryo-EM structure of a heptameric light-harvesting 2 complex reveals two carotenoid energy transfer pathways.
著者: Alastair T Gardiner / Katerina Naydenova / Pablo Castro-Hartmann / Tu C Nguyen-Phan / Christopher J Russo / Kasim Sader / C Neil Hunter / Richard J Cogdell / Pu Qian /
要旨: We report the 2.4 Ångström resolution structure of the light-harvesting 2 (LH2) complex from () determined by cryogenic electron microscopy. The structure contains a heptameric ring that is ...We report the 2.4 Ångström resolution structure of the light-harvesting 2 (LH2) complex from () determined by cryogenic electron microscopy. The structure contains a heptameric ring that is unique among all known LH2 structures, explaining the unusual spectroscopic properties of this bacterial antenna complex. We identify two sets of distinct carotenoids in the structure and describe a network of energy transfer pathways from the carotenoids to bacteriochlorophyll molecules. The geometry imposed by the heptameric ring controls the resonant coupling of the long-wavelength energy absorption band. Together, these details reveal key aspects of the assembly and oligomeric form of purple bacterial LH2 complexes that were previously inaccessible by any technique.
履歴
登録2020年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zxa
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11516.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11516.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A cryo-EM map of the light harvesting complex 2 (LH2) from a photosynthetic bacterium Marichromatium purpuratum.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 330.752 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 330.752 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 330.752 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.646 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0167 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.0776035 - 0.16197382
平均 (標準偏差)0.00007136608 (±0.0020862208)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 330.752 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6460.6460.646
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.752330.752330.752
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0780.1620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Light harvesting complex 2 (LH2)

全体名称: Light harvesting complex 2 (LH2)
要素
  • 複合体: Light harvesting complex 2 (LH2)
    • タンパク質・ペプチド: LHC domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: 9-cis-okenone
  • リガンド: all-trans okenone

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超分子 #1: Light harvesting complex 2 (LH2)

超分子名称: Light harvesting complex 2 (LH2) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: The LH2 complex from Mar. purpuratum forms a circular heptameter. Each subunit consists of an alpha/beta pair, in which all pigment molecules, three Bchl a and two carotenoids are bound non-covalently.
由来(天然)生物種: Marichromatium purpuratum (紅色硫黄細菌) / 株: BN5500
分子量理論値: 110 KDa

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分子 #1: LHC domain-containing protein

分子名称: LHC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 8.015369 KDa
配列文字列:
MKVPVMMADE SIATINHPED DWKIWTVINP ATWMVPFFGI LFVQMWLIHS YALSLPGYGF KDSVRVAQPA

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

分子名称: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.554275 KDa
配列文字列:
ADPKAANLSG LTDAQAKEFH EHWKHGVWSW VMIASAVHVV TWIYQPWF

UniProtKB: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

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分子 #3: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 21 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

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分子 #4: 9-cis-okenone

分子名称: 9-cis-okenone / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: QS2
分子量理論値: 578.866 Da
Chemical component information

ChemComp-QS2:
9-cis-okenone

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分子 #5: all-trans okenone

分子名称: all-trans okenone / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: QSE
分子量理論値: 578.866 Da
Chemical component information

ChemComp-QSE:
all-trans okenone / オケノン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM/L / 構成要素 - 名称: Tris.HCl
詳細: The final buffer contains 0.02 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside (DDM)
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.0067 kPa / 詳細: Fischione 1070
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Blowing time, 10.0 sec..
詳細The sample was mono disperse with detergent beta-DDM.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9543 / 平均露光時間: 0.29 sec. / 平均電子線量: 43.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1330154
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1lgh


詳細: The model of heptameter of the LH2 of Mac. purpuratum was built up using A subunit taken from 1LGH.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 414511
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: A best class that contains 414,511 particle were used for final 3d reconstruction.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1lgh

chain_id: A, residue_range: 1-56, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1lgh

chain_id: B, residue_range: 1-45, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 22.55
得られたモデル

PDB-6zxa:
LH2 complex from Marichromatium purpuratum

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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