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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1138 | |||||||||
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タイトル | Structure of the hepatitis C virus IRES bound to the human 80S ribosome: remodeling of the HCV IRES. | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of the hepatitis C virus internal ribosome entry site in complex with human 80S ribosome | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Hepatitis C virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Boehringer D / Thermann R / Ostareck-Lederer A / Lewis JD / Stark H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2005 タイトル: Structure of the hepatitis C virus IRES bound to the human 80S ribosome: remodeling of the HCV IRES. 著者: Daniel Boehringer / Rolf Thermann / Antje Ostareck-Lederer / Joe D Lewis / Holger Stark / 要旨: Initiation of translation of the hepatitis C virus (HCV) polyprotein is driven by an internal ribosome entry site (IRES) RNA that bypasses much of the eukaryotic translation initiation machinery. ...Initiation of translation of the hepatitis C virus (HCV) polyprotein is driven by an internal ribosome entry site (IRES) RNA that bypasses much of the eukaryotic translation initiation machinery. Here, single-particle electron cryomicroscopy has been used to study the mechanism of HCV IRES-mediated initiation. A HeLa in vitro translation system was used to assemble human IRES-80S ribosome complexes under near physiological conditions; these were stalled before elongation. Domain 2 of the HCV IRES is bound to the tRNA exit site, touching the L1 stalk of the 60S subunit, suggesting a mechanism for the removal of the HCV IRES in the progression to elongation. Domain 3 of the HCV IRES positions the initiation codon in the ribosomal mRNA binding cleft by binding helix 28 at the head of the 40S subunit. The comparison with the previously published binary 40S-HCV IRES complex reveals structural rearrangements in the two pseudoknot structures of the HCV IRES in translation initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1138.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1138-v30.xml emd-1138.xml | 7.9 KB 7.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1138.gif | 9.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1138 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1138 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1138_validation.pdf.gz | 325 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1138_full_validation.pdf.gz | 324.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1138_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1138 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1138 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of the hepatitis C virus internal ribosome entry site in complex with human 80S ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : IRES-80S ribosome complex
全体 | 名称: IRES-80S ribosome complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: IRES-80S ribosome complex
超分子 | 名称: IRES-80S ribosome complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: ribosome
超分子 | 名称: ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 詳細: H. sapiens / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa |
-分子 #1: HCV IRES
分子 | 名称: HCV IRES / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis C virus (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.1 詳細: 20 mM Tris.HCl pH 8.1, 145 mM KCl, 1 mM CaCl2, 5 mM MgCl2, 0.2 mM DTT, 5 mM tobramycin |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: native cryo |
グリッド | 詳細: copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: imagic 5 / 使用した粒子像数: 24100 |
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