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- EMDB-10915: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10915
タイトルAcinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head
マップデータAcinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head, post-processed map
試料
  • 複合体: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 2種
キーワードantibiotic / tigecycline / translation / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. ...Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) / Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Nicholson D / Edwards TA / O'Neill AJ / Ranson NA
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust203743/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics.
著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson /
要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii.
履歴
登録2020年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6ytf
  • 表面レベル: 0.05
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10915.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10915.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head, post-processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 426. Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 426. Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 426. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.242192 - 0.4075166
平均 (標準偏差)0.0001224 (±0.004186482)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 426.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.000426.000426.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.2420.4080.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10915_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex, consensus map filtered by...

ファイルemd_10915_additional.map
注釈Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex, consensus map filtered by local resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head,...

ファイルemd_10915_half_map_1.map
注釈Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head,...

ファイルemd_10915_half_map_2.map
注釈Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subuni...

全体名称: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head
要素
  • 複合体: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • RNA: E-site tRNA
    • RNA: mRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: TIGECYCLINE

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超分子 #1: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subuni...

超分子名称: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)

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分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 500.126156 KDa
配列文字列: UUUAACUGAA GAGUUUGAUC AUGGCUCAGA UUGAACGCUG GCGGCAGGCU UAACACAUGC AAGUCGAGCG GGGGAAGGUA GCUUGCUAC CGGACCUAGC GGCGGACGGG UGAGUAAUGC UUAGGAAUCU GCCUAUUAGU GGGGGACAAC AUCUCGAAAG G GAUGCUAA ...文字列:
UUUAACUGAA GAGUUUGAUC AUGGCUCAGA UUGAACGCUG GCGGCAGGCU UAACACAUGC AAGUCGAGCG GGGGAAGGUA GCUUGCUAC CGGACCUAGC GGCGGACGGG UGAGUAAUGC UUAGGAAUCU GCCUAUUAGU GGGGGACAAC AUCUCGAAAG G GAUGCUAA UACCGCAUAC GUCCUACGGG AGAAAGCAGG GGAUCUUCGG ACCUUGCGCU AAUAGAUGAG CCUAAGUCGG AU UAGCUAG UUGGUGGGGU AAAGGCCUAC CAAGGCGACG AUCUGUAGCG GGUCUGAGAG GAUGAUCCGC CACACUGGGA CUG AGACAC GGCCCAGACU CCUACGGGAG GCAGCAGUGG GGAAUAUUGG ACAAUGGGGG GAACCCUGAU CCAGCCAUGC CGCG UGUGU GAAGAAGGCC UUAUGGUUGU AAAGCACUUU AAGCGAGGAG GAGGCUACUU UAGUUAAUAC CUAGAGAUAG UGGAC GUUA CUCGCAGAAU AAGCACCGGC UAACUCUGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUACA GAGGGUGCGA GCGUUAAUCG GAUUUA CUG GGCGUAAAGC GUGCGUAGGC GGCUUAUUAA GUCGGAUGUG AAAUCCCCGA GCUUAACUUG GGAAUUGCAU UCGAUAC UG GUGAGCUAGA GUAUGGGAGA GGAUGGUAGA AUUCCAGGUG UAGCGGUGAA AUGCGUAGAG AUCUGGAGGA AUACCGAU G GCGAAGGCAG CCAUCUGGCC UAAUACUGAC GCUGAGGUAC GAAAGCAUGG GGAGCAAACA GGAUUAGAUA CCCUGGUAG UCCAUGCCGU AAACGAUGUC UACUAGCCGU UGGGGCCUUU GAGGCUUUAG UGGCGCAGCU AACGCGAUAA GUAGACCGCC UGGGGAGUA CGGUCGCAAG ACUAAAACUC AAAUGAAUUG ACGGGGGCCC GCACAAGCGG UGGAGCAUGU GGUUUAAUUC G AUGCAACG CGAAGAACCU UACCUGGCCU UGACAUACUA GAAACUUUCC AGAGAUGGAU UGGUGCCUUC GGGAAUCUAG AU ACAGGUG CUGCAUGGCU GUCGUCAGCU CGUGUCGUGA GAUGUUGGGU UAAGUCCCGC AACGAGCGCA ACCCUUUUCC UUA CUUGCC AGCAUUUCGG AUGGGAACUU UAAGGAUACU GCCAGUGACA AACUGGAGGA AGGCGGGGAC GACGUCAAGU CAUC AUGGC CCUUACGGCC AGGGCUACAC ACGUGCUACA AUGGUCGGUA CAAAGGGUUG CUACACAGCG AUGUGAUGCU AAUCU CAAA AAGCCGAUCG UAGUCCGGAU UGGAGUCUGC AACUCGACUC CAUGAAGUCG GAAUCGCUAG UAAUCGCGGA UCAGAA UGC CGCGGUGAAU ACGUUCCCGG GCCUUGUACA CACCGCCCGU CACACCAUGG GAGUUUGUUG CACCAGAAGU AGCUAGC CU AACUGCAAAG AGGGCGGUUA CCACGGUGUG GCCGAUGACU GGGGUGAAGU CGUAACAAGG UAGCCGUAGG GGAACCUG C GGCUGGAUCA CCUCCUUAAC GAA

GENBANK: GENBANK: CP009534.1

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分子 #2: E-site tRNA

分子名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 2
詳細: E. coli fMet-tRNA from PDB 5AFI fitted into EM density - represents a mixture of tRNAs
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 24.818893 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG (H2U)AGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCG GCCCC CGCAACCA

+
分子 #3: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 3
詳細: Mixture of mRNAs at the E-site, modelled as polyuridine
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 1.179706 KDa
配列文字列:
UUUU

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 27.972461 KDa
配列文字列: MGQKVHPIGI RLGVVKRHNA NWYANPKQYA EYLLKDLQVR EFLTKKLKNA MVSNILIERP SGAAKVTIST ARPGIVIGKK GEDIEKLQR ELTNIMGVPA QVSINEIDRP DLDARLVAEA IASQLEKRVM FRRAMKRAVQ NTMRAGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPIGI RLGVVKRHNA NWYANPKQYA EYLLKDLQVR EFLTKKLKNA MVSNILIERP SGAAKVTIST ARPGIVIGKK GEDIEKLQR ELTNIMGVPA QVSINEIDRP DLDARLVAEA IASQLEKRVM FRRAMKRAVQ NTMRAGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYATMR AETTYGTIGV KVWIFRGEIL GGMKQVMNPA PAEERPAKRG RGRGEGQERR GR RGDRAAD KGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: residues 126-145 modelled without side chains / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 17.733699 KDa
配列文字列:
MPRRRVVAAR EILPDPKFSS QTIAKFMNHV MQDGKKSIAE SIVYGALERV QEKNKVDPVE FFETTLEKVR PMVEVKARRV GGATYQVPM EVRPSRRTAL AMRWLVDAAA KRSEKTMALR LAGELLDAAE GKGAAIKKRE DVHRMAEANK AFSHYRF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 14.28761 KDa
配列文字列:
MATNYGTGRR KTATARVFLS AGTGKLVINN RTLEQYFGRE TARMVVRQPL ELLEATEKYD LYITVKGGGI GGQAGAIRHG ITRALIAAD ETLKPVLRQA GFVTRDAREV ERKKLGLRKA RKRPQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 11.718531 KDa
配列文字列:
MSNQRIRIRL KSFDHRLIDQ SAQEIVETAK RTGAQVCGPI PMPTRIERFN VLTSPHVNKD ARDQYEIRTY KRLIDIVQPT DKTVDALMK LDLAAGVDVQ IALG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 13.295635 KDa
配列文字列:
MARIAGVNIP DNKHAVISLT YIFGIGRHTA KNILAAVGIT ETTKIRELDD AQLDAIRAEV AKVPTEGDLR REISMNIKRL MDLGCYRGL RHRRSLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 11.438427 KDa
配列文字列:
MAKKGMINRE LKREKTVAKY AAKRAELKAT IANVNASDEE RFEAMLKLQA LPRNASPVRL RNRCGLTGRP HGYFRKFGLS RNKLRDTVM QGDVPGVVKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
分子量理論値: 10.206957 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF VDAHLFAKVE AAVASNSRKP IKTWSRRSMI LPDFVGLTIS VHNGRNHVPV IVTEHMVGHK LGEFAPTRTY RGHGVDKKS KR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 24 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: TIGECYCLINE

分子名称: TIGECYCLINE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: T1C
分子量理論値: 587.665 Da
Chemical component information

ChemComp-T1C:
TIGECYCLINE / 薬剤, 抗生剤*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Made by stochastic gradient descent in RELION 3.0
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: Multi-body refinement was carried out in RELION 3.0 to obtain the final '30S subunit head' reconstruction. The mask used for this procedure is deposited with this entry.
使用した粒子像数: 231159
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6ys5

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5afi

chain_id: w, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細The quality of the map is relatively poor so the related PDB entry 6YS5 (A. baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head) was rigid body fitted into the map using Chimera X-0.9, tigecycline was placed into the density at the primary site, and one round of global real space refinement and local refinement were carried out using PHENIX and Coot respectively, using ligand restraints in both cases.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6ytf:
Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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