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- EMDB-10770: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10770
タイトルPropionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA
マップデータpropionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens AM1
試料
  • 複合体: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA
    • タンパク質・ペプチド: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
  • リガンド: COENZYME A
  • リガンド: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
機能・相同性
機能・相同性情報


propionyl-CoA carboxylase / propionyl-CoA carboxylase activity / lipid catabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Propionyl-coenzyme A carboxylase, BT domain / Propionyl-coenzyme A carboxylase BT domain / : / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain ...Propionyl-coenzyme A carboxylase, BT domain / Propionyl-coenzyme A carboxylase BT domain / : / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Propionyl-CoA carboxylase beta chain / propionyl-CoA carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Schuller JM / Schuller SK / Zarzycki J / Scheffen M / Marchal DM / Erb TJ
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
European CommissionFET-Open 686330 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU 3364/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2021
タイトル: A new-to-nature carboxylation module to improve natural and synthetic CO2 fixation
著者: Scheffen M / Marchal DG / Beneyton T / Schuller SK / Klose M / Diehl C / Lehmann J / Pfister P / Carrillo M / He H / Aslan S / Cortina NS / Claus P / Bollschweiler D / Baret JC / Schuller JM ...著者: Scheffen M / Marchal DG / Beneyton T / Schuller SK / Klose M / Diehl C / Lehmann J / Pfister P / Carrillo M / He H / Aslan S / Cortina NS / Claus P / Bollschweiler D / Baret JC / Schuller JM / Zarzycki J / Bar-Even A / Erb TJ
履歴
登録2020年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月28日-
マップ公開2020年10月28日-
更新2021年5月12日-
現状2021年5月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ybp
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ybp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10770.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens AM1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302.08 Å		1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302.08 Å		1.18 Å/pix.
x 256 pix.
= 302.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23 / ムービー #1: 0.23
最小 - 最大-0.60109526 - 1.2886994
平均 (標準偏差)0.008079505 (±0.0587024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 302.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.181.181.18
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.080302.080302.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.6011.2890.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA

全体名称: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA
要素
  • 複合体: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA
    • タンパク質・ペプチド: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
  • リガンド: COENZYME A
  • リガンド: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

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超分子 #1: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA

超分子名称: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量実験値: 740 KDa

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分子 #1: Propionyl-CoA carboxylase beta chain

分子名称: Propionyl-CoA carboxylase beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: propionyl-CoA carboxylase
由来(天然)生物種: Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
分子量理論値: 56.060008 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDILEKLEE RRAQARLGGG EKRLEAQHKR GKLTARERIE LLLDHGSFEE FDMFVQHRST DFGMEKQKIP GDGVVTGWGT VNGRTVFLF SKDFTVFGGS LSEAHAAKIV KVQDMALKMR APIIGIFDAG GARIQEGVAA LGGYGEVFRR NVAASGVIPQ I SVIMGPCA ...文字列:
MKDILEKLEE RRAQARLGGG EKRLEAQHKR GKLTARERIE LLLDHGSFEE FDMFVQHRST DFGMEKQKIP GDGVVTGWGT VNGRTVFLF SKDFTVFGGS LSEAHAAKIV KVQDMALKMR APIIGIFDAG GARIQEGVAA LGGYGEVFRR NVAASGVIPQ I SVIMGPCA GGDVYSPAMT DFIFMVRDTS YMFVTGPDVV KTVTNEVVTA EELGGAKVHT SKSSIADGSF ENDVEAILQI RR LLDFLPA NNIEGVPEIE SFDDVNRLDK SLDTLIPDNP NKPYDMGELI RRVVDEGDFF EIQAAYARNI ITGFGRVEGR TVG FVANQP LVLAGVLDSD ASRKAARFVR FCNAFSIPIV TFVDVPGFLP GTAQEYGGLI KHGAKLLFAY SQATVPLVTI ITRK AFGGA YDVMASKHVG ADLNYAWPTA QIAVMGAKGA VEIIFRAEIG DADKIAERTK EYEDRFLSPF VAAERGYIDE VIMPH STRK RIARALGMLR TKEMEQPWKK HDNIPL

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分子 #2: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit

分子名称: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: propionyl-CoA carboxylase
由来(天然)生物種: Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
分子量理論値: 71.986961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFDKILIANR GEIACRIIKT AQKMGIKTVA VYSDADRDAV HVAMADEAVH IGPAPAAQSY LLIEKIIDAC KQTGAQAVHP GYGFLSERE SFPKALAEAG IVFIGPNPGA IAAMGDKIES KKAAAAAEVS TVPGFLGVIE SPEHAVTIAD EIGYPVMIKA S AGGGGKGM ...文字列:
MFDKILIANR GEIACRIIKT AQKMGIKTVA VYSDADRDAV HVAMADEAVH IGPAPAAQSY LLIEKIIDAC KQTGAQAVHP GYGFLSERE SFPKALAEAG IVFIGPNPGA IAAMGDKIES KKAAAAAEVS TVPGFLGVIE SPEHAVTIAD EIGYPVMIKA S AGGGGKGM RIAESADEVA EGFARAKSEA SSSFGDDRVF VEKFITDPRH IEIQVIGDKH GNVIYLGERE CSIQRRNQKV IE EAPSPLL DEETRRKMGE QAVALAKAVN YDSAGTVEFV AGQDKSFYFL EMNTRLQVEH PVTEMITGLD LVELMIRVAA GEK LPLSQD QVKLDGWAVE SRVYAEDPTR NFLPSIGRLT TYQPPEEGPL GGAIVRNDTG VEEGGEIAIH YDPMIAKLVT WAPT RLEAI EAQATALDAF AIEGIRHNIP FLATLMAHPR WRDGRLSTGF IKEEFPEGFI APEPEGPVAH RLAAVAAAID HKLNI RKRG ISGQMRDPSL LTFQRERVVV LSGQRFNVTV DPDGDDLLVT FDDGTTAPVR SAWRPGAPVW SGTVGDQSVA IQVRPL LNG VFLQHAGAAA EARVFTRREA ELADLMPVKE NAGSGKQLLC PMPGLVKQIM VSEGQEVKNG EPLAIVEAMK MENVLRA ER DGTISKIAAK EGDSLAVDAV ILEFA

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分子 #3: COENZYME A

分子名称: COENZYME A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: COA
分子量理論値: 767.534 Da
Chemical component information

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA

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分子 #4: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

分子名称: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: BTI
分子量理論値: 228.311 Da
Chemical component information

ChemComp-BTI:
5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 50.2 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77714
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3n6r

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ybp:
Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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