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- PDB-6ybp: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ybp
タイトルPropionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA
要素
  • Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
  • Propionyl-CoA carboxylase beta chain
キーワードLIGASE / biotin dependent / ATP dependent / propionyl-CoA / heterododecamer / CO2 fixation
機能・相同性
機能・相同性情報


propionyl-CoA carboxylase / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / carbon fixation / lipid catabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Propionyl-coenzyme A carboxylase, BT domain / Propionyl-coenzyme A carboxylase BT domain / : / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain ...Propionyl-coenzyme A carboxylase, BT domain / Propionyl-coenzyme A carboxylase BT domain / : / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BTI / COENZYME A / Propionyl-CoA carboxylase beta chain / propionyl-CoA carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Schuller, J.M. / Schuller, S.K. / Zarzycki, J. / Scheffen, M. / Marchal, D.M. / Erb, T.J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European CommissionFET-Open 686330 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU 3364/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2021
タイトル: A new-to-nature carboxylation module to improve natural and synthetic CO2 fixation
著者: Scheffen, M. / Marchal, D.G. / Beneyton, T. / Schuller, S.K. / Klose, M. / Diehl, C. / Lehmann, J. / Pfister, P. / Carrillo, M. / He, H. / Aslan, S. / Cortina, N.S. / Claus, P. / ...著者: Scheffen, M. / Marchal, D.G. / Beneyton, T. / Schuller, S.K. / Klose, M. / Diehl, C. / Lehmann, J. / Pfister, P. / Carrillo, M. / He, H. / Aslan, S. / Cortina, N.S. / Claus, P. / Bollschweiler, D. / Baret, J.C. / Schuller, J.M. / Zarzycki, J. / Bar-Even, A. / Erb, T.J.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references ...Data processing / Database references / Experimental summary / Refinement description
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: database_2 / em_3d_fitting_list ...database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10770
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10770
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
B: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
C: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
D: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
E: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
F: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
G: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
H: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
I: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
J: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
K: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
L: Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)774,25724
ポリマ－768,28212
非ポリマー5,97512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Propionyl-CoA carboxylase beta chain


分子量: 56060.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
遺伝子: pccB, MexAM1_META1p0172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5AP75, propionyl-CoA carboxylase
#2: タンパク質
Propionyl-CoA carboxylase alpha subunit


分子量: 71986.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
遺伝子: pccA, MexAM1_META1p3203 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5AWU5, propionyl-CoA carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物
ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL


分子量: 228.311 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O2S
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Propionyl-CoA carboxylase of Methylorubrum extorquens with bound CoA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.74 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9PHENIX1.17.1-3660-00モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77714 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3N6R

3n6r


Accession code: 3N6R / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 99.83 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008437078
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.761250178
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05215635
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00776569
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.290413725

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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