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- EMDB-10531: Structure of monoubiquitinated FANCD2 in complex with FANCI and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10531
タイトルStructure of monoubiquitinated FANCD2 in complex with FANCI and DNA
マップデータPost processed map from Relion
試料
  • 複合体: Complex of monoubiquitinated FANCD2, FANCI and DNA
    • 複合体: FANCD2, FANCI
      • タンパク質・ペプチド: FANCD2
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia complementation group I
    • 複合体: UBC
      • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-C
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (33-MER)
キーワードFanconi anaemia / ubiquitin / DNA repair / DNA damage / inter-strand crosslink / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Fanconi Anemia Pathway in DNA repair / Fanconi Anemia Pathway / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair / DNA polymerase binding / condensed chromosome / Maturation of protein E / Maturation of protein E ...Fanconi Anemia Pathway in DNA repair / Fanconi Anemia Pathway / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair / DNA polymerase binding / condensed chromosome / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Glycogen synthesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Regulation of FZD by ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Pexophagy / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLK / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Assembly of the pre-replicative complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Fanconi Anemia Pathway / Negative regulation of FGFR2 signaling / Iron uptake and transport / Negative regulation of FGFR3 signaling / Peroxisomal protein import / Hh mutants are degraded by ERAD / Degradation of AXIN / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Stabilization of p53 / Regulation of TNFR1 signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / EGFR downregulation
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 ...Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 / FANCI solenoid 2 / FANCI solenoid 3 / FANCI solenoid 4 / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / Fanconi anaemia protein FANCD2 / Fanconi anaemia protein FancD2 nuclease / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi anemia complementation group I / Fanconi anemia complementation group D2 / Polyubiquitin-C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / Homo sapiens (ヒト) / Synthetic construct (人工物) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Alcon P / Shakeel S
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105192715 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 692-2018 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: FANCD2-FANCI is a clamp stabilized on DNA by monoubiquitination of FANCD2 during DNA repair.
著者: Pablo Alcón / Shabih Shakeel / Zhuo A Chen / Juri Rappsilber / Ketan J Patel / Lori A Passmore /
要旨: Vertebrate DNA crosslink repair excises toxic replication-blocking DNA crosslinks. Numerous factors involved in crosslink repair have been identified, and mutations in their corresponding genes cause ...Vertebrate DNA crosslink repair excises toxic replication-blocking DNA crosslinks. Numerous factors involved in crosslink repair have been identified, and mutations in their corresponding genes cause Fanconi anemia (FA). A key step in crosslink repair is monoubiquitination of the FANCD2-FANCI heterodimer, which then recruits nucleases to remove the DNA lesion. Here, we use cryo-EM to determine the structures of recombinant chicken FANCD2 and FANCI complexes. FANCD2-FANCI adopts a closed conformation when the FANCD2 subunit is monoubiquitinated, creating a channel that encloses double-stranded DNA (dsDNA). Ubiquitin is positioned at the interface of FANCD2 and FANCI, where it acts as a covalent molecular pin to trap the complex on DNA. In contrast, isolated FANCD2 is a homodimer that is unable to bind DNA, suggestive of an autoinhibitory mechanism that prevents premature activation. Together, our work suggests that FANCD2-FANCI is a clamp that is locked onto DNA by ubiquitin, with distinct interfaces that may recruit other DNA repair factors.
履歴
登録2019年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0197
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  • 表面レベル: 0.0197
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  • 原子モデル: PDB-6tnf
  • 表面レベル: 0.0197
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10531.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post processed map from Relion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477. Å		1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477. Å		1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0197 / ムービー #1: 0.0197
最小 - 最大-0.04974713 - 0.10805731
平均 (標準偏差)0.000058346082 (±0.0012534399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 476.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z477.000477.000477.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0500.1080.000

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添付データ

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追加マップ: Refined map

ファイルemd_10531_additional_1.map
注釈Refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focussed map for DNA region. Please use this...

ファイルemd_10531_additional_2.map
注釈Focussed map for DNA region. Please use this map for DNA model fit in map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half2 map from auto-refinement in Relion

ファイルemd_10531_half_map_1.map
注釈Half2 map from auto-refinement in Relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half1 map from auto-refinement in Relion

ファイルemd_10531_half_map_2.map
注釈Half1 map from auto-refinement in Relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of monoubiquitinated FANCD2, FANCI and DNA

全体名称: Complex of monoubiquitinated FANCD2, FANCI and DNA
要素
  • 複合体: Complex of monoubiquitinated FANCD2, FANCI and DNA
    • 複合体: FANCD2, FANCI
      • タンパク質・ペプチド: FANCD2
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia complementation group I
    • 複合体: UBC
      • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-C
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (33-MER)

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超分子 #1: Complex of monoubiquitinated FANCD2, FANCI and DNA

超分子名称: Complex of monoubiquitinated FANCD2, FANCI and DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: FANCD2, FANCI

超分子名称: FANCD2, FANCI / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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超分子 #3: UBC

超分子名称: UBC / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
詳細: An idealized dsDNA of 33 bp of arbitrary sequence was placed and refined into the EM density but the following DNA sequences were used in the sample preparation by annealing oligonucleotides ...詳細: An idealized dsDNA of 33 bp of arbitrary sequence was placed and refined into the EM density but the following DNA sequences were used in the sample preparation by annealing oligonucleotides X1, X2, X3, X4, X5, X6: X1: GCGCACCAAGAGATACGCGGTCGAATGCCGAGTAGCCATCAGCG X2: ACCATGCAGCTACTCGGCATTCGACCGCGTATCTGGCGACTACG X3: TATCTCTTGGTGCGC X4: CGCTGATGGCTACTC X5: CGTAGTCGCCAGATA X6: GAGTAGCTGCATGGT
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)

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分子 #1: FANCD2

分子名称: FANCD2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 160.932328 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSKRKLSKI DAAEESSKTD LQSRCPETKR SRISDKRAPS QGGLENEGVF EELLRTSGII LKVGEGQNEI AVDQTAFQKK LRVALEKHP SYPGVVNEFI SGLESHIKDR SQFKNCLLPC TPARTEGSRT LVHSYCESLI KLLLGIKILQ PAVVTLLLEK I PEFFFDVV ...文字列:
MVSKRKLSKI DAAEESSKTD LQSRCPETKR SRISDKRAPS QGGLENEGVF EELLRTSGII LKVGEGQNEI AVDQTAFQKK LRVALEKHP SYPGVVNEFI SGLESHIKDR SQFKNCLLPC TPARTEGSRT LVHSYCESLI KLLLGIKILQ PAVVTLLLEK I PEFFFDVV GTFGTNFPRL IVNQFKWLDG LLDSQDLVKK LMQMLSVSPV PIQHDIITSL PEILEDSQQN EVARELSCLL KQ GRRLTVP ILDALSRLDL DAELLAKVRQ SAMTIVPSVK LEDLPVVIKF ILHNVKAADA VEVISDLRKS LDLSSCVLPL QLL GSQRKL KSQAQASSSM SQVTTSQNCV KLLFDVIKLA VRFQKDVSEA WIKAIENSTS VSDHKVLDLI VLLLIHSTNS KNRK QTEKV LRSKIRLGCM PEQLMQNAFQ NHSMVIKDFF PSILSLAQTF LHSAHPAVVS FGSCMYKQAF AVFDSYCQQE VVCAL VTHV CSGNETELDI SLDVLTDLVI LHPSLLLRYA TFVKTILDSM QKLNPCQIRK LFYILSTLAF SQRQEGSYIQ DDMHMV IRK WLSSSVPNHK QMGIIGAVTM MGSVALKRNE ADGGLLERPE LSIECDGQLS TLLDLVGFCC EQTPEVLALY YDELANL IE KQKGNLDLQL LDKFGKSLVE DFPNDFVVDL SPTVDGSFLF PVKSLYNLDE DETQGAIAIN LLPLVSQSEP GRVADEMS N SRKRVVSPIC LSPCFRLLRL YTGEQNNGSL EEIDALLGCP LYLTDLEVEG KLDSLSKQER EFLCSLLFYA LNWFREVVN AFCQQQDAEM KGKVLTRLQN ITELQNVLGK CLAATPGYVP PPATFDSEAP EGVPSINAGG PVRKKNGKKR KSDSSKACSA ERTQADESS DGNQPDTELS ELEKSAAEKE TGNPLAQLQS YRPYFRELDL EVFSVLHCGL LTKSILDTEM HTEASEVVQL G PAELCFLL DDMCWKLEHV LTPGSTRRVP FLKERGNKDV GFSHLCQRSP KEVAVCVVKL LKPLCNHMEN MHNYFQTVIP NQ GVVDESG LNIQEYQLMS SCYHQLLLAF RLLFAWSGFS QHENSNLLRS ALQVLADRLK PGETEFLPLE ELISESFQYL LNF QASIPS FQCAFILTQV LMAISEKPMT GWKREKMASL AKQFLCQSWM KPGGDREKGS HFNSALHTLL CVYLEHTDNI LKAI EEISS VGVPELINSA KDGCSSTYPT LSRQTFPVFF RVMMAQLESS VKSIPAGKPS DSGEVQLEKL LKWNIAVRNF HILIN LVKV FDSRPVLSIC LKYGRLFVEA FLKLAMPLLD HSFKKHRDDV QSLLKTLQLS TRQLHHMCGH SKIHQDLGLT NHVPLL KKS LEQFVYRVKA MLAFNHCQEA FWVGVLKNRD LQGEEILSQA SAAPEEDSAE GSEEDTEDSA AEEPDGTDSD SGGAGR

UniProtKB: Fanconi anemia complementation group D2

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分子 #2: Fanconi anemia complementation group I

分子名称: Fanconi anemia complementation group I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 149.458297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAQRILQLAA EGSPERLQEA LQGLTEGELG DMVTRQALRG RETAALLKGI FKGSPCSQQS GVLRRLQVYK HCVSLVESGD LHVGKVSEI IGLLMLEARQ LPGHALAELA TLFVEVIKRG SLSNGKSLEL FSTVLTALSN SKESLAYGKG ELNGEEFKKQ L INTLCSSK ...文字列:
MAQRILQLAA EGSPERLQEA LQGLTEGELG DMVTRQALRG RETAALLKGI FKGSPCSQQS GVLRRLQVYK HCVSLVESGD LHVGKVSEI IGLLMLEARQ LPGHALAELA TLFVEVIKRG SLSNGKSLEL FSTVLTALSN SKESLAYGKG ELNGEEFKKQ L INTLCSSK WDPQCVIHLA NMFRDIPLSG EELQFVVEKV LRMFSKLDLQ EIPPLVYQLL LLSAKGSKKT VLEGIISFFN QL DKRQKEE QRVPQSADLE VATVPLDQLR HVEGTVILHI VSAINLDQDI GEELIKHLKT EQQKDPGKAL CPFSVSLLLS TAV KHRLQE QIFDFLKTSI TRSCKDLQIL QASKFLQDLC PQQYDVTAVI LEVVKNSAFG WDHVTQGLVD LGFSLMESYE PKKS FGGKA AETNLGLSKM PAQQACKLGA SILLETFKVH EPIRSDILEQ VLNRVLTKAA SPVSHFIDLL SNIVVSAPLV LQNSS SRVT ETFDNLSFLP IDTVQGLLRA VQPLLKVSMS VRDSLILVLQ KAIFSRQLDA RKAAVAGFLL LLRNFKILGS LTSSQC SQA IGATQVQADV HACYNSAANE AFCLEILGSL RRCLSQQADV RLMLYEGFYD VLRRNSQLAS SIMETLLSQI KQYYLPQ QD LLPPLKLEGC IMAQGDQIFL QEPLAHLLCC IQHCLAWYKS TVHLCKGAED EEEEEDVGFE QNFEEMLESV TRRMIKSE L EDFELDKSAD FSPSSGVGVK NNIYAIQVMG ICEVLIEYNF KIGNFSKNKF EDVLGLFTCY NKLSEILKEK AGKNKSTLG NRIARSFLSM GFVSTLLTAL FRDNAQSHEE SLAVLRSSTE FMRYAVSVAL QKVQQLEEMG QTDGPDGQNP EKMFQNLCKI TRVLLWRYT SIPTAVEESG KKKGKSISLL CLEGLLRIFN TMQQLYAARI PQFLQALDIT DGDAEEADIN VTEKAAFQIR Q FQRSLVNQ LSSAEDDFNS KETQLLITIL STLSKLLDPG SQQFLQFLTW TVKICKENAL EDLSCCKGLL TLLFSLHVLY KS PVSLLRE LAQDIHACLG DIDQDVEIES RSHFAIVNVK TAAPTVCLLV LGQADKVLEE VDWLIKRLTI LGSDTSEDST QAS NQTQAL EKGVILQLGT LLTVFHELVQ TALPAGSCVD SLLRSLSKTY AILTSLIKHY IQACRSTSNT VPGRLEKLVK LSGS HLTPQ CYSFITYVQN IHSESLSFAE EKKKKKKEDE TAVVSTVMAK VLRDTKPIPN LIFAIEQYEK FLIHLSKKSK VNLMQ YMKL STSRDFRINA SMLDSVLQEQ NTEDAENEPD NNQSGTAEQP DENQEPQKKR RRKK

UniProtKB: Fanconi anemia complementation group I

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分子 #3: Polyubiquitin-C

分子名称: Polyubiquitin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Polyubiquitin-C

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分子 #4: DNA (33-MER)

分子名称: DNA (33-MER) / タイプ: dna / ID: 4
詳細: An idealized dsDNA of 33 bp of arbitrary sequence was placed and refined into the EM density but the following DNA sequences were used in the sample preparation by annealing oligonucleotides ...詳細: An idealized dsDNA of 33 bp of arbitrary sequence was placed and refined into the EM density but the following DNA sequences were used in the sample preparation by annealing oligonucleotides X1, X2, X3, X4, X5, X6: X1: GCGCACCAAGAGATACGCGGTCGAATGCCGAGTAGCCATCAGCG X2: ACCATGCAGCTACTCGGCATTCGACCGCGTATCTGGCGACTACG X3: TATCTCTTGGTGCGC X4: CGCTGATGGCTACTC X5: CGTAGTCGCCAGATA X6: GAGTAGCTGCATGGT
コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.898203 KDa
配列文字列:
(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN) (DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN) (DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN) (DN)(DN)(DN)(DN)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM HEPES, 100 mM imidazole, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2500000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Random model generated by stochastic gradient algorithm
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 146245
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3s4w

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1ubq

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6tnf:
Structure of monoubiquitinated FANCD2 in complex with FANCI and DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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