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- PDB-4hzk: Crystal structure of free CRM1 (crystal form 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hzk
タイトルCrystal structure of free CRM1 (crystal form 2)
要素CRM1 Nuclear transport receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEAT repeat protein / Nuclear export receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear export signal receptor activity / tRNA processing / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / protein export from nucleus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 ...Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Exportin-1 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Monecke, T. / Neumann, P. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Structural basis for cooperativity of CRM1 export complex formation.
著者: Thomas Monecke / David Haselbach / Béla Voß / Andreas Russek / Piotr Neumann / Emma Thomson / Ed Hurt / Ulrich Zachariae / Holger Stark / Helmut Grubmüller / Achim Dickmanns / Ralf Ficner /
要旨: In eukaryotes, the nucleocytoplasmic transport of macromolecules is mainly mediated by soluble nuclear transport receptors of the karyopherin-β superfamily termed importins and exportins. The highly ...In eukaryotes, the nucleocytoplasmic transport of macromolecules is mainly mediated by soluble nuclear transport receptors of the karyopherin-β superfamily termed importins and exportins. The highly versatile exportin chromosome region maintenance 1 (CRM1) is essential for nuclear depletion of numerous structurally and functionally unrelated protein and ribonucleoprotein cargoes. CRM1 has been shown to adopt a toroidal structure in several functional transport complexes and was thought to maintain this conformation throughout the entire nucleocytoplasmic transport cycle. We solved crystal structures of free CRM1 from the thermophilic eukaryote Chaetomium thermophilum. Surprisingly, unbound CRM1 exhibits an overall extended and pitched superhelical conformation. The two regulatory regions, namely the acidic loop and the C-terminal α-helix, are dramatically repositioned in free CRM1 in comparison with the ternary CRM1-Ran-Snurportin1 export complex. Single-particle EM analysis demonstrates that, in a noncrystalline environment, free CRM1 exists in equilibrium between extended, superhelical and compact, ring-like conformations. Molecular dynamics simulations show that the C-terminal helix plays an important role in regulating the transition from an extended to a compact conformation and reveal how the binding site for nuclear export signals of cargoes is modulated by different CRM1 conformations. Combining these results, we propose a model for the cooperativity of CRM1 export complex assembly involving the long-range allosteric communication between the distant binding sites of GTP-bound Ran and cargo.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Data collection / Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRM1 Nuclear transport receptor
B: CRM1 Nuclear transport receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,2842
ポリマ－249,2842
非ポリマー00
水00
1
A: CRM1 Nuclear transport receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6421
ポリマ－124,6421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CRM1 Nuclear transport receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6421
ポリマ－124,6421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.820, 89.820, 316.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 CRM1 Nuclear transport receptor


分子量: 124642.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0002400 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0RZB7
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THESE RESIDUES ARE WRONGLY ASSIGNED INTRONS IN THE CHAETOMIUM THERMOPHILUM ...THE AUTHORS STATE THAT THESE RESIDUES ARE WRONGLY ASSIGNED INTRONS IN THE CHAETOMIUM THERMOPHILUM VAR. THERMOPHILUM DSM1495 CRM1 SEQUENCE. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS WITH SEQUENCES FROM MORE THAN 10 SPECIES SHOWED, THAT THESE TWO INTRONS, THAT HAVE BEEN ASSIGNED, EXACTLY CORRESPOND TO A PROTEIN SEQUENCE, WHICH IS PRESENT AND CONSERVED IN ALL OTHER CRM1 SPECIES. IN ADDITION, ISOLATION OF THE CRM1 GENE OUT OF A CHAETOMIUM THERMOPHILUM CDNA LIBRARY WITH APPROPRIATE PRIMERS AMPLIFIED THE GENE INCLUDING THE WRONGLY ASSIGNED INTRONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 22% Polyacrylic acid 5,100, 20 mM MgCl2, 100 mM CHES 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.2395 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月20日
放射モノクロメーター: Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2395 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.46
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 51788 / Num. obs: 50204 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 98.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.23
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.1-3.20.5622.18148224576198.5
3.2-3.30.4152.89130344095198.5
3.3-3.50.2554.98222216837198.2
3.5-40.11910.23685211601197.8
4-4.250.06517.28122923881196.8
4.25-4.50.05120.7895543051195.3
4.5-4.750.04523.873582418195.7
4.75-140.02535.394303413258195.8
14-170.01664.42781226191.1
17-500.01573.38992261183.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å49.07 Å
Translation3.1 Å49.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GJX

3gjx


解像度: 3.1→49.07 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 2048 4.08 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.2192 50204 97.09 %-
all-51788 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 229.69 Å2 / Biso mean: 112.1053 Å2 / Biso min: 69.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16642 0 0 0 16642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86722972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0516385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1005-3.1780.34251500.32613426357695
3.178-3.26390.34831430.31153492363594
3.2639-3.35990.30261520.29453505365795
3.3599-3.46840.31511500.28253505365594
3.4684-3.59230.26411520.27353514366694
3.5923-3.7360.29141410.26243465360694
3.736-3.90590.23041390.25373464360394
3.9059-4.11170.25371290.24623425355493
4.1117-4.36910.2581410.22883383352493
4.3691-4.70610.23731380.21663429356791
4.7061-5.1790.24381270.2023387351493
5.179-5.92670.26191490.21973447359693
5.9267-7.46080.22571370.21553434357193
7.4608-43.2050.18091490.15343304345390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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