+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10116 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cutting state of the E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) head complex bound to ADP and dsDNA. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Nuclease / DNA repair / ABC-type ATPase / DNA double-strand breaks / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA repair complex / exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA recombination ...double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA repair complex / exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaeshammer L / Saathoff JH | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Mechanism of DNA End Sensing and Processing by the Mre11-Rad50 Complex. 著者: Lisa Käshammer / Jan-Hinnerk Saathoff / Katja Lammens / Fabian Gut / Joseph Bartho / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Karl-Peter Hopfner / 要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability throughout life and are linked to tumorigenesis in humans. To initiate DSB repair by end joining or homologous recombination, the Mre11- ...DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability throughout life and are linked to tumorigenesis in humans. To initiate DSB repair by end joining or homologous recombination, the Mre11-nuclease Rad50-ATPase complex detects and processes diverse and obstructed DNA ends, but a structural mechanism is still lacking. Here we report cryo-EM structures of the E. coli Mre11-Rad50 homolog SbcCD in resting and DNA-bound cutting states. In the resting state, Mre11's nuclease is blocked by ATP-Rad50, and the Rad50 coiled coils appear flexible. Upon DNA binding, the two coiled coils zip up into a rod and, together with the Rad50 nucleotide-binding domains, form a clamp around dsDNA. Mre11 moves to the side of Rad50, binds the DNA end, and assembles a DNA cutting channel for the nuclease reactions. The structures reveal how Mre11-Rad50 can detect and process diverse DNA ends and uncover a clamping and gating function for the coiled coils. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10116.map.gz | 95.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10116-v30.xml emd-10116.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10116.png | 122.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10116.cif.gz | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10116 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10116 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10116_validation.pdf.gz | 533.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10116_full_validation.pdf.gz | 533.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10116_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10116_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10116 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10116 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Heterotetrameric complex of full-length Mre11-Rad50 (SbcCD) in co...
+超分子 #1: Heterotetrameric complex of full-length Mre11-Rad50 (SbcCD) in co...
+超分子 #2: Mre11-Rad50
+超分子 #3: dsDNA
+分子 #1: Nuclease SbcCD subunit C
+分子 #2: Nuclease SbcCD subunit D
+分子 #3: DNA (31-MER)
+分子 #4: DNA (32-MER)
+分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #6: MAGNESIUM ION
+分子 #7: MANGANESE (II) ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12811 / 平均電子線量: 73.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE 詳細: The initial model was calculated de novo using cryoSPARC. |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 152271 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |