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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0888 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 A-particle | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 A-particle | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | VIRUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | He MZ / Xu LF | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 9件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020 タイトル: Identification of Antibodies with Non-overlapping Neutralization Sites that Target Coxsackievirus A16. 著者: Maozhou He / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Zhenghui Zha / Yu Lin / Lisheng Yang / Yang Huang / Xiangzhong Ye / Shuxuan Li / Wangheng Hou / Yangtao Wu / Jinle Han / ...著者: Maozhou He / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Zhenghui Zha / Yu Lin / Lisheng Yang / Yang Huang / Xiangzhong Ye / Shuxuan Li / Wangheng Hou / Yangtao Wu / Jinle Han / Dongxiao Liu / Zekai Li / Zhenqin Chen / Hai Yu / Yuqiong Que / Yingbin Wang / Xiaodong Yan / Jun Zhang / Ying Gu / Z Hong Zhou / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Hand, foot, and mouth disease is a common childhood illness primarily caused by coxsackievirus A16 (CVA16), for which there are no current vaccines or treatments. We identify three CVA16-specific ...Hand, foot, and mouth disease is a common childhood illness primarily caused by coxsackievirus A16 (CVA16), for which there are no current vaccines or treatments. We identify three CVA16-specific neutralizing monoclonal antibodies (nAbs) with therapeutic potential: 18A7, 14B10, and NA9D7. We present atomic structures of these nAbs bound to all three viral particle forms-the mature virion, A-particle, and empty particle-and show that each Fab can simultaneously occupy the mature virion. Additionally, 14B10 or NA9D7 provide 100% protection against lethal CVA16 infection in a neonatal mouse model. 18A7 binds to a non-conserved epitope present in all three particles, whereas 14B10 and NA9D7 recognize broad protective epitopes but only bind the mature virion. NA9D7 targets an immunodominant site, which may overlap the receptor-binding site. These findings indicate that CVA16 vaccines should be based on mature virions and that these antibodies could be used to discriminate optimal virion-based immunogens. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0888.map.gz | 229.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0888-v30.xml emd-0888.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0888.png | 246.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0888.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0888 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0888 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0888_validation.pdf.gz | 658.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0888_full_validation.pdf.gz | 657.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0888_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0888_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0888 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0888 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6lhbMC 0887C 0889C 0890C 0891C 0892C 0894C 0895C 0897C 0898C 6lhaC 6lhcC 6lhkC 6lhlC 6lhoC 6lhpC 6lhqC 6lhtC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 A-particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.128 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus A16
全体 | 名称: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Coxsackievirus A16
超分子 | 名称: Coxsackievirus A16 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 31704 / 生物種: Coxsackievirus A16 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 33.106352 KDa |
配列 | 文字列: GDPIADMIDQ TVNNQVNRSL TALQVLPTAA NTEASSHRLG TGVVPALQAA ETGASSNASD KNLIETRCVL NHHSTQETAI GNFFSRAGL VSIITMPTTD TQNTDGYVNW DIDLMGYAQL RRKCELFTYM RFDAEFTFVV AKPNGVLVPQ LLQYMYVPPG A PKPTSRDS ...文字列: GDPIADMIDQ TVNNQVNRSL TALQVLPTAA NTEASSHRLG TGVVPALQAA ETGASSNASD KNLIETRCVL NHHSTQETAI GNFFSRAGL VSIITMPTTD TQNTDGYVNW DIDLMGYAQL RRKCELFTYM RFDAEFTFVV AKPNGVLVPQ LLQYMYVPPG A PKPTSRDS FAWQTATNPS VFVKMTDPPA QVSVPFMSPA SAYQWFYDGY PTFGEHLQAN DLDYGQCPNN MMGTFSIRTV GT EKSPHSI TLRVYMRIKH VRAWIPRPLR NQPYLFKTNP NYKGNDIKCT STSRDKITTL UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.557104 KDa |
配列 | 文字列: SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IVIAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFFTLDTKS WAKDSKGWYW KFPDVLTEV GVFGQNAQFH YLYRSGFCVH VQCNASKFHQ GALLVAVLPE YVLGTIAGGT GNENSHPPYA TTQPGQVGAV L THPYVLDA ...文字列: SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IVIAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFFTLDTKS WAKDSKGWYW KFPDVLTEV GVFGQNAQFH YLYRSGFCVH VQCNASKFHQ GALLVAVLPE YVLGTIAGGT GNENSHPPYA TTQPGQVGAV L THPYVLDA GIPLSQLTVC PHQWINLRTN NCATIIVPYM NTVPFDSALN HCNFGLLVIP VVPLDFNAGA TSEIPITVTI AP MCAEFAG LRQAVKQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.654295 KDa |
配列 | 文字列: GIPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPGFHP TPPIHIPGEV HNLLEICRVE TILEVNNLKT NETTPMQRLC FPVSVQSKTG ELCAAFRAD PGRDGPWQST ILGQLCRYYT QWSGSLEVTF MFAGSFMATG KMLIAYTPPG GNVPADRITA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV ...文字列: GIPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPGFHP TPPIHIPGEV HNLLEICRVE TILEVNNLKT NETTPMQRLC FPVSVQSKTG ELCAAFRAD PGRDGPWQST ILGQLCRYYT QWSGSLEVTF MFAGSFMATG KMLIAYTPPG GNVPADRITA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV VPWISNTHYR AHARAGYFDY YTTGIITIWY QTNYVVPIGA PTTAYIVALA AAQDNFTMKL CKDTEDIEQT AN IQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3409 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |