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- EMDB-0821: PSI-LHCI Supercomplex from Physcometrella patens -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0821
タイトルPSI-LHCI Supercomplex from Physcometrella patens
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-LHCI
  • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I antenna complex / response to low light intensity stimulus / pigment binding / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I ...photosystem I antenna complex / response to low light intensity stimulus / pigment binding / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / serine-type endopeptidase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) ...: / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / PSI-F / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K ...PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / PSI-F / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / PSI subunit V / Predicted protein / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / PsaH photosystem I reaction center subunit / Predicted protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrella patens (植物) / Moss (植物)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Zhao L / Yan QJ / Qin XC
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Antenna arrangement and energy-transfer pathways of PSI-LHCI from the moss Physcomitrella patens.
著者: Qiujing Yan / Liang Zhao / Wenda Wang / Xiong Pi / Guangye Han / Jie Wang / Lingpeng Cheng / Yi-Kun He / Tingyun Kuang / Xiaochun Qin / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Plants harvest light energy utilized for photosynthesis by light-harvesting complex I and II (LHCI and LHCII) surrounding photosystem I and II (PSI and PSII), respectively. During the evolution of ...Plants harvest light energy utilized for photosynthesis by light-harvesting complex I and II (LHCI and LHCII) surrounding photosystem I and II (PSI and PSII), respectively. During the evolution of green plants, moss is at an evolutionarily intermediate position from aquatic photosynthetic organisms to land plants, being the first photosynthetic organisms that landed. Here, we report the structure of the PSI-LHCI supercomplex from the moss Physcomitrella patens (Pp) at 3.23 Å resolution solved by cryo-electron microscopy. Our structure revealed that four Lhca subunits are associated with the PSI core in an order of Lhca1-Lhca5-Lhca2-Lhca3. This number is much decreased from 8 to 10, the number of subunits in most green algal PSI-LHCI, but the same as those of land plants. Although Pp PSI-LHCI has a similar structure as PSI-LHCI of land plants, it has Lhca5, instead of Lhca4, in the second position of Lhca, and several differences were found in the arrangement of chlorophylls among green algal, moss, and land plant PSI-LHCI. One chlorophyll, PsaF-Chl 305, which is found in the moss PSI-LHCI, is located at the gap region between the two middle Lhca subunits and the PSI core, and therefore may make the excitation energy transfer from LHCI to the core more efficient than that of land plants. On the other hand, energy-transfer paths at the two side Lhca subunits are relatively conserved. These results provide a structural basis for unravelling the mechanisms of light-energy harvesting and transfer in the moss PSI-LHCI, as well as important clues on the changes of PSI-LHCI after landing.
履歴
登録2019年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.03
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6l35
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0821.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.05337422 - 0.16238572
平均 (標準偏差)8.22962e-05 (±0.0043891533)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 407.424 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z407.424407.424407.424
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0530.1620.000

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : PSI-LHCI

全体名称: PSI-LHCI
要素
  • 複合体: PSI-LHCI
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
  • タンパク質・ペプチド: Predicted protein PsaD
  • タンパク質・ペプチド: PsaE
  • タンパク質・ペプチド: PSI-F
  • タンパク質・ペプチド: Predicted protein PsaG
  • タンパク質・ペプチド: PsaH photosystem I reaction center subunit
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
  • タンパク質・ペプチド: PsaK
  • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
超分子 #1: PSI-LHCI

超分子名称: PSI-LHCI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Physcomitrella patens (植物)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 82.313422 KDa
配列文字列: EVKIMVEKDP VKTSFEKWAK PGHFSRTLAK GPNTTTWIWN LHADAHDFDS HTNDLEEISR KVFSAHFGQL AVIFIWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQKILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY TTAIGGLIFA A LMLFAGWF ...文字列:
EVKIMVEKDP VKTSFEKWAK PGHFSRTLAK GPNTTTWIWN LHADAHDFDS HTNDLEEISR KVFSAHFGQL AVIFIWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQKILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY TTAIGGLIFA A LMLFAGWF HYHKAAPKLA WFQNVESMLN HHLAGLLGLG SLAWAGHQVH VSLPINRLLD AGVDPKEIPL PHEFILNRDL LA QLYPSFS KGLTPFFTLN WSEYSDFLTF RGGLNPVTGG LWLTDTAHHH LAIAVLFLVA GHMYRTNFGI GHSMKEILEA HKG PFTGEG HKGLYEILTT SWHAQLAINL AMLGSLTIIV AHHMYAMPPY PYLATDYATQ LSLFTHHMWI GGFLVVGAAA HAAI FMVRD YDPTTQYNNL LDRVLRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMSALG RPQDMFSDTA IQLQPVFAQW IQNTH ALAP SLTAPNATAS TSLTWGGGDL VAVGGKVALL PIPLGTADFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSSRLIP DKANLG FRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNAI SVVIFHFSWK MQSDVWGSIS DQGVVTHITG GNFAQSSITI NGWLRDF LW AQASQVIQSY GSSLSAYGLL FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKVAP AIQPRALSIV QGRAVGVA H YLLGGIATTW AFFLARIISV G

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 82.316547 KDa
配列文字列: ASRFPKFSRG LSQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDMTEER LYQKIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEAWGQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAS GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNQDLYGGSI FLLFVSALFL IAGWLHLQPK W KPSVSWFK ...文字列:
ASRFPKFSRG LSQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDMTEER LYQKIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEAWGQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAS GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNQDLYGGSI FLLFVSALFL IAGWLHLQPK W KPSVSWFK NAESRLNHHL SGLFGVSSLA WTGHLVHVAI PESRGEHVRW NNLLTALPHP QGLGPFFAGQ WNVYAQNPDS NS HLFGTSE GAGTAILTFL GGFHPQTQSL WLTDMAHHHL AIAVIFIIAG HMYRTNFGIG HSMKEILEAH TPPGGRLGRG HKG LYDTIN NSLHFQLGLA LASLGVITSL VAQHMYSLPP YAFLAQDFTT QAALYTHHQY IAGFIMTGAF AHGAIFFIRD YNPE QNKDN VLARMLEHKE AIISHLSWAS LFLGFHTLGL YVHNDVMLAF GTPEKQILIE PVFAQWIQSA HGKALYGFDV LLSSA DSPA FNAGQTLWLP GWLDAINNNS NSLFLTIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKEFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAVFWML NTIGWVTFYW HWKHITLWQG NVAQFNESST YLMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWMFLFG HLVWATGFMF LISWRGYWQE LIETLAWAHE RTPLANLVRW KDKPVALSIV QARLVGLAHF SVGYIFTY A AFLIASTSGK FG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 8.649957 KDa
配列文字列:
AHSVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMVPW DGCKASQIAS APRTEDCVGC KRCESACPTD FLSVRVYLGA ETTRSMGLAY

+
分子 #4: Predicted protein PsaD

分子名称: Predicted protein PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 15.654927 KDa
配列文字列:
TPPTLNADTP APIFGGSTGG LLRKAQVEEF YVITWESPKE QIFEMPTGGA AIMRSGPNLL KLARKEQCLA LGARLRTKFK IQYQFYRVF PNGEVQYLHP KDGVYPEKVN AGRSPVGVNN RSIGKNANPA ELKFAHKQAY DL

+
分子 #5: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 6.895725 KDa
配列文字列:
GPKRGSIVKV LRRESYWFND TGKVVAVDQA PGVRYPVVVR FDKVNYAGVS TNNYSPDELE AA

+
分子 #6: PSI-F

分子名称: PSI-F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 17.465363 KDa
配列文字列:
DVAGLTPCKE SKGFAKREKQ EIKKLESRLK LYAPDSAPAL ALNATIEKTK RRFAFYGNEG LLCGTDGLPH LIVDGDQAHL GEFVYPGLV FLYIAGWIGW VGRAYLIDVR TSKKPTEKEI IIDVPLALRI MSKGLTWPVA AIGELRSGKL VEKSANITVS

+
分子 #7: Predicted protein PsaG

分子名称: Predicted protein PsaG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 10.564831 KDa
配列文字列:
EANTALTITL STGALLFLGR FVFLPFQRDN VSRQGLPVQN GVTHFDAGDS RAQEVTSFLK TNDPAGFTIV DVLAWGALGH AVGFFILAT INNGYNPQF

+
分子 #8: PsaH photosystem I reaction center subunit

分子名称: PsaH photosystem I reaction center subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 9.861088 KDa
配列文字列:
SVYFDLGEID NTTGNWDLYG NDDPNRYNGF QNKFFETFAG AFTKRGLLLK FLVLGGATTI GYLGSTSSPD LLAIKNGPKQ VPVMGPRGR K

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 3.791472 KDa
配列文字列:
MTASYLPSIF VPLIGLVFPA ITMASLFIYI EQDE

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 4.59746 KDa
配列文字列:
MQDVKTYLST APVLATLWFG FLAGLLIEIN RFFPDALVLP L

+
分子 #11: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 7.916146 KDa
配列文字列:
YIGSSTNLIM VASTTLMLFA GRFGLAPSAN RKSTAGLKLV DRDSGLQTGD PAGFTATDTL ACGALGHVIG VGIVLGLKA

+
分子 #12: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 16.892416 KDa
配列文字列:
KYQVIEPLNG DPFIGGFETP VTSSPLIAWY LSNLPAYRTA VAPLLRGVEI GLAHGYLLVG PFVLTGPLRN SAVRGEAGSL AAAGLVTIL TMCLTIYGIA SFKEGEPSKA PSLTLTGRQK DADKLQTAEG WASFTGGWFF GGLSGVAWAY ILLYVLNLPY

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 3.051623 KDa
配列文字列:
SISDSQIIVA LVSAFITGIL ALRLGKSLY

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 22.922107 KDa
配列文字列: ALPNNDRPLW FPGSKAPEWL DGSLPGDFGF DPLGLGSDPE LLKWFVQAEL VHCRWAMLGA AGIFIPEALT KAGILNTPSW NVAGDQQYF ADPTTLFVIE LILFAWAEGR RWADIVNPGC VNVDPVFPNN KLTGTDVGYP GGLWFDPLGW GQTKDAKKLK E LRTKEIKN ...文字列:
ALPNNDRPLW FPGSKAPEWL DGSLPGDFGF DPLGLGSDPE LLKWFVQAEL VHCRWAMLGA AGIFIPEALT KAGILNTPSW NVAGDQQYF ADPTTLFVIE LILFAWAEGR RWADIVNPGC VNVDPVFPNN KLTGTDVGYP GGLWFDPLGW GQTKDAKKLK E LRTKEIKN GRLAMLAVLG AVVQANYTHT GPIDNLLAHL ADPGHNTIFA LS

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 20.761584 KDa
配列文字列: EWLPGNPRPS YLDGSAPGDF GFDPLGLGEV PENLERFKES ELIHARWAML AVPGVLIPEA LGYGNWVSAQ KWAATPGGQA TYLGNPVPW GNLPVILAIE FLAIAFAESQ RNGEPDPEKR KYPGGAFDPL GFSKGANLEE LKLKEIKNGR LALVAFLGFA V QAIAYPGT ...文字列:
EWLPGNPRPS YLDGSAPGDF GFDPLGLGEV PENLERFKES ELIHARWAML AVPGVLIPEA LGYGNWVSAQ KWAATPGGQA TYLGNPVPW GNLPVILAIE FLAIAFAESQ RNGEPDPEKR KYPGGAFDPL GFSKGANLEE LKLKEIKNGR LALVAFLGFA V QAIAYPGT GPLENLKTHL ADPWHNTIAH VIIP

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 23.250502 KDa
配列文字列: FASKQSLSYL DGTLPGDYGF DPLGLMDPEG AGGFIDPQWL PYAEIINGRF AMLGAAGAIA PEVLGRIGLI PQETAIPWFQ SGVIPPVGN YSYWADPYTL FVLEMALMGF AEHRRAQDYY KPGSMGKQYF LGLEKFLGGS GNPAYPGGPI FNFLGFGKNE K ELQELKVK ...文字列:
FASKQSLSYL DGTLPGDYGF DPLGLMDPEG AGGFIDPQWL PYAEIINGRF AMLGAAGAIA PEVLGRIGLI PQETAIPWFQ SGVIPPVGN YSYWADPYTL FVLEMALMGF AEHRRAQDYY KPGSMGKQYF LGLEKFLGGS GNPAYPGGPI FNFLGFGKNE K ELQELKVK EVKNGRLAMM AVLGYFTQAI FTGVGPFQNL LDHLADPVHN NVLTN

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moss (植物)
分子量理論値: 22.445592 KDa
配列文字列: GAERPLWLPG TTPPAHLDGT LAGDFGFDPL GLGQDPQDLR WYVQAELVHS RFAMAGVAGI LFTDLLRASG RTDIPVWFEA GATKFDFAD TTTLFVVQLI LMGFVETKRW MDIVKPGSQA AEDSFFGFEA AFEGLETGYP GGPLFNPLGF ANDPTKPQPL R WKEIKNGR ...文字列:
GAERPLWLPG TTPPAHLDGT LAGDFGFDPL GLGQDPQDLR WYVQAELVHS RFAMAGVAGI LFTDLLRASG RTDIPVWFEA GATKFDFAD TTTLFVVQLI LMGFVETKRW MDIVKPGSQA AEDSFFGFEA AFEGLETGYP GGPLFNPLGF ANDPTKPQPL R WKEIKNGR LAMVAMVGFM VQAYVTKTGP IENLLTHLSD PVHNTII

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 144 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #19: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #21: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 26 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #22: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #23: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #24: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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分子 #25: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 12 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

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分子 #26: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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分子 #27: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 70288
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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