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- EMDB-0774: Rat GluD1 receptor(compact conformation) in complex with 7-CKA an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0774
タイトルRat GluD1 receptor(compact conformation) in complex with 7-CKA and Calcium ions
マップデータfinal refined map
試料
  • 複合体: GluD1Glutamate dehydrogenase 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, delta-1
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate receptor activity / regulation of postsynapse organization / social behavior / GABA-ergic synapse / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / glutamatergic synapse ...glutamate receptor activity / regulation of postsynapse organization / social behavior / GABA-ergic synapse / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / glutamatergic synapse / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, delta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Burada AP / Kumar J
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome TrustIA/I/13/2/5010023 インド
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of the ionotropic glutamate receptor GluD1 reveal a non-swapped architecture.
著者: Ananth Prasad Burada / Rajesh Vinnakota / Janesh Kumar /
要旨: Ionotropic orphan delta (GluD) receptors are not gated by glutamate or any other endogenous ligand but are grouped with ionotropic glutamate receptors (iGluRs) based on sequence similarity. GluD1 ...Ionotropic orphan delta (GluD) receptors are not gated by glutamate or any other endogenous ligand but are grouped with ionotropic glutamate receptors (iGluRs) based on sequence similarity. GluD1 receptors play critical roles in synaptogenesis and synapse maintenance and have been implicated in neuronal disorders, including schizophrenia, cognitive deficits, and cerebral ataxia. Here we report cryo-EM structures of the rat GluD1 receptor complexed with calcium and the ligand 7-chlorokynurenic acid (7-CKA), elucidating molecular architecture and principles of receptor assembly. The structures reveal a non-swapped architecture at the interface of the extracellular amino-terminal domain (ATD) and the ligand-binding domain (LBD). This finding is in contrast with structures of other families of iGluRs, where the dimer partners between the ATD and LBD layers are swapped. Our results demonstrate that principles of architecture and symmetry are not conserved between delta receptors and other iGluRs and provide a molecular blueprint for understanding the functions of the 'orphan' class of iGluRs.
履歴
登録2019年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kss
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈final refined map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.325 / ムービー #1: 0.325
最小 - 最大-1.0635847 - 1.8846725
平均 (標準偏差)0.0010700548 (±0.072161205)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 426.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0671.0671.067
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.800426.800426.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-31-35-52
NX/NY/NZ11798209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-1.0641.8850.001

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_0774_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_0774_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GluD1

全体名称: GluD1Glutamate dehydrogenase 1
要素
  • 複合体: GluD1Glutamate dehydrogenase 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, delta-1

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超分子 #1: GluD1

超分子名称: GluD1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Recombinantly expressed protein
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTI- / 組換プラスミド: pEG BACMAM
分子量実験値: 388 KDa

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, delta-1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, delta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 95.718039 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DSIIHIGAIF EENAAKDDRV FQLAVSDLSL NDDILQSEKI TYSIKVIEAN NPFQAVQEAC DLMTQGILAL VTSTGCASAN ALQSLTDAM HIPHLFVQRN PGGSPRTACH LNPSPDGEAY TLASRPPVRL NDVMLRLVTE LRWQKFVMFY DSEYDIRGLQ S FLDQASRL ...文字列:
DSIIHIGAIF EENAAKDDRV FQLAVSDLSL NDDILQSEKI TYSIKVIEAN NPFQAVQEAC DLMTQGILAL VTSTGCASAN ALQSLTDAM HIPHLFVQRN PGGSPRTACH LNPSPDGEAY TLASRPPVRL NDVMLRLVTE LRWQKFVMFY DSEYDIRGLQ S FLDQASRL GLDVSLQKVD KNISHVFTSL FTTMKTEELN RYRDTLRRAI LLLSPQGAHS FINEAVETNL ASKDSHWVFV NE EISDPEI LDLVHSALGR MTVVRQIFPS AKDNQKCMRN NHRISSLLCD PQEGYLQMLQ ISNLYLYDSV LMLANAFHRK LED RKWHSM ASLNCIRKST KPWNGGRSML DTIKKGHITG LTGVMEFRED SSNPYVQFEI LGTTYSETFG KDMRKLATWD SEKG LNGSL QERPMGSRLQ GLTLKVVTVL EEPFVMVAEN ILGQPKRYKG FSIDVLDALA KALGFKYEIY QAPDGRYGHQ LHNTS WNGM IGELISKRAD LAISAITITP ERESVVDFSK RYMDYSVGIL IKKPEEKISI FSLFAPFDFA VWACIAAAIP VVGVLI FVL NRIQAVRSQS ATQPRPSASA TLHSAIWIVY GAFVQQGGES SVNSVAMRIV MGSWWLFTLI VCSSYTANLA AFLTVSR MD SPVRTFQDLS KQLEMSYGTV RDSAVYEYFR AKGTNPLEQD STFAELWRTI SKNGGADNCV SNPSEGIRKA KKGNYAFL W DVAVVEYAAL TDDDCSVTVI GNSISSKGYG IALQHGSPYR DLFSQRILEL QDTGDLDVLK QKWWPHTGRC DLTSHSSAQ TDGKSLKLHS FAGVFCILAI GLLLACLVAA LELWWNSNRC HQETPKEDKE VGLVPR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris, 150mM NaCl, 0.75mM DDM, 0.025mM CHS
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-40 / 実像数: 4120 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 40.38 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2000
詳細: Particles were picked manually, which were used as reference for autopicking.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. v1.06) / ソフトウェア - 詳細: Gctf
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.9.0)
最終 3次元分類クラス数: 7 / 平均メンバー数/クラス: 11000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.9.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.9.0) / ソフトウェア - 詳細: local refinement
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.9.0) / 使用した粒子像数: 13422

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6kss:
Rat GluD1 receptor(compact conformation) in complex with 7-CKA and Calcium ions

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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