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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0592 | |||||||||
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タイトル | Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression Hfq-Crc-amiE 2:4:2 complex | |||||||||
マップデータ | Locally sharpened Cryo-EM map of a Hfq-Crc-amiE assembly with stoichiometry 2:4:2, respectively. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Hfq / Crc / amiE / Carbon catabolite repression / RNA-protein interaction / RNA-mediated gene regulation / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-HYDROLASE complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / quorum sensing / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of translation / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding ...regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / quorum sensing / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of translation / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Pei XY / Dendooven T | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression. 著者: Xue Yuan Pei / Tom Dendooven / Elisabeth Sonnleitner / Shaoxia Chen / Udo Bläsi / Ben F Luisi / 要旨: In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation ...In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation of target transcripts by forming a regulatory complex with the catabolite repression protein Crc. This repressive complex acts as part of an intricate mechanism of preferred nutrient utilisation. We describe high-resolution cryo-EM structures of the assembly of Hfq and Crc bound to the translation initiation site of a target mRNA. The core of the assembly is formed through interactions of two cognate RNAs, two Hfq hexamers and a Crc pair. Additional Crc protomers are recruited to the core to generate higher-order assemblies with demonstrated regulatory activity in vivo. This study reveals how Hfq cooperates with a partner protein to regulate translation, and provides a structural basis for an RNA code that guides global regulators to interact cooperatively and regulate different RNA targets. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0592.map.gz | 11.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0592-v30.xml emd-0592.xml | 23.3 KB 23.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0592_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0592.png | 144.8 KB | ||
マスクデータ | emd_0592_msk_1.map | 26.2 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0592.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_0592_additional.map.gz emd_0592_half_map_1.map.gz emd_0592_half_map_2.map.gz | 24.3 MB 23.3 MB 23.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0592 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0592_validation.pdf.gz | 876 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0592_full_validation.pdf.gz | 875.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0592_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0592_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0592 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally sharpened Cryo-EM map of a Hfq-Crc-amiE assembly with stoichiometry 2:4:2, respectively. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0592_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Globally sharpened Cryo-EM map of a Hfq-Crc-amiE assembly...
ファイル | emd_0592_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Globally sharpened Cryo-EM map of a Hfq-Crc-amiE assembly with stoichiometry 2:4:2, respectively. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_0592_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_0592_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:4:2 stoichiometry
全体 | 名称: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:4:2 stoichiometry |
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要素 |
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-超分子 #1: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:4:2 stoichiometry
超分子 | 名称: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:4:2 stoichiometry / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 252 KDa |
-分子 #1: Catabolite repression control protein
分子 | 名称: Catabolite repression control protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exodeoxyribonuclease III |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 30.101869 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPAMRIISVN VNGIQAAAER GLLSWLQAQN ADVICLQDTR ASAFDLDDPS FQLDGYFLYA CDAELPEQGG VALYSRLQPK AVISGLGFE TADRYGRYLQ ADFDKVSIAT LLLPSGQSGD ESLNQKFKFM DDFTHYLSKQ RRKRREYIYC GSLYVAHQKM D VKNWRECQ ...文字列: GPAMRIISVN VNGIQAAAER GLLSWLQAQN ADVICLQDTR ASAFDLDDPS FQLDGYFLYA CDAELPEQGG VALYSRLQPK AVISGLGFE TADRYGRYLQ ADFDKVSIAT LLLPSGQSGD ESLNQKFKFM DDFTHYLSKQ RRKRREYIYC GSLYVAHQKM D VKNWRECQ QMPGFLAPER AWLDEVFGNL GYADALREVS REGDQFSWWP DSEQAEMLNL GWRFDYQVLT PGLRRFVRNA KL PRQPRFS QHAPLIVDYD WQLSI UniProtKB: Catabolite repression control protein |
-分子 #2: RNA-binding protein Hfq
分子 | 名称: RNA-binding protein Hfq / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 |
分子量 | 理論値: 7.685984 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: HSLQDPYLNT LRKERVPVSI YLVNGIKLQG QIESFDQFVI LLKNTVSQMV YKHAISTVVP SRPVRLP UniProtKB: RNA-binding protein Hfq |
-分子 #3: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3') タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 5.85766 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAUAACA ACAAGAGG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K | ||||||||||||
詳細 | Monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 917 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 28.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-counting mode, 75 frames per movie stack, 60s exposure per movie |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 130841 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.003 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.00125 µm / 倍率(公称値): 125000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation | ||||||
得られたモデル | PDB-6o1m: |