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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0521 | |||||||||
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タイトル | SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP8 co-factor | |||||||||
マップデータ | SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP8 co-factor, merged full map | |||||||||
試料 |
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キーワード | coronavirus / polymerase / non-structural protein / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription / viral genome replication / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) / Human SARS coronavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kirchdoerfer RN / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to nsp7 and nsp8 co-factors. 著者: Robert N Kirchdoerfer / Andrew B Ward / 要旨: Recent history is punctuated by the emergence of highly pathogenic coronaviruses such as SARS- and MERS-CoV into human circulation. Upon infecting host cells, coronaviruses assemble a multi-subunit ...Recent history is punctuated by the emergence of highly pathogenic coronaviruses such as SARS- and MERS-CoV into human circulation. Upon infecting host cells, coronaviruses assemble a multi-subunit RNA-synthesis complex of viral non-structural proteins (nsp) responsible for the replication and transcription of the viral genome. Here, we present the 3.1 Å resolution structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to its essential co-factors, nsp7 and nsp8, using single particle cryo-electron microscopy. nsp12 possesses an architecture common to all viral polymerases as well as a large N-terminal extension containing a kinase-like fold and is bound by two nsp8 co-factors. This structure illuminates the assembly of the coronavirus core RNA-synthesis machinery, provides key insights into nsp12 polymerase catalysis and fidelity and acts as a template for the design of novel antiviral therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0521.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0521-v30.xml emd-0521.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0521_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0521.png | 114.3 KB | ||
マスクデータ | emd_0521_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0521.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_0521_half_map_1.map.gz emd_0521_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0521 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0521 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0521_validation.pdf.gz | 942 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0521_full_validation.pdf.gz | 941.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0521_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0521_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0521 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0521 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP8 co-factor, merged full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0521_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP8 co-factor, first half map
ファイル | emd_0521_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP8 co-factor, first half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP8 co-factor, second half map
ファイル | emd_0521_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP8 co-factor, second half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors
全体 | 名称: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors
超分子 | 名称: SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7 and NSP8 co-factors タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: NSP12
分子 | 名称: NSP12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human SARS coronavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 109.277031 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSADASTFL NRVCGVSAAR LTPCGTGTST DVVYRAFDIY NEKVAGFAKF LKTNCCRFQE KDEEGNLLDS YFVVKRHTMS NYQHEETIY NLVKDCPAVA VHDFFKFRVD GDMVPHISRQ RLTKYTMADL VYALRHFDEG NCDTLKEILV TYNCCDDDYF N KKDWYDFV ...文字列: MGSADASTFL NRVCGVSAAR LTPCGTGTST DVVYRAFDIY NEKVAGFAKF LKTNCCRFQE KDEEGNLLDS YFVVKRHTMS NYQHEETIY NLVKDCPAVA VHDFFKFRVD GDMVPHISRQ RLTKYTMADL VYALRHFDEG NCDTLKEILV TYNCCDDDYF N KKDWYDFV ENPDILRVYA NLGERVRQSL LKTVQFCDAM RDAGIVGVLT LDNQDLNGNW YDFGDFVQVA PGCGVPIVDS YY SLLMPIL TLTRALAAES HMDADLAKPL IKWDLLKYDF TEERLCLFDR YFKYWDQTYH PNCINCLDDR CILHCANFNV LFS TVFPPT SFGPLVRKIF VDGVPFVVST GYHFRELGVV HNQDVNLHSS RLSFKELLVY AADPAMHAAS GNLLLDKRTT CFSV AALTN NVAFQTVKPG NFNKDFYDFA VSKGFFKEGS SVELKHFFFA QDGNAAISDY DYYRYNLPTM CDIRQLLFVV EVVDK YFDC YDGGCINANQ VIVNNLDKSA GFPFNKWGKA RLYYDSMSYE DQDALFAYTK RNVIPTITQM NLKYAISAKN RARTVA GVS ICSTMTNRQF HQKLLKSIAA TRGATVVIGT SKFYGGWHNM LKTVYSDVET PHLMGWDYPK CDRAMPNMLR IMASLVL AR KHNTCCNLSH RFYRLANECA QVLSEMVMCG GSLYVKPGGT SSGDATTAYA NSVFNICQAV TANVNALLST DGNKIADK Y VRNLQHRLYE CLYRNRDVDH EFVDEFYAYL RKHFSMMILS DDAVVCYNSN YAAQGLVASI KNFKAVLYYQ NNVFMSEAK CWTETDLTKG PHEFCSQHTM LVKQGDDYVY LPYPDPSRIL GAGCFVDDIV KTDGTLMIER FVSLAIDAYP LTKHPNQEYA DVFHLYLQY IRKLHDELTG HMLDMYSVML TNDNTSRYWE PEFYEAMYTP HTVLLVPRGS GHHHHHHAWS HPQFEK UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab |
-分子 #2: NSP8
分子 | 名称: NSP8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human SARS coronavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.88799 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: AIASEFSSLP SYAAYATAQE AYEQAVANGD SEVVLKKLKK SLNVAKSEFD RDAAMQRKLE KMADQAMTQM YKQARSEDKR AKVTSAMQT MLFTMLRKLD NDALNNIINN ARDGCVPLNI IPLTTAAKLM VVVPDYGTYK NTCDGNTFTY ASALWEIQQV V DADSKIVQ ...文字列: AIASEFSSLP SYAAYATAQE AYEQAVANGD SEVVLKKLKK SLNVAKSEFD RDAAMQRKLE KMADQAMTQM YKQARSEDKR AKVTSAMQT MLFTMLRKLD NDALNNIINN ARDGCVPLNI IPLTTAAKLM VVVPDYGTYK NTCDGNTFTY ASALWEIQQV V DADSKIVQ LSEINMDNSP NLAWPLIVTA LRANSAVKLQ UniProtKB: Replicase polyprotein 1a |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.1 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside was added just prior to spotting samples onto holey EM grids. | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-47 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1677 / 平均露光時間: 11.75 sec. / 平均電子線量: 50.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.4 µm / 倍率(補正後): 43478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-6nus: |