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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0470 | |||||||||
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タイトル | Structure of NKCC1 TM domain | |||||||||
マップデータ | Transmembrane domain of membrane protein | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / sodium ion homeostasis / ear development / ammonium transmembrane transport / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis ...swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / sodium ion homeostasis / ear development / ammonium transmembrane transport / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / inner ear morphogenesis / potassium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Feng L / Liao MF / Orlando B / Zhang JR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structure and mechanism of the cation-chloride cotransporter NKCC1. 著者: Thomas A Chew / Benjamin J Orlando / Jinru Zhang / Naomi R Latorraca / Amy Wang / Scott A Hollingsworth / Dong-Hua Chen / Ron O Dror / Maofu Liao / Liang Feng / 要旨: Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ...Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ion absorption and secretion across epithelia, and maintaining intracellular chloride homeostasis. These transporters are primary targets for some of the most commonly prescribed drugs. Here we determined the cryo-electron microscopy structure of the Na-K-Cl cotransporter NKCC1, an extensively studied member of the CCC family, from Danio rerio. The structure defines the architecture of this protein family and reveals how cytosolic and transmembrane domains are strategically positioned for communication. Structural analyses, functional characterizations and computational studies reveal the ion-translocation pathway, ion-binding sites and key residues for transport activity. These results provide insights into ion selectivity, coupling and translocation, and establish a framework for understanding the physiological functions of CCCs and interpreting disease-related mutations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0470.map.gz | 37.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0470-v30.xml emd-0470.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0470_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0470.png | 110.2 KB | ||
その他 | emd_0470_additional.map.gz | 29.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0470 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0470 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0470_validation.pdf.gz | 505.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0470_full_validation.pdf.gz | 504.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0470_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0470_validation.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0470 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0470 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0470.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Transmembrane domain of membrane protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Transmembrane domain of membrane protein
ファイル | emd_0470_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Transmembrane domain of membrane protein | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : co-transporter transmembrane domain
全体 | 名称: co-transporter transmembrane domain |
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要素 |
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-超分子 #1: co-transporter transmembrane domain
超分子 | 名称: co-transporter transmembrane domain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Solute carrier family 12 (sodium/potassium/chloride transporter),...
分子 | 名称: Solute carrier family 12 (sodium/potassium/chloride transporter), member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 50.618133 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: KFGWIKGVLV RCMLNIWGVM LFIRMTWIVG QAGIAYSCII VIMATVVTTI TGCSTSAIAT NGFVRGGGAY YLISRSLGPE FGGSIGLIF AFANAVAVAM YVVGFAETVV ELLMDSGLLM IDQTNDIRVI GTITVILLLG ISVAGMEWEA KAQIFLLVIL I TAIFNYFI ...文字列: KFGWIKGVLV RCMLNIWGVM LFIRMTWIVG QAGIAYSCII VIMATVVTTI TGCSTSAIAT NGFVRGGGAY YLISRSLGPE FGGSIGLIF AFANAVAVAM YVVGFAETVV ELLMDSGLLM IDQTNDIRVI GTITVILLLG ISVAGMEWEA KAQIFLLVIL I TAIFNYFI GSFIAVDSKK KFGFFSYDAG ILAENFGPDF RGQTFFSVFS IFFPAATGIL AGANISGDLA DPQMAIPKGT LL AILITGL VYVGVAISAG ACIVRDATGI ESNFTLISNC TDAACKYGYD FSSCRPTVEG EVSSCKFGLH NDFQVMSVVS GFS PLISAG IFSATLSSAL ASLVSAPKVF QALCKDNIYP GIAIFGKGYG KNNEPLRGYF LTFGIALAFI LIAELNVIAP IISN FFLAS YALINFSVFH ASLANSPGWR PSFKYYNMWA SLAGAILCCV VMFIINWWAA LLTNVIVLSL YIYVSYK |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #4: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7.9 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 96 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 63659 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6nph: |