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- EMDB-0326: Aeromonas hydrophila ExeD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0326
タイトルAeromonas hydrophila ExeD
マップデータExeD 3D reconstruction
試料
  • 複合体: ExeD
    • タンパク質・ペプチド: Type II secretion system protein D
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Contreras-Martel C / Farias Estrozi L
資金援助 フランス, カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-02 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-49-01 フランス
Natural Sciences and Engineering Research Council (Canada) カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019
タイトル: Structure and assembly of pilotin-dependent and -independent secretins of the type II secretion system.
著者: S Peter Howard / Leandro F Estrozi / Quentin Bertrand / Carlos Contreras-Martel / Timothy Strozen / Viviana Job / Alexandre Martins / Daphna Fenel / Guy Schoehn / Andréa Dessen /
要旨: The type II secretion system (T2SS) is a cell envelope-spanning macromolecular complex that is prevalent in Gram-negative bacterial species. It serves as the predominant virulence mechanism of many ...The type II secretion system (T2SS) is a cell envelope-spanning macromolecular complex that is prevalent in Gram-negative bacterial species. It serves as the predominant virulence mechanism of many bacteria including those of the emerging human pathogens Vibrio vulnificus and Aeromonas hydrophila. The system is composed of a core set of highly conserved proteins that assemble an inner membrane platform, a periplasmic pseudopilus and an outer membrane complex termed the secretin. Localization and assembly of secretins in the outer membrane requires recognition of secretin monomers by two different partner systems: an inner membrane accessory complex or a highly sequence-diverse outer membrane lipoprotein, termed the pilotin. In this study, we addressed the question of differential secretin assembly mechanisms by using cryo-electron microscopy to determine the structures of the secretins from A. hydrophila (pilotin-independent ExeD) and V. vulnificus (pilotin-dependent EpsD). These structures, at approximately 3.5 Å resolution, reveal pentadecameric stoichiometries and C-terminal regions that carry a signature motif in the case of a pilotin-dependent assembly mechanism. We solved the crystal structure of the V. vulnificus EpsS pilotin and confirmed the importance of the signature motif for pilotin-dependent secretin assembly by performing modelling with the C-terminus of EpsD. We also show that secretin assembly is essential for membrane integrity and toxin secretion in V. vulnificus and establish that EpsD requires the coordinated activity of both the accessory complex EpsAB and the pilotin EpsS for full assembly and T2SS function. In contrast, mutation of the region of the S-domain that is normally the site of pilotin interactions has little effect on assembly or function of the ExeD secretin. Since secretins are essential outer membrane channels present in a variety of secretion systems, these results provide a structural and functional basis for understanding the key assembly steps for different members of this vast pore-forming family of proteins.
履歴
登録2018年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月10日-
マップ公開2019年4月10日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04595
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04595
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6i1x
  • 表面レベル: 0.04595
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0326.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0326.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ExeD 3D reconstruction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04595 / ムービー #1: 0.04595
最小 - 最大-0.1631512 - 0.29502004
平均 (標準偏差)0.0014177694 (±0.009189985)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-125-125-125
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 302.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.211.211.21
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.500302.500302.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-125-125-125
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.1630.2950.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0326_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ExeD

全体名称: ExeD
要素
  • 複合体: ExeD
    • タンパク質・ペプチド: Type II secretion system protein D

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超分子 #1: ExeD

超分子名称: ExeD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aeromonas hydrophila (バクテリア)
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: Type II secretion system protein D

分子名称: Type II secretion system protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aeromonas hydrophila (バクテリア)
分子量理論値: 55.618422 KDa
組換発現生物種: Cell-free gateway cloning vector N-term 8xHis pCellFree_G01 (その他)
配列文字列: GDEMVTRVVP VRNVSVRELA PLLRQLNDNA GGGNVVHYDP SNVLLITGRA AVVNRLVEVV RRVDKAGDQE VDIIKLKYAS AGEMVRLVT NLNKDGNSQG GNTSLLLAPK VVADERTNSV VVSGEPKARA RIIQMVRQLD RELQSQGNTR VFYLKYGKAK D MVEVLKGV ...文字列:
GDEMVTRVVP VRNVSVRELA PLLRQLNDNA GGGNVVHYDP SNVLLITGRA AVVNRLVEVV RRVDKAGDQE VDIIKLKYAS AGEMVRLVT NLNKDGNSQG GNTSLLLAPK VVADERTNSV VVSGEPKARA RIIQMVRQLD RELQSQGNTR VFYLKYGKAK D MVEVLKGV SSSIEADKKG GGTATTAGGG ASIGGGKLAI SADETTNALV ITAQPDVMAE LEQVVAKLDI RRAQVLVEAI IV EIADGDG LNLGVQWANT NGGGTQFTNA GPGIGSVAIA AKDYKDNGTT TGLAKLAENF NGMAAGFYQG NWAMLVTALS TNT KSDILS TPSIVTMDNK EASFNVGQEV PVQTGTQNST SGDTTFSTIE RKTVGTKLVL TPQINEGDSV LLTIEQEVSS VGKQ ATGTD GLGPTFDTRT VKNAVLVKSG ETVVLGGLMD EQTKEEVSKV PLLGDIPVLG YLFRSTSNNT SKRNLMVFIR PTILR DANV YSGISSNKYT LFRAQQLDAV AQEGYATSPD RQVLPEYGQD

UniProtKB: Secretin ExeD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 2247 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 41322 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Image processing performed with motioncor2, Gctf, EMAN and Relion.
粒子像選択選択した数: 272432
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model by using: http://rico.ibs.fr
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 51960
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 詳細: Ab-initio model by using: http://rico.ibs.fr
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5wq7


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Coot and buccaneer for model building and refmac5 for refinement (CCPEM-1.1.0 suite).
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 182
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6i1x:
Aeromonas hydrophila ExeD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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