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- EMDB-0237: Structure of full-length Influenza Hemagglutinin with tilted tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0237
タイトルStructure of full-length Influenza Hemagglutinin with tilted transmembrane (A/duck/Alberta/35/76[H1N1])
マップデータSharpened Map of full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin exhibiting high tilt in the transmembrane region
試料
  • 複合体: A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin Ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードInfluenza virus / Hemagglutinin / Membrane protein / Membrane fusion / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (strain A/Duck/Alberta/35/1976 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Benton DJ / Rosenthal PB
資金援助 英国, 7件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKFC001078 英国
Cancer Research UKFC001143 英国
Medical Research Council (United Kingdom)FC001078 英国
Medical Research Council (United Kingdom)FC001143 英国
Wellcome TrustFC001078 英国
Wellcome TrustFC001143 英国
European Research Council629829 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Influenza hemagglutinin membrane anchor.
著者: Donald J Benton / Andrea Nans / Lesley J Calder / Jack Turner / Ursula Neu / Yi Pu Lin / Esther Ketelaars / Nicole L Kallewaard / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Steven J Gamblin / ...著者: Donald J Benton / Andrea Nans / Lesley J Calder / Jack Turner / Ursula Neu / Yi Pu Lin / Esther Ketelaars / Nicole L Kallewaard / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Steven J Gamblin / Peter B Rosenthal / John J Skehel /
要旨: Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the ...Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the hemagglutinin (HA), the 3D structure of which is known from X-ray crystallographic studies. The soluble ectodomain fragments used in these studies lacked the "membrane anchor" portion of the molecule. Since this region has a role in membrane fusion, we have determined its structure by analyzing the intact, full-length molecule in a detergent micelle, using cryo-EM. We have also compared the structures of full-length HA-detergent micelles with full-length HA-Fab complex detergent micelles, to describe an infectivity-neutralizing monoclonal Fab that binds near the ectodomain membrane anchor junction. We determine a high-resolution HA structure which compares favorably in detail with the structure of the ectodomain seen by X-ray crystallography; we detect, clearly, all five carbohydrate side chains of HA; and we find that the ectodomain is joined to the membrane anchor by flexible, eight-residue-long, linkers. The linkers extend into the detergent micelle to join a central triple-helical structure that is a major component of the membrane anchor.
履歴
登録2018年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月26日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hjr
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0237.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0237.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened Map of full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin exhibiting high tilt in the transmembrane region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 551.936 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 551.936 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 551.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.078 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-2.0742927 - 5.8188252
平均 (標準偏差)-0.0011066637 (±0.20456214)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 551.936 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0781.0781.078
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z551.936551.936551.936
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-2.0745.819-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0237_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened Map of full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin exhibiting high...

ファイルemd_0237_additional.map
注釈Unsharpened Map of full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin exhibiting high tilt in the transmembrane region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 of full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin exhibiting high...

ファイルemd_0237_half_map_1.map
注釈Half-map 2 of full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin exhibiting high tilt in the transmembrane region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 of full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin exhibiting high...

ファイルemd_0237_half_map_2.map
注釈Half-map 1 of full-length A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin exhibiting high tilt in the transmembrane region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin Ectodomain

全体名称: A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin Ectodomain
要素
  • 複合体: A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin Ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin Ectodomain

超分子名称: A/duck/Alberta/35/76 Hemagglutinin Ectodomain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Duck/Alberta/35/1976 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 170 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Duck/Alberta/35/1976 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 35.571695 KDa
配列文字列: DTICVGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCSLNGIAPL QLGKCNVAGW LLGNPECDLL LTANSWSYII ETSNSENGT CYPGEFIDYE ELREQLSSVS SFEKFEIFPK ASSWPNHETT KGVTAACSYS GASSFYRNLL WITKKGTSYP K LSKSYTNN ...文字列:
DTICVGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCSLNGIAPL QLGKCNVAGW LLGNPECDLL LTANSWSYII ETSNSENGT CYPGEFIDYE ELREQLSSVS SFEKFEIFPK ASSWPNHETT KGVTAACSYS GASSFYRNLL WITKKGTSYP K LSKSYTNN KGKEVLVLWG VHHPPSVSEQ QSLYQNADAY VSVGSSKYNR RFAPEIAARP KVRGQAGRMN YYWTLLDQGD TI TFEATGN LIAPWYAFAL NKGSDSGIIT SDAPVHNCDT RCQTPHGALN SSLPFQNVHP ITIGECPKYV KSTKLRMATG LRN VPS

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Duck/Alberta/35/1976 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 23.064623 KDa
配列文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMIDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAIDGITS KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NNLERRIENL NKKVDDGFL DVWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVRNLY EKVKSQLRNN AKEIGNGCFE FYHKCDDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMIDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAIDGITS KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NNLERRIENL NKKVDDGFL DVWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVRNLY EKVKSQLRNN AKEIGNGCFE FYHKCDDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREEIDGVKL ESMGVYQILA IYSTVASSLV LLVSW

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
25.0 mMTris
150.0 mMNaCl
1.0 mMTCEP
0.01 % (w/v)Azide
0.01 % (w/v)LMNG
0.1 % (w/v)octyl-b-glucoside
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41043
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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