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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0142 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to viral genomic 5-prime RNA hexamers. | |||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to viral genomic 5%u2019 RNA hexamers. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Measles / Nucleocapsid / RNA / helical / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Measles virus (ウイルス) / synthetic construct (人工物) / Measles morbillivirus (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Desfosses A / Milles S | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Assembly and cryo-EM structures of RNA-specific measles virus nucleocapsids provide mechanistic insight into paramyxoviral replication. 著者: Ambroise Desfosses / Sigrid Milles / Malene Ringkjøbing Jensen / Serafima Guseva / Jacques-Philippe Colletier / Damien Maurin / Guy Schoehn / Irina Gutsche / Rob W H Ruigrok / Martin Blackledge / 要旨: Assembly of paramyxoviral nucleocapsids on the RNA genome is an essential step in the viral cycle. The structural basis of this process has remained obscure due to the inability to control ...Assembly of paramyxoviral nucleocapsids on the RNA genome is an essential step in the viral cycle. The structural basis of this process has remained obscure due to the inability to control encapsidation. We used a recently developed approach to assemble measles virus nucleocapsid-like particles on specific sequences of RNA hexamers (poly-Adenine and viral genomic 5') in vitro, and determined their cryoelectron microscopy maps to 3.3-Å resolution. The structures unambiguously determine 5' and 3' binding sites and thereby the binding-register of viral genomic RNA within nucleocapsids. This observation reveals that the 3' end of the genome is largely exposed in fully assembled measles nucleocapsids. In particular, the final three nucleotides of the genome are rendered accessible to the RNA-dependent RNA polymerase complex, possibly enabling efficient RNA processing. The structures also reveal local and global conformational changes in the nucleoprotein upon assembly, in particular involving helix α6 and helix α13 that form edges of the RNA binding groove. Disorder is observed in the bound RNA, localized at one of the two backbone conformational switch sites. The high-resolution structure allowed us to identify putative nucleobase interaction sites in the RNA-binding groove, whose impact on assembly kinetics was measured using real-time NMR. Mutation of one of these sites, R195, whose sidechain stabilizes both backbone and base of a bound nucleic acid, is thereby shown to be essential for nucleocapsid-like particle assembly. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0142.map.gz | 23.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0142-v30.xml emd-0142.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0142.png | 161.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0142.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0142 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0142_validation.pdf.gz | 273 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0142_full_validation.pdf.gz | 272.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0142_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0142 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to viral genomic 5%u2019 RNA hexamers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.816 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocaps...
全体 | 名称: Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to viral genomic 5-prime RNA hexamers. |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocaps...
超分子 | 名称: Cryo-EM map of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to viral genomic 5-prime RNA hexamers. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Measles virus N
超分子 | 名称: Measles virus N / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Measles virus (ウイルス) |
-超分子 #3: 5-prime RNA
超分子 | 名称: 5-prime RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: Nucleocapsid
分子 | 名称: Nucleocapsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Measles morbillivirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 46.425863 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MATLLRSLAL FKRNKDKPPI TSGSGGAIRG IKHIIIVPIP GDSSITTRSR LLDRLVRLIG NPDVSGPKLT GALIGILSLF VESPGQLIQ RITDDPDVSI RLLEVVQSDQ SQSGLTFASR GTNMEDEADQ YFSHDDPISS DQSRFGWFEN KEISDIEVQD P EGFNMILG ...文字列: MATLLRSLAL FKRNKDKPPI TSGSGGAIRG IKHIIIVPIP GDSSITTRSR LLDRLVRLIG NPDVSGPKLT GALIGILSLF VESPGQLIQ RITDDPDVSI RLLEVVQSDQ SQSGLTFASR GTNMEDEADQ YFSHDDPISS DQSRFGWFEN KEISDIEVQD P EGFNMILG TILAQIWVLL AKAVTAPDTA ADSELRRWIK YTQQRRVVGE FRLERKWLDV VRNRIAEDLS LRRFMVALIL DI KRTPGNK PRIAEMICDI DTYIVEAGLA SFILTIKFGI ETMYPALGLH EFAGELSTLE SLMNLYQQMG ETAPYMVILE NSI QNKFSA GSYPLLWSYA MGVGVELENS MGGLNFGRSY FDPAYFRLGQ EMVRRSAGKV SSTLASELGI TAEDARLVSE IAMH TTEDK VEHHHHHHHH UniProtKB: Nucleocapsid |
-分子 #2: RNA (5'-R(*AP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*AP*CP*CP*AP*GP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 1.898229 KDa |
配列 | 文字列: ACCAGA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 / 詳細: 50 mM Na-phosphate pH 6, 150 mM NaCl, 2 mM DTT |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.934877693 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -29.15924186 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102353 |
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初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |