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- EMDB-0051: Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0051
タイトルCore Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10
マップデータReconstruction of the CBF3CCdeltaN (Core complex of CBF3 comprising the homodimer of Cep3deltaN and the heterodimer of Skp1-Ctf13) in complex with domains 1-2 of Ndc10
試料
  • 複合体: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Suppressor of kinetochore protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A
キーワードCentromere / CDEIII-binding / LRR domain / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / mitotic spindle elongation / centromeric DNA binding ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / mitotic spindle elongation / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / vacuolar acidification / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / protein neddylation / regulation of metabolic process / mitochondrial fusion / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / spindle pole body / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA binding, bending / exit from mitosis / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Orc1 removal from chromatin / DNA replication origin binding / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / regulation of protein-containing complex assembly / subtelomeric heterochromatin formation / endomembrane system / spindle midzone / negative regulation of cytoplasmic translation / regulation of mitotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ndc10 N-terminal domain / Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / : / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B ...: / Ndc10 N-terminal domain / Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / : / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Integrase/recombinase, N-terminal / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Suppressor of kinetochore protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zhang WJ / Lukoynova N
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J007595/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Insights into Centromere DNA Bending Revealed by the Cryo-EM Structure of the Core Centromere Binding Factor 3 with Ndc10.
著者: Wenjuan Zhang / Natalya Lukoyanova / Shomon Miah / Jonathan Lucas / Cara K Vaughan /
要旨: The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the ...The centromere binding factor 3 (CBF3) complex binds the third centromere DNA element in organisms with point centromeres, such as S. cerevisiae. It is an essential complex for assembly of the kinetochore in these organisms, as it facilitates genetic centromere specification and allows association of all other kinetochore components. We determined high-resolution structures of the core complex of CBF3 alone and in association with a monomeric construct of Ndc10, using cryoelectron microscopy (cryo-EM). We identify the DNA-binding site of the complex and present a model in which CBF3 induces a tight bend in centromeric DNA, thus facilitating assembly of the centromeric nucleosome.
履歴
登録2018年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月4日-
マップ公開2018年8月1日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0051.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0051.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the CBF3CCdeltaN (Core complex of CBF3 comprising the homodimer of Cep3deltaN and the heterodimer of Skp1-Ctf13) in complex with domains 1-2 of Ndc10
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0174
最小 - 最大-0.02745911 - 0.09228461
平均 (標準偏差)0.00013709656 (±0.0042895144)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2

全体名称: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2
要素
  • 複合体: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Suppressor of kinetochore protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A

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超分子 #1: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2

超分子名称: Core CBF3 in complex with Ndc10 D1-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The truncated CBF3 complex, recombinantly expressed in Saccharomyces cerevisiae. It comprises a Cep3 homodimer, in which the binuclear zinc cluster domains are truncated, full length ...詳細: The truncated CBF3 complex, recombinantly expressed in Saccharomyces cerevisiae. It comprises a Cep3 homodimer, in which the binuclear zinc cluster domains are truncated, full length heterodimer of Skp1 and Ctf13, and a monomeric construct Ndc10 comprising domains 1-2.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 286 KDa

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分子 #1: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

分子名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: N-terminal polyhistidine purification tagTruncation of the binuclear zinc cluster domain
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 68.454125 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGGSSHHHHH HSSGLVPRGS HMKLITASSS KEYLPDLLLF WQNYEYWITN IGLYKTKQRD LTRTPANLDT DTEECMFWMN YLQKDQSFQ LMNFAMENLG ALYFGSIGDI SELYLRVEQY WDRRADKNHS VDGKYWDALI WSVFTMCIYY MPVEKLAEIF S VYPLHEYL ...文字列:
MGGSSHHHHH HSSGLVPRGS HMKLITASSS KEYLPDLLLF WQNYEYWITN IGLYKTKQRD LTRTPANLDT DTEECMFWMN YLQKDQSFQ LMNFAMENLG ALYFGSIGDI SELYLRVEQY WDRRADKNHS VDGKYWDALI WSVFTMCIYY MPVEKLAEIF S VYPLHEYL GSNKRLNWED GMQLVMCQNF ARCSLFQLKQ CDFMAHPDIR LVQAYLILAT TTFPYDEPLL ANSLLTQCIH TF KNFHVDD FRPLLNDDPV ESIAKVTLGR IFYRLCGCDY LQSGPRKPIA LHTEVSSLLQ HAAYLQDLPN VDVYREENST EVL YWKIIS LDRDLDQYLN KSSKPPLKTL DAIRRELDIF QYKVDSLEED FRSNNSRFQK FIALFQISTV SWKLFKMYLI YYDT ADSLL KVIHYSKVII SLIVNNFHAK SEFFNRHPMV MQTITRVVSF ISFYQIFVES AAVKQLLVDL TELTANLPTI FGSKL DKLV YLTERLSKLK LLWDKVQLLD SGDSFYHPVF KILQNDIKII ELKNDEMFSL IKGLGSLVPL NKLRQESLLE EEDENN TEP SDFRTIVEEF QSEYNISDIL S

UniProtKB: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

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分子 #2: Suppressor of kinetochore protein 1

分子名称: Suppressor of kinetochore protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.558451 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGVTSNVVLV SGEGERFTVD KKIAERSLLL KNYLNDMHDS NLQNNSDSES DSDSETNHKS KDNNNGDDDD EDDDEIVMPV PNVRSSVLQ KVIEWAEHHR DSNFPDEDDD DSRKSAPVDS WDREFLKVDQ EMLYEIILAA NYLNIKPLLD AGCKVVAEMI R GRSPEEIR ...文字列:
MGVTSNVVLV SGEGERFTVD KKIAERSLLL KNYLNDMHDS NLQNNSDSES DSDSETNHKS KDNNNGDDDD EDDDEIVMPV PNVRSSVLQ KVIEWAEHHR DSNFPDEDDD DSRKSAPVDS WDREFLKVDQ EMLYEIILAA NYLNIKPLLD AGCKVVAEMI R GRSPEEIR RTFNIVNDFT PEEEAAIRRE NEWAEDRGS

UniProtKB: Suppressor of kinetochore protein 1

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分子 #3: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

分子名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: C-terminal CBP purification tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 60.899961 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGPSFNPVRF LELPIDIRKE VYFHLDGNFC GAHPYPIDIL YKSNDVELPG KPSYKRSKRS KKLLRYMYPV FATYLNIFEY SPQLIEKWL EYAFWLRYDC LVLDCFKVNH LYDGTLIDAL EWTYLDNELR LAYFNKASML EVWYTFKEYK KWVIDSVAFD E LDLLNVSN ...文字列:
MGPSFNPVRF LELPIDIRKE VYFHLDGNFC GAHPYPIDIL YKSNDVELPG KPSYKRSKRS KKLLRYMYPV FATYLNIFEY SPQLIEKWL EYAFWLRYDC LVLDCFKVNH LYDGTLIDAL EWTYLDNELR LAYFNKASML EVWYTFKEYK KWVIDSVAFD E LDLLNVSN IQFNIDNLTP QLVDKCLSIL EQKDLFATIG EVQFGQDEEV GEEKDVDVSG ANSDENSSPS STIKNKKRSA SK RSHSDNG NVGATHNQLT SISVIRTIRS MESMKSLRKI TVRGEKLYEL LINFHGFRDN PGKTISYIVK RRINEIRLSR MNQ ISRTGL ADFTRWDNLQ KLVLSRVAYI DLNSIVFPKN FKSLTMKRVS KIKWWNIEEN ILKELKVDKR TFKSLYIKED DSKF TKFFN LRHTRIKELD KSEINQITYL RCQAIVWLSF RTLNHIKLQN VSEVFNNIIV PRALFDSKRV EIYRCEKISQ VLVIG SRSG SENLYFQGSK RRWKKNFIAV SAANRFKKIS SSGAL

UniProtKB: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C

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分子 #4: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A

分子名称: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: Domains 1-2 of Ndc10 with a non-cleavable C-terminal StrepII tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 66.159578 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGRSSILFLL KLMKIMDVQQ QQEAMSSEDR FQELVDSLKP RTAHQYKTYY TKYIQWCQLN QIIPTPEDNS VNSVPYKDLP ISAELIHWF LLDTLITDDK PGEKREETED LDEEEENSFK IATLKKIIGS LNFLSKLCKV HENPNANIDT KYLESVTKLH T HWIDSQKA ...文字列:
MGRSSILFLL KLMKIMDVQQ QQEAMSSEDR FQELVDSLKP RTAHQYKTYY TKYIQWCQLN QIIPTPEDNS VNSVPYKDLP ISAELIHWF LLDTLITDDK PGEKREETED LDEEEENSFK IATLKKIIGS LNFLSKLCKV HENPNANIDT KYLESVTKLH T HWIDSQKA ITTNETNNTN TQVLCPPLLK VSLNLWNPET NHLSEKFFKT CSEKLRFLVD FQLRSYLNLS FEERSKIRFG SL KLGKRDR DAIIYHKVTH SAEKKDTPGH HQLLALLPQD CPFICPQTTL AAYLYLRFYG IPSVSKGDGF PNLNADENGS LLQ DIPILR GKSLTTYPRE ETFSNYYTTV FRYCHLPYKR REYFNKCNLV YPTWDEDTFR TFFNEENHGN WLEQPEAFAF PDKI PFDFK KIMNFKSPYT SYSTNAKKDP FPPPKDLLVQ IFPEIDEYKR HDYEGLSQNS RDFLDLMEVL RERFLSNLPW IYKFF PNHD IFQDPIFGNS DFQSYFNDKT IHSKGSPILS FDILPGFNKI YKNKTNFYSL LIERPSQLTF ASSHNPDTHP WSHPQF EK

UniProtKB: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
15.0 mMTris base
2.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I
詳細The sample is homogeneous and well-dispersed on grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2003 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The selected images were high-pass filtered and normalized.
粒子像選択選択した数: 214608
詳細: Number of particles after selection by 2D classification
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Cryosparc was used to generate a startup model from a smaller dataset collected in-house. This was then low pass filtered to 60 Angstroms
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 56509
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細"Fit in map" function used to place 6FE8 and 4ACO with out further refinement or model building
得られたモデル

PDB-6gsa:
Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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