[日本語] English
万見
- EMDB-0011: Structure of Mycobacterium tuberculosis Fatty Acid Synthase - I -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0011
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis Fatty Acid Synthase - I
マップデータ
試料
  • 複合体: Fatty Acid Synthase - I
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
キーワードFatty Acid Synthesis / Tuberculosis / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase complex / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase ...Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Elad N / Baron S
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of Type-I Mycobacterium tuberculosis fatty acid synthase at 3.3 Å resolution.
著者: Nadav Elad / Szilvia Baron / Yoav Peleg / Shira Albeck / Jacob Grunwald / Gal Raviv / Zippora Shakked / Oren Zimhony / Ron Diskin /
要旨: Tuberculosis (TB) is a devastating and rapidly spreading disease caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Therapy requires prolonged treatment with a combination of multiple agents and ...Tuberculosis (TB) is a devastating and rapidly spreading disease caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Therapy requires prolonged treatment with a combination of multiple agents and interruptions in the treatment regimen result in emergence and spread of multi-drug resistant (MDR) Mtb strains. MDR Mtb poses a significant global health problem, calling for urgent development of novel drugs to combat TB. Here, we report the 3.3 Å resolution structure of the ~2 MDa type-I fatty acid synthase (FAS-I) from Mtb, determined by single particle cryo-EM. Mtb FAS-I is an essential enzymatic complex that contributes to the virulence of Mtb, and thus a prime target for anti-TB drugs. The structural information for Mtb FAS-I we have obtained enables computer-based drug discovery approaches, and the resolution achieved by cryo-EM is sufficient for elucidating inhibition mechanisms by putative small molecular weight inhibitors.
履歴
登録2018年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月23日-
マップ公開2018年9月5日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0011.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.021
最小 - 最大-0.06720291 - 0.15161994
平均 (標準偏差)0.00038904152 (±0.005205547)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 421.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_0011_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_0011_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_0011_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Fatty Acid Synthase - I

全体名称: Fatty Acid Synthase - I
要素
  • 複合体: Fatty Acid Synthase - I
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

-
超分子 #1: Fatty Acid Synthase - I

超分子名称: Fatty Acid Synthase - I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

-
分子 #1: Fatty acid synthase

分子名称: Fatty acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 329.35675 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKWSHPQFE KGGSDYKDDD DKPICTIHEH DRVSADRGGD SPHTTHALVD RLMAGEPYAV AFGGQGSAWL ETLEELVSAT GIETELATL VGEAELLLDP VTDELIVVRP IGFEPLQWVR ALAAEDPVPS DKHLTSAAVS VPGVLLTQIA ATRALARQGM D LVATPPVA ...文字列:
MKKWSHPQFE KGGSDYKDDD DKPICTIHEH DRVSADRGGD SPHTTHALVD RLMAGEPYAV AFGGQGSAWL ETLEELVSAT GIETELATL VGEAELLLDP VTDELIVVRP IGFEPLQWVR ALAAEDPVPS DKHLTSAAVS VPGVLLTQIA ATRALARQGM D LVATPPVA MAGHSQGVLA VEALKAGGAR DVELFALAQL IGAAGTLVAR RRGISVLGDR PPMVSVTNAD PERIGRLLDE FA QDVRTVL PPVLSIRNGR RAVVITGTPE QLSRFELYCR QISEKEEADR KNKVRGGDVF SPVFEPVQVE VGFHTPRLSD GID IVAGWA EKAGLDVALA RELADAILIR KVDWVDEITR VHAAGARWIL DLGPGDILTR LTAPVIRGLG IGIVPAATRG GQRN LFTVG ATPEVARAWS SYAPTVVRLP DGRVKLSTKF TRLTGRSPIL LAGMTPTTVD AKIVAAAANA GHWAELAGGG QVTEE IFGN RIEQMAGLLE PGRTYQFNAL FLDPYLWKLQ VGGKRLVQKA RQSGAAIDGV VISAGIPDLD EAVELIDELG DIGISH VVF KPGTIEQIRS VIRIATEVPT KPVIMHVEGG RAGGHHSWED LDDLLLATYS ELRSRANITV CVGGGIGTPR RAAEYLS GR WAQAYGFPLM PIDGILVGTA AMATKESTTS PSVKRMLVDT QGTDQWISAG KAQGGMASSR SQLGADIHEI DNSASRCG R LLDEVAGDAE AVAERRDEII AAMAKTAKPY FGDVADMTYL QWLRRYVELA IGEGNSTADT ASVGSPWLAD TWRDRFEQM LQRAEARLHP QDFGPIQTLF TDAGLLDNPQ QAIAALLARY PDAETVQLHP ADVPFFVTLC KTLGKPVNFV PVIDQDVRRW WRSDSLWQA HDARYDADAV CIIPGTASVA GITRMDEPVG ELLDRFEQAA IDEVLGAGVE PKDVASRRLG RADVAGPLAV V LDAPDVRW AGRTVTNPVH RIADPAEWQV HDGPENPRAT HSSTGARLQT HGDDVALSVP VSGTWVDIRF TLPANTVDGG TP VIATEDA TSAMRTVLAI AAGVDSPEFL PAVANGTATL TVDWHPERVA DHTGVTATFG EPLAPSLTNV PDALVGPCWP AVF AAIGSA VTDTGEPVVE GLLSLVHLDH AARVVGQLPT VPAQLTVTAT AANATDTDMG RVVPVSVVVT GADGAVIATL EERF AILGR TGSAELADPA RAGGAVSANA TDTPRRRRRD VTITAPVDMR PFAVVSGDHN PIHTDRAAAL LAGLESPIVH GMWLS AAAQ HAVTATDGQA RPPARLVGWT ARFLGMVRPG DEVDFRVERV GIDQGAEIVD VAARVGSDLV MSASARLAAP KTVYAF PGQ GIQHKGMGME VRARSKAARK VWDTADKFTR DTLGFSVLHV VRDNPTSIIA SGVHYHHPDG VLYLTQFTQV AMATVAA AQ VAEMREQGAF VEGAIACGHS VGEYTALACV TGIYQLEALL EMVFHRGSKM HDIVPRDELG RSNYRLAAIR PSQIDLDD A DVPAFVAGIA ESTGEFLEIV NFNLRGSQYA IAGTVRGLEA LEAEVERRRE LTGGRRSFIL VPGIDVPFHS RVLRVGVAE FRRSLDRVMP RDADPDLIIG RYIPNLVPRL FTLDRDFIQE IRDLVPAEPL DEILADYDTW LRERPREMAR TVFIELLAWQ FASPVRWIE TQDLLFIEEA AGGLGVERFV EIGVKSSPTV AGLATNTLKL PEYAHSTVEV LNAERDAAVL FATDTDPEPE P EEDEPVAE SPAPDVVSEA APVAPAASSA GPRPDDLVFD AADATLALIA LSAKMRIDQI EELDSIESIT DGASSRRNQL LV DLGSELN LGAIDGAAES DLAGLRSQVT KLARTYKPYG PVLSDAINDQ LRTVLGPSGK RPGAIAERVK KTWELGEGWA KHV TVEVAL GTREGSSVRG GAMGHLHEGA LADAASVDKV IDAAVASVAA RQGVSVALPS AGSGGGATID AAALSEFTDQ ITGR EGVLA SAARLVLGQL GLDDPVNALP AAPDSELIDL VTAELGADWP RLVAPVFDPK KAVVFDDRWA SAREDLVKLW LTDEG DIDA DWPRLAERFE GAGHVVATQA TWWQGKSLAA GRQIHASLYG RIAAGAENPE PGRYGGEVAV VTGASKGSIA ASVVAR LLD GGATVIATTS KLDEERLAFY RTLYRDHARY GAALWLVAAN MASYSDVDAL VEWIGTEQTE SLGPQSIHIK DAQTPTL LF PFAAPRVVGD LSEAGSRAEM EMKVLLWAVQ RLIGGLSTIG AERDIASRLH VVLPGSPNRG MFGGDGAYGE AKSALDAV V SRWHAESSWA ARVSLAHALI GWTRGTGLMG HNDAIVAAVE EAGVTTYSTD EMAALLLDLC DAESKVAAAR SPIKADLTG GLAEANLDMA ELAAKAREQM SAAAAVDEDA EAPGAIAALP SPPRGFTPAP PPQWDDLDVD PADLVVIVGG AEIGPYGSSR TRFEMEVEN ELSAAGVLEL AWTTGLIRWE DDPQPGWYDT ESGEMVDESE LVQRYHDAVV QRVGIREFVD DGAIDPDHAS P LLVSVFLE KDFAFVVSSE ADARAFVEFD PEHTVIRPVP DSTDWQVIRK AGTEIRVPRK TKLSRVVGGQ IPTGFDPTVW GI SADMAGS IDRLAVWNMV ATVDAFLSSG FSPAEVMRYV HPSLVANTQG TGMGGGTSMQ TMYHGNLLGR NKPNDIFQEV LPN IIAAHV VQSYVGSYGA MIHPVAACAT AAVSVEEGVD KIRLGKAQLV VAGGLDDLTL EGIIGFGDMA ATADTSMMCG RGIH DSKFS RPNDRRRLGF VEAQGGGTIL LARGDLALRM GLPVLAVVAF AQSFGDGVHT SIPAPGLGAL GAGRGGKDSP LARAL AKLG VAADDVAVIS KHDTSTLAND PNETELHERL ADALGRSEGA PLFVVSQKSL TGHAKGGAAV FQMMGLCQIL RDGVIP PNR SLDCVDDELA GSAHFVWVRD TLRLGGKFPL KAGMLTSLGF GHVSGLVALV HPQAFIASLD PAQRADYQRR ADARLLA GQ RRLASAIAGG APMYQRPGDR RFDHHAPERP QEASMLLNPA ARLGDGEAYI

UniProtKB: Fatty acid synthase

-
分子 #2: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 4.49 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v8l

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 40160
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6gjc:
Structure of Mycobacterium tuberculosis Fatty Acid Synthase - I

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る