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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41102 | |||||||||
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タイトル | 33-mer Flagellar Switch Complex - FliF, FliG, FliM and FliN forming C-ring from Salmonella | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Domain Swap / Symmetry mismatch / Flagellar component / Switch complex / C33 / 33-mer / MOTOR PROTEIN | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Singh PK / Iverson TM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for directional rotation of the Salmonella flagellum 著者: Singh PK / Iverson TM | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41102.map.gz | 857.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41102-v30.xml emd-41102.xml | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41102_fsc.xml | 25.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41102.png | 116.9 KB | ||
マスクデータ | emd_41102_msk_1.map | 1.7 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41102.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_41102_half_map_1.map.gz emd_41102_half_map_2.map.gz | 1.6 GB 1.6 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41102 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41102 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41102_validation.pdf.gz | 1010.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41102_full_validation.pdf.gz | 1010 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41102_validation.xml.gz | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41102_validation.cif.gz | 47.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41102 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41102 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41102.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.393 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41102_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41102_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41102_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Flagellar MS-ring and C-ring complex containing FliF, FliG, FliM,...
全体 | 名称: Flagellar MS-ring and C-ring complex containing FliF, FliG, FliM, and FliN |
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要素 |
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-超分子 #1: Flagellar MS-ring and C-ring complex containing FliF, FliG, FliM,...
超分子 | 名称: Flagellar MS-ring and C-ring complex containing FliF, FliG, FliM, and FliN タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 3.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.557 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |