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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3567 | |||||||||
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タイトル | VipA-N2/VipB contracted sheath of type VI secretion system | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
![]() | Wang J / Brackmann M / Castano-Diez D / Kudryashev M / Goldie K / Maier T / Stahlberg H / Basler M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the extended type VI secretion system sheath-tube complex. 著者: Jing Wang / Maximilian Brackmann / Daniel Castaño-Díez / Mikhail Kudryashev / Kenneth N Goldie / Timm Maier / Henning Stahlberg / Marek Basler / ![]() ![]() 要旨: The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited ...The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited structural information is available about the inherently unstable precontraction state of the T6SS. Here, we obtain a 3.7 Å resolution structure of a non-contractile sheath-tube complex using cryo-electron microscopy and show that it resembles the extended T6SS inside Vibrio cholerae cells. We build a pseudo-atomic model of the complete sheath-tube assembly, which provides a mechanistic understanding of coupling sheath contraction with pushing and rotating the inner tube for efficient target membrane penetration. Our data further show that sheath contraction exposes a buried recognition domain to specifically trigger the disassembly and recycling of the T6SS sheath by the cognate ATP-dependent unfoldase ClpV. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 58.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 186.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5myuMC ![]() 3563C ![]() 3564C ![]() 3566C ![]() 5mxnC ![]() 5ojqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 74.0 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of T6SS VipA-N2/VipB contracted sheath [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.039 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Type VI secretion system sheath
全体 | 名称: Type VI secretion system sheath |
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要素 |
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-超分子 #1: Type VI secretion system sheath
超分子 | 名称: Type VI secretion system sheath / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: VipA
分子 | 名称: VipA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MSKEGSVAPK ERINIKYIPA TGDAQAEAEV ELPLKTLVVG DFKGHAEQTP LEERATVTVD KNNFEAVMRE SE LKITATV KNKLTDDENA ELPVELNFKS LADFAPDAVA SQVPELKKLI ELREALVALK GPLGNIPAFR ERL QSLLNS EESREKLLAE LNL |
-分子 #2: VipB
分子 | 名称: VipB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MMSTTEKVLE RPQLAQGSLL DEIMAQTRIA PSEEGYDIAK KGVAAFIENL MGSQHSAEPV NKSLVDQMLV ELDKKISAQ MDEILHNSQF QAMESAWRGL KLFVDRTDFR ENNKVEILHV TKDELLEDFE FAPETAQSGL Y KHVYSAGY GQFGGEPVGA IIGNYAFTPS ...文字列: MMSTTEKVLE RPQLAQGSLL DEIMAQTRIA PSEEGYDIAK KGVAAFIENL MGSQHSAEPV NKSLVDQMLV ELDKKISAQ MDEILHNSQF QAMESAWRGL KLFVDRTDFR ENNKVEILHV TKDELLEDFE FAPETAQSGL Y KHVYSAGY GQFGGEPVGA IIGNYAFTPS TPDMKLLQYM GALGAMAHAP FISSVGPEFF GIDSFEELPN IK DLKSTFE SPKYTKWRSL RESEDARYLG LTAPRFLLRV PYDPIENPVK SFNYAENVSA SHEHYLWGNT AFA FATRLT DSFAKYRWCP NIIGPQSGGA VEDLPVHVFE SMGALQSKIP TEVLITDRKE FELAEEGFIA LTMR KGSDN AAFFSANSIQ KPKVFPNTKE GKEAETNYKL GTQLPYMMII NRLAHYVKVL QREQIGAWKE RQDLE RELN SWIKQYVADQ ENPPADVRSR RPLRAARIEV MDVEGNPGWY QVSLSVRPHF KYMGANFELS LVGRLD QA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 186 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-5myu: |