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万見
- EMDB-27676: LRRC8A:C conformation 2 (oblong) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27676
タイトルLRRC8A:C conformation 2 (oblong)
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: LRRC8A:C
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: water
キーワードION CHANNEL / VOLUME-REGULATION / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / cell volume homeostasis / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / monoatomic ion channel complex / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / electron transport chain / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / electron transfer activity / periplasmic space / iron ion binding / lysosomal membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Kern DM / Brohawn SG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM128263 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for assembly and lipid-mediated gating of LRRC8A:C volume-regulated anion channels.
著者: David M Kern / Julia Bleier / Somnath Mukherjee / Jennifer M Hill / Anthony A Kossiakoff / Ehud Y Isacoff / Stephen G Brohawn /
要旨: Leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family members form volume-regulated anion channels activated by hypoosmotic cell swelling. LRRC8 channels are ubiquitously expressed in vertebrate ...Leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family members form volume-regulated anion channels activated by hypoosmotic cell swelling. LRRC8 channels are ubiquitously expressed in vertebrate cells as heteromeric assemblies of LRRC8A (SWELL1) and LRRC8B-E subunits. Channels of different subunit composition have distinct properties that explain the functional diversity of LRRC8 currents across cell types. However, the basis for heteromeric LRRC8 channel assembly and function is unknown. Here we leverage a fiducial-tagging strategy to determine single-particle cryo-EM structures of heterohexameric LRRC8A:C channels in multiple conformations. Compared to homomers, LRRC8A:C channels show pronounced differences in architecture due to heterotypic LRR interactions that displace subunits away from the conduction axis and poise the channel for activation. Structures and functional studies further reveal that lipids embedded in the channel pore block ion conduction in the closed state. These results provide insight into determinants for heteromeric LRRC8 channel assembly, activity and gating by lipids.
履歴
登録2022年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27676.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 416 pix.
= 435.968 Å		1.05 Å/pix.
x 416 pix.
= 435.968 Å		1.05 Å/pix.
x 416 pix.
= 435.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.475
最小 - 最大-1.8674539 - 4.746142
平均 (標準偏差)0.018880185 (±0.06729047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 435.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened global refinement map

ファイルemd_27676_additional_1.map
注釈Unsharpened global refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened global refinement map

ファイルemd_27676_additional_2.map
注釈Sharpened global refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27676_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27676_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LRRC8A:C

全体名称: LRRC8A:C
要素
  • 複合体: LRRC8A:C
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: water

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超分子 #1: LRRC8A:C

超分子名称: LRRC8A:C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 620 KDa

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分子 #1: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562

分子名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 105.530102 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MIPVTELRYF ADTQPAYRIL KPWWDVFTDY ISIVMLMIAV FGGTLQVTQD KMICLPCKWV TKDSCNDSFR GWAASSADLE DNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK V KEAQAAAE ...文字列:
MIPVTELRYF ADTQPAYRIL KPWWDVFTDY ISIVMLMIAV FGGTLQVTQD KMICLPCKWV TKDSCNDSFR GWAASSADLE DNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK V KEAQAAAE QLKTTRNAYI QKYLDTGPTG IKYDLDRHQY NYVDAVCYEN RLHWFAKYFP YLVLLHTLIF LACSNFWFKF PR TSSKLEH FVSILLKCFD SPWTTRALSE TVVEESDPKP AFSKMNGSMD KKSSTVSEDV EATVPMLQRT KSRIEQGIVD RSE TGVLDK KEGEQAKALF EKVKKFRTHV EEGDIVYRLY MRQTIIKVIK FALIICYTVY YVHNIKFDVD CTVDIESLTG YRTY RCAHP LATLFKILAS FYISLVIFYG LICMYTLWWM LRRSLKKYSF ESIREESSYS DIPDVKNDFA FMLHLIDQYD PLYSK RFAV FLSEVSENKL RQLNLNNEWT LDKLRQRLTK NAQDKLELHL FMLSGIPDTV FDLVELEVLK LELIPDVTIP PSIAQL TGL KELWLYHTAA KIEAPALAFL RENLRALHIK FTDIKEIPLW IYSLKTLEEL HLTGNLSAEN NRYIVIDGLR ELKRLKV LR LKSNLSKLPQ VVTDVGVHLQ KLSINNEGTK LIVLNSLKKM VNLTELELIR CDLERIPHSI FSLHNLQEID LKDNNLKT I EEIISFQHLH RLTCLKLWYN HIAYIPIQIG NLTNLERLYL NRNKIEKIPT QLFYCRKLRY LDLSHNNLTF LPADIGLLQ NLQNLAVTAN RIEALPPELF QCRKLRALHL GNNVLQSLPS RVGELTNLTQ IELRGNRLEC LPVELGECPL LKRSGLVVEE DLFSTLPPE VKERLWRADK EQASNSLEVL FQ

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分子 #2: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C

分子名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 93.624594 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MIPVTEFRQF SEQQPAFRVL KPWWDVFTDY LSVAMLMIGV FGCTLQVMQD KIICLPKRVQ PAQNHSSVPN VSQAVISTTP LPPPKPSPT NPATVEMKGL KTDLDLQQYS FINQMCYERA LHWYAKYFPY LVLIHTLVFM LCSNFWFKFP GSSSKIEHFI S ILGKCFDS ...文字列:
MIPVTEFRQF SEQQPAFRVL KPWWDVFTDY LSVAMLMIGV FGCTLQVMQD KIICLPKRVQ PAQNHSSVPN VSQAVISTTP LPPPKPSPT NPATVEMKGL KTDLDLQQYS FINQMCYERA LHWYAKYFPY LVLIHTLVFM LCSNFWFKFP GSSSKIEHFI S ILGKCFDS PWTTRALSEV SGEDSEEKDN RKNNMNRSGT IQSGPEGNLV RSQSLKSIPE KFVVDKSAAG ALDKKEGEQA KA LFEKVKK FRLHVEEGDI LYAMYVRQTV LKVIKFLIII AYNSALVSKV QFTVDCNVDI QDMTGYKNFS CNHTMAHLFS KLS FCYLCF VSIYGLTCLY TLYWLFYRSL REYSFEYVRQ ETGIDDIPDV KNDFAFMLHM IDQYDPLYSK RFAVFLSEVS ENKL KQLNL NNEWTPDKLR QKLQTNAHNR LELPLIMLSG LPDTVFEITE LQSLKLEIIK NVMIPATIAQ LDNLQELCLH QCSVK IHSA ALSFLKENLK VLSVKFDDMR ELPPWMYGLR NLEELYLVGS LSHDISKNVT LESLRDLKSL KILSIKSNVS KIPQAV VDV SSHLQKMCVH NDGTKLVMLN NLKKMTNLTE LELVHCDLER IPHAVFSLLS LQELDLKENN LKSIEEIVSF QHLRKLT VL KLWYNSIAYI PEHIKKLTSL ERLFFSHNKV EVLPSHLFLC NKIRYLDLSY NDIRFIPPEI GVLQSLQYFS ITCNKVES L PDELYFCKKL KTLKIGKNSL SVLSPKIGNL LFLSYLDIKG NHFEVLPPEL GDCRALKRAG LVVEDALFET LPSDVREQM KADSNSENLY FQG

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分子 #3: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 20 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126955
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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