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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25066 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of E. coli LetB delta (Ring6) mutant, Ring1 in the closed state (Model 1) | |||||||||||||||
マップデータ | Full delta(Ring6) LetB map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | lipid transport / bacterial cell envelope / MCE | |||||||||||||||
機能・相同性 | Mce/MlaD / MlaD protein / intermembrane lipid transfer / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane / : / Intermembrane transport protein YebT 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Vieni C / Coudray N | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Role of Ring6 in the Function of the E. coli MCE Protein LetB. 著者: Casey Vieni / Nicolas Coudray / Georgia L Isom / Gira Bhabha / Damian C Ekiert / 要旨: LetB is a tunnel-forming protein found in the cell envelope of some double-membraned bacteria, and is thought to be important for the transport of lipids between the inner and outer membranes. In ...LetB is a tunnel-forming protein found in the cell envelope of some double-membraned bacteria, and is thought to be important for the transport of lipids between the inner and outer membranes. In Escherichia coli the LetB tunnel is formed from a stack of seven rings (Ring1 - Ring7), in which each ring is composed of a homo-hexameric assembly of MCE domains. The primary sequence of each MCE domain of the LetB protein is substantially divergent from the others, making each MCE ring unique in nature. The role of each MCE domain and how it contributes to the function of LetB is not well understood. Here we probed the importance of each MCE ring for the function of LetB, using a combination of bacterial growth assays and cryo-EM. Surprisingly, we find that ΔRing3 and ΔRing6 mutants, in which Ring3 and Ring6 have been deleted, confer increased resistance to membrane perturbing agents. Specific mutations in the pore-lining loops of Ring6 similarly confer increased resistance. A cryo-EM structure of the ΔRing6 mutant shows that despite the absence of Ring6, which leads to a shorter assembly, the overall architecture is maintained, highlighting the modular nature of MCE proteins. Previous work has shown that Ring6 is dynamic and in its closed state, may restrict the passage of substrate through the tunnel. Our work suggests that removal of Ring6 may relieve this restriction. The deletion of Ring6 combined with mutations in the pore-lining loops leads to a model for the tunnel gating mechanism of LetB. Together, these results provide insight into the functional roles of individual MCE domains and pore-lining loops in the LetB protein. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25066.map.gz | 192.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25066-v30.xml emd-25066.xml | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25066_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25066.png | 100 KB | ||
マスクデータ | emd_25066_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25066.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_25066_additional_1.map.gz emd_25066_half_map_1.map.gz emd_25066_half_map_2.map.gz | 225.3 MB 193.3 MB 193.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25066 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25066 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25066_validation.pdf.gz | 779.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25066_full_validation.pdf.gz | 779.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25066_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25066_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25066 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25066 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7seeMC 7sefC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10821 (タイトル: Cryo EM structure of ΔRing6 LetB / Data size: 3.0 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of delta(Ring6) LetB [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full delta(Ring6) LetB map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.272 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25066_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Post processed map from RELION
ファイル | emd_25066_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Post processed map from RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map #1
ファイル | emd_25066_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map #2
ファイル | emd_25066_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homohexameric complex of delta(Ring6) mutant form of LetB
全体 | 名称: Homohexameric complex of delta(Ring6) mutant form of LetB |
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要素 |
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-超分子 #1: Homohexameric complex of delta(Ring6) mutant form of LetB
超分子 | 名称: Homohexameric complex of delta(Ring6) mutant form of LetB タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 |
分子量 | 理論値: 473.25 KDa |
-分子 #1: MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera
分子 | 名称: MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 78.967773 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQDRGNTVTI DFMSADGIVP GRTPVRYQGV EVGTVQDISL SDDLRKIEVK VSIKSDMKDA LREETQFWLV TPKASLAGVS GLDALVGGN YIGMMPGKGK EQDHFVALDT QPKYRLDNGD LMIHLQAPDL GSLNSGSLVY FRKIPVGKVY DYAINPNKQG V VIDVLIER ...文字列: MQDRGNTVTI DFMSADGIVP GRTPVRYQGV EVGTVQDISL SDDLRKIEVK VSIKSDMKDA LREETQFWLV TPKASLAGVS GLDALVGGN YIGMMPGKGK EQDHFVALDT QPKYRLDNGD LMIHLQAPDL GSLNSGSLVY FRKIPVGKVY DYAINPNKQG V VIDVLIER RFTDLVKKGS RFWNVSGVDA NVSISGAKVK LESLAALVNG AIAFDSPEES KPAEAEDTFG LYEDLAHSQR GV IIKLELP SGAGLTADST PLMYQGLEVG QLTKLDLNPG GKVTGEMTVD PSVVTLLREN TRIELRNPKL SLSDANLSAL LTG KTFELV PGDGEPRKEF VVVPGEKALL HEPDVLTLTL TAPESYGIDA GQPLILHGVQ VGQVIDRKLT SKGVTFTVAI EPQH RELVK GDSKFVVNSR VDVKVGLDGV EFLGASASEW INGGIRILPG DKGEMKASYP LYANLEKALE NSLSDLPTTT VSLSA ETLP DVQAGSVVLY RKFEVGEVIT VRPRANAFDI DLHIKPEYRN LLTSNSVFWA EGGAKVQLNG SGLTVQASPL SRALKG AIS FDNLSGASAS QRKGDKRILY ASETAARAVG LSIIVEAPEA GSLGIGTPVL FRGLEVGTVT GMTLGTLSDR VMIAMRI SK RYQHLVRNNS VFWLASGYSL DFGLTGGVVK TGTFNQFIRG GIAFATPPGT PLAPKAQEGK HFLLQESEPK EWREWGTA L PKGETHHHHH H UniProtKB: UNIPROTKB: A0A769F599, Intermembrane transport protein YebT |
-分子 #2: UNKNOWN ATOM OR ION
分子 | 名称: UNKNOWN ATOM OR ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: UNX |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.75 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: This buffer was used as gel filtration buffer | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 120 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 96 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 second blot time and blot force of 5 before plunge freezing. | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10763 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 56.3 e/Å2 詳細: Images were collected in super resolution mode with a pixel size of 0.318A |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||
得られたモデル | PDB-7see: |