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万見
- PDB-7sef: Structure of E. coli LetB delta (Ring6) mutant, Ring 1 in the ope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sef
タイトルStructure of E. coli LetB delta (Ring6) mutant, Ring 1 in the open state (Model 2, Rings 1-3 only)
要素MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera
キーワードLIPID TRANSPORT / bacterial cell envelope / MCE
機能・相同性
機能・相同性情報


intermembrane lipid transfer / membrane organization / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mce/MlaD / MlaD protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Intermembrane transport protein YebT
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Vieni, C. / Coudray, N. / Bhabha, G. / Ekiert, D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128777 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDFS-20-16 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1F30AI154907-01 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Role of Ring6 in the Function of the E. coli MCE Protein LetB.
著者: Casey Vieni / Nicolas Coudray / Georgia L Isom / Gira Bhabha / Damian C Ekiert /
要旨: LetB is a tunnel-forming protein found in the cell envelope of some double-membraned bacteria, and is thought to be important for the transport of lipids between the inner and outer membranes. In ...LetB is a tunnel-forming protein found in the cell envelope of some double-membraned bacteria, and is thought to be important for the transport of lipids between the inner and outer membranes. In Escherichia coli the LetB tunnel is formed from a stack of seven rings (Ring1 - Ring7), in which each ring is composed of a homo-hexameric assembly of MCE domains. The primary sequence of each MCE domain of the LetB protein is substantially divergent from the others, making each MCE ring unique in nature. The role of each MCE domain and how it contributes to the function of LetB is not well understood. Here we probed the importance of each MCE ring for the function of LetB, using a combination of bacterial growth assays and cryo-EM. Surprisingly, we find that ΔRing3 and ΔRing6 mutants, in which Ring3 and Ring6 have been deleted, confer increased resistance to membrane perturbing agents. Specific mutations in the pore-lining loops of Ring6 similarly confer increased resistance. A cryo-EM structure of the ΔRing6 mutant shows that despite the absence of Ring6, which leads to a shorter assembly, the overall architecture is maintained, highlighting the modular nature of MCE proteins. Previous work has shown that Ring6 is dynamic and in its closed state, may restrict the passage of substrate through the tunnel. Our work suggests that removal of Ring6 may relieve this restriction. The deletion of Ring6 combined with mutations in the pore-lining loops leads to a model for the tunnel gating mechanism of LetB. Together, these results provide insight into the functional roles of individual MCE domains and pore-lining loops in the LetB protein.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera
B: MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera
C: MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera
D: MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera
E: MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera
F: MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,8076
ポリマ－473,8076
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 電子顕微鏡法, Negative Stain electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area23200 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area115480 Å2

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要素

#1: タンパク質
MCE family protein, Intermembrane transport protein YebT chimera


分子量: 78967.773 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: HGS75_03440, yebT, b1834, JW1823 / プラスミド: pBEL2004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: A0A769F599, UniProt: P76272

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homohexameric complex of delta (Ring6) mutant form of LetB
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.47325 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 Rosetta(DE3) / プラスミド: pBEL2004
緩衝液pH: 8 / 詳細: This buffer was used as gel filtration buffer
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mMTrisC4H11NO31
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 second blot time and blot force of 5 before plunge freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 56.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10763
詳細: Images were collected in super resolution mode with a pixel size of 0.318A
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2.1粒子像選択Template picker
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.18.2モデル精密化
10cryoSPARC2.1初期オイラー角割当
11RELION3.1.0最終オイラー角割当
12RELION3.1.0分類
13RELION3.1.0３次元再構成
画像処理詳細: Images were motion corrected in RELION 3.0
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 739130
詳細: Template picking followed by iterative rounds of 2D classification
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39547 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6V0D

6v0d


PDB chain-ID: A / Accession code: 6V0D / Pdb chain residue range: 46-514 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00517424
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65323604
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.0056534
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432766
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033072

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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