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- EMDB-24795: Mouse heavy chain apoferritin determined in presence of 1.66% gly... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24795
タイトルMouse heavy chain apoferritin determined in presence of 1.66% glycerol.
マップデータMouse heavy chain apoferritin determined in presence of 1.66% glycerol.
試料
  • 複合体: Apoferritin
    • タンパク質・ペプチド: Apoferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Basanta B / Hirschi M / Lander GC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS095892 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21GM142196 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: A case for glycerol as an acceptable additive for single-particle cryoEM samples.
著者: Benjamin Basanta / Marscha M Hirschi / Danielle A Grotjahn / Gabriel C Lander /
要旨: Buffer-composition and sample-preparation guidelines for cryo-electron microscopy are geared towards maximizing imaging contrast and reducing electron-beam-induced motion. These pursuits often ...Buffer-composition and sample-preparation guidelines for cryo-electron microscopy are geared towards maximizing imaging contrast and reducing electron-beam-induced motion. These pursuits often involve the minimization or the complete removal of additives that are commonly used to facilitate proper protein folding and minimize aggregation. Among these admonished additives is glycerol, a widely used osmolyte that aids protein stability. In this work, it is shown that the inclusion of glycerol does not preclude high-resolution structure determination by cryoEM, as demonstrated by an ∼2.3 Å resolution reconstruction of mouse apoferritin (∼500 kDa) and an ∼3.3 Å resolution reconstruction of rabbit muscle aldolase (∼160 kDa) in the presence of 20%(v/v) glycerol. While it was found that generating thin ice that is amenable to high-resolution imaging requires long blot times, the addition of glycerol did not result in increased beam-induced motion or an inability to pick particles. Overall, these findings indicate that glycerol should not be discounted as a cryoEM sample-buffer additive, particularly for large, fragile complexes that are prone to disassembly or aggregation upon its removal.
履歴
登録2021年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24795.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mouse heavy chain apoferritin determined in presence of 1.66% glycerol.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.2645747 - 0.45253074
平均 (標準偏差)0.0005421508 (±0.027477564)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 220.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.800220.800220.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ448448448
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.2650.4530.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24795_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Mouse heavy chain apoferritin determined in presence of...

ファイルemd_24795_half_map_1.map
注釈Mouse heavy chain apoferritin determined in presence of 1.66% glycerol. Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Mouse heavy chain apoferritin determined in presence of...

ファイルemd_24795_half_map_2.map
注釈Mouse heavy chain apoferritin determined in presence of 1.66% glycerol. Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Apoferritin

全体名称: Apoferritin
要素
  • 複合体: Apoferritin
    • タンパク質・ペプチド: Apoferritin

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超分子 #1: Apoferritin

超分子名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 487.32 KDa

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分子 #1: Apoferritin

分子名称: Apoferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SPSQVRQNYH QDAEAAINRQ INLELYASYV YLSMSCYFDR DDVALKNFAK YFLHQSHEER EHAEKLMKLQ NQRGGRIFLQ DIKKPDRDDW ESGLNAMECA LHLEKSVNQS LLELHKLATD KNDPHLCDFI ETYYLSEQVK SIKELGDHVT NLRKMGAPEA GMAEYLFDKH TLGH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.66 % v/vC3H8O3glycerol
150.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 9.33257 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-110 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1707 / 平均露光時間: 11.3 sec. / 平均電子線量: 49.79 e/Å2
詳細: Images were collected using stage position navigation to the center of 16 holes and then beam shift was used to target exposures.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 43478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 876503
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

21024


詳細: Low-pass filtered to 15 Angstroms
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 876503
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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